Cytoscape 具有非惩苷常活躍的app開發(fā)社區(qū)过牙，有很多可視化和分析策略被包裝成APP的形式發(fā)表在其官網(wǎng)中，在網(wǎng)絡圖繪制中占有比較重要的一席之地粪薛°擦耍可以用于展示W(wǎng)GCNA，基因...
發(fā)簡信
IP屬地：北京
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Cytoscape 常用參數(shù)
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Seurat 計算線粒體基因比例時，基因非MT-開頭Seurat可以利用PercentageFeatureSet計算線粒體基因比例并添加到meta.data藤巢，但是我們在使用 sce[["percent.mt"]] = Per...
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10X單細胞基礎+個性化合集2作者腮敌，Evil Genius 這一篇分享以下后三個部分 單細胞個性化分析之細胞通訊篇 單細胞個性化分析之CNV篇 單細胞個性化分析之轉錄因子篇 單細胞個性化分析之細胞通訊篇 ...
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單細胞轉錄組分析---Scanpy（1）我們前面也分享過很多篇關于Seurat的使用阱当，尤其是在單細胞轉錄組分析上，今天我們來分享和學習另外一個和它齊名的工具：scanpy糜工。也許有人會說單細胞分析使用Seurat弊添，m...
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Seurat數(shù)據(jù)結構（一）在做單細胞分析的過程中，我們通常要基于Seurat數(shù)據(jù)之上做多樣化的分析：針對某一子集捌木，重新畫圖等等油坝。所以，我們首先需要對Seurat的數(shù)據(jù)結構有一個基本的了解刨裆。 下面這個圖...
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單細胞差異基因可視化|Seurat和scanpy提取細胞簇主要差異基因(DEG)并繪制氣泡圖1.背景 單細胞數(shù)據(jù)分析在進行完細胞自聚類或者細胞類型注釋后澈圈，一般需要對查到的差異基因可視化，用來顯示基因和細胞群的相關性帆啃，進行后續(xù)分析瞬女。當然Seurat和scanpy本身可...
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R語言用列數(shù)據(jù)畫PCA帶橢圓圖之前找了很多信息，見到的都是用行畫PCA努潘，用列的大多都是使用fviz_pca_var這個函數(shù)诽偷，但這個函數(shù)橢圓我又死活加不上，再加上畫橢圓時的分組信息又沒法加在原數(shù)據(jù)里疯坤，糾結了...
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北京百奧益康醫(yī)藥科技有限公司是天津百奧醫(yī)藥科技有限公司的全資子公司压怠，致力于提供前沿的單細胞組學全套解決方案眠冈，單細胞相關研發(fā)和服務團隊位于北京亦莊。<br><br>百奧益康現(xiàn)有管理團隊和技術團隊具有豐富的單細胞測序服務和研發(fā)經(jīng)驗菌瘫，在單細胞研究領域深耕7年蜗顽，曾成功領導打造了國內領先的單細胞科研服務團隊，現(xiàn)已累積150+種不同組織類型雨让、 10,000+個樣品的10x Genomics單細胞測序經(jīng)驗,累積服務客戶發(fā)文超百篇雇盖，影響因子超千分（包括CNS頂級期刊） 。
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Scissor:整合bulk+scRNA鑒定功能亞群前言 關注生信寶庫時間比較久的小伙伴會發(fā)現(xiàn)宫患，我們除了更新免疫相關的推文外刊懈，最多的就是單細胞研究相關的算法的文獻解讀了。最近有一位粉絲通過后臺和我們說能不能更新一些單細胞聯(lián)合b...
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Seurat對象數(shù)據(jù)結構/數(shù)據(jù)格式寫在前面 最近做圖的時候不會把umap圖分成實驗組和對照組兩個對比的圖属拾。問了同學說是需要把分組信息加到@meta.data里面将谊。順便系統(tǒng)學下Seurat對象數(shù)據(jù)格式冷溶。 參考：...
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【最新匯總】單細胞轉錄組分析與繪圖系列
分析 單細胞分析實錄(1): 認識Cell Hashing[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkzMzE5NTM4NA==&mid=2247...
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兩次單細胞差異分析后的結果進行相關性散點圖繪制參考https://mp.weixin.qq.com/s/76hSRtF7m3V9AXonrCNc8w[https://mp.weixin.qq.com/s/76hSRtF7...
