Cytoscape 具有非撤昭活躍的app開發(fā)社區(qū)响疚，有很多可視化和分析策略被包裝成APP的形式發(fā)表在其官網(wǎng)中，在網(wǎng)絡圖繪制中占有比較重要的一席之地『旖撸可以用于展示W(wǎng)GCNA潦刃，基因...
發(fā)簡信
IP屬地：北京
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Cytoscape 常用參數(shù)
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Seurat 計算線粒體基因比例時，基因非MT-開頭Seurat可以利用PercentageFeatureSet計算線粒體基因比例并添加到meta.data右遭，但是我們在使用 sce[["percent.mt"]] = Per...
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10X單細胞基礎+個性化合集2作者做盅，Evil Genius 這一篇分享以下后三個部分 單細胞個性化分析之細胞通訊篇 單細胞個性化分析之CNV篇 單細胞個性化分析之轉(zhuǎn)錄因子篇 單細胞個性化分析之細胞通訊篇 ...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組分析---Scanpy（1）我們前面也分享過很多篇關(guān)于Seurat的使用，尤其是在單細胞轉(zhuǎn)錄組分析上窘哈，今天我們來分享和學習另外一個和它齊名的工具：scanpy吹榴。也許有人會說單細胞分析使用Seurat，m...
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Seurat數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)（一）在做單細胞分析的過程中滚婉，我們通常要基于Seurat數(shù)據(jù)之上做多樣化的分析：針對某一子集图筹，重新畫圖等等。所以让腹，我們首先需要對Seurat的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)有一個基本的了解远剩。 下面這個圖...
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單細胞差異基因可視化|Seurat和scanpy提取細胞簇主要差異基因(DEG)并繪制氣泡圖1.背景 單細胞數(shù)據(jù)分析在進行完細胞自聚類或者細胞類型注釋后，一般需要對查到的差異基因可視化骇窍，用來顯示基因和細胞群的相關(guān)性瓜晤，進行后續(xù)分析。當然Seurat和scanpy本身可...
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R語言用列數(shù)據(jù)畫PCA帶橢圓圖之前找了很多信息腹纳，見到的都是用行畫PCA痢掠，用列的大多都是使用fviz_pca_var這個函數(shù)驱犹，但這個函數(shù)橢圓我又死活加不上，再加上畫橢圓時的分組信息又沒法加在原數(shù)據(jù)里足画，糾結(jié)了...
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Scissor:整合bulk+scRNA鑒定功能亞群前言 關(guān)注生信寶庫時間比較久的小伙伴會發(fā)現(xiàn)雄驹，我們除了更新免疫相關(guān)的推文外，最多的就是單細胞研究相關(guān)的算法的文獻解讀了淹辞。最近有一位粉絲通過后臺和我們說能不能更新一些單細胞聯(lián)合b...
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Seurat對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式寫在前面 最近做圖的時候不會把umap圖分成實驗組和對照組兩個對比的圖荠医。問了同學說是需要把分組信息加到@meta.data里面。順便系統(tǒng)學下Seurat對象數(shù)據(jù)格式桑涎。 參考：...
