一扶供、安裝軟件 1、HISAT2 將reads比對到基因組上 2、StringTie 將比對好的reads進(jìn)行拼裝并預(yù)計表達(dá)水平 3、SAM tools 課上已經(jīng)用sudo a...
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RNA-seq用hisat2搭幻、stringtie捞烟、DESeq2分析 -
StringTie + DESeq2 進(jìn)行 RNA-seq 差異基因分析按：RNA-seq 流程非常多樣化往果，每一個步驟可選工具都非常多。我的選擇是 StringTie 進(jìn)行組裝取得 read counts 數(shù)值一铅，DESeq2 分析差異基因陕贮。這里把...
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UCSC官網(wǎng)下載TSS.bed文件1.進(jìn)入UCSC官網(wǎng)（ 2.進(jìn)入table browser工具后進(jìn)行選擇： track里可以選擇NCBI RefSeq或者UCSC gene，這里選了NCBI group一般...
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HiC矩陣可視化之-HiCPlotter1. 軟件安裝 軟件是python寫的潘飘，不需要安裝但是需要安裝需要的庫肮之。 Numpy, Scipy, Matplotlib. 2. 輸入文件要求 =====matrix格式的...
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HI-C 數(shù)據(jù)分析pipeline（三：AB compartment 區(qū)室計算）使用HicPro處理fastq data[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5NDAzNTM0OQ==&mid=2247483769&id...
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最詳細(xì)的HiC-Pro使用記錄及結(jié)果解讀Hi-C技術(shù)通過交聯(lián)等實驗步驟獲得空間上相連的DNA片段，即物理位置上較遠(yuǎn)的DNA片段之間的互作信息卜录。根據(jù)染色體內(nèi)部的互作概率顯著高于染色體之間的互作概率將不同的contig...
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samtools的功能大全：查看bam文件外還能做什么
必須學(xué)習(xí)這篇英文：http://www.htslib.org/doc/samtools.html【繼續(xù)更新ing】 samtools view -h 查看bam文件戈擒，包含頭文...
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Hi-C文庫數(shù)據(jù)質(zhì)控及解讀
來源： 三維基因組Magic [三維基因組Magic](javascript:void(0);) 2017-11-29 Hi-C文庫數(shù)據(jù)質(zhì)控及解讀 數(shù)據(jù)自身的質(zhì)量在很大程度上...
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生信 | 三維基因組技術(shù)（三）：Hi-C 數(shù)據(jù)比對及HiC-Pro的使用寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.Hi-C原理簡介 1.1 ...
