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RNAseq分析如何選擇 參考基因組 和 gtf
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坑隊(duì)友系列：ftp協(xié)議下載ensembl參考基因組你問我為啥標(biāo)題這么長钧敞，據(jù)說是關(guān)鍵詞給的多满粗，容易被搜到殖熟。寫得不好帆谍，不用海涵培己，直接提出巡揍，謝謝您吶~ 1. 前言： 沒錯(cuò)蘑斧，作為一個(gè)自以為入門了的人其實(shí)還在門外耿眉。根據(jù)達(dá)克效應(yīng)圖解边翼，充...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析前準(zhǔn)備——參考基因組準(zhǔn)備進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析前组底，需準(zhǔn)備好參考基因組文件。醫(yī)學(xué)研究中應(yīng)用最多的就是人類筐骇、大鼠斤寇、小鼠。本文以這三種為主進(jìn)行介紹拥褂。 參考基因組的下載可以進(jìn)入ensembl數(shù)據(jù)庫進(jìn)行 點(diǎn)擊畫紅框位...
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實(shí)戰(zhàn)之 mutect2檢測somatic變異流程1 用途 mutect2是GATK（The Genome Analysis Toolkit娘锁，是BroadInstitute開發(fā)的用于二代重測序數(shù)據(jù)分析的一款軟件，里面包含了很...
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GATK4流程學(xué)習(xí)之背景知識(shí)與前期準(zhǔn)備GATK4流程學(xué)習(xí)之背景知識(shí)與前期準(zhǔn)備 - 簡書[http://www.reibang.com/p/97e803755fa6]GATK4流程學(xué)習(xí)之DNA-Seq varia...
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全外顯子測序(wes)數(shù)據(jù)分析詳細(xì)流程(小樣本)
如果想看大樣本的數(shù)據(jù)處理分析流程請移步總目錄:三陰性乳腺癌全外顯子分析(wes)(大樣本727個(gè)) 分析流程目錄如下： 1 wes相關(guān)軟件下載與安裝并添加環(huán)境變量2 下載GA...
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單細(xì)胞實(shí)戰(zhàn)(2)：cellranger使用
將SRA轉(zhuǎn)為fastq 數(shù)據(jù)下載好之后，我們得到的是SRR文件悔详，需要將其轉(zhuǎn)換為fastq格式才能使用 結(jié)束之后每個(gè)SRR文件會(huì)變成解壓出三個(gè)文件 為什么會(huì)有三個(gè)文件镊屎，這個(gè)需要...
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《水凝膠》微信公眾號關(guān)注生物醫(yī)學(xué)功能材料交叉學(xué)科前沿進(jìn)展缝驳，分享學(xué)習(xí)最新SCI文獻(xiàn)及科研信息。
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個(gè)性化生信分析
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2019.8月中旬開始系統(tǒng)自學(xué)生信祟滴，<br>自學(xué)路漫漫索性報(bào)個(gè)班。<br><br>生信技能樹真的很棒歌溉！<br><br>這是我的一個(gè)學(xué)習(xí)筆記平臺(tái)垄懂，點(diǎn)滴記錄。
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主要分享一些自己的學(xué)習(xí)過程透罢，以菜鳥干貨為主榜晦，大家有問題可以在我的博客交流(打賞也是)<br><br>
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<br>自學(xué)生信的小白乾胶，<br>生物屆的一只單身狗!<br><br>從爬蟲過來的蛇友！
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周運(yùn)來喻频，男，長大了才會(huì)遇到的帥哥肘迎，穩(wěn)健甥温，瀟灑，大方妓布，靠譜姻蚓。一段生信緣，一棵技能樹匣沼。生信技能樹核心成員狰挡，單細(xì)胞天地供稿人，簡書創(chuàng)作者释涛，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家加叁。
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我只是知識(shí)的搬運(yùn)工~
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