歡迎關(guān)注同名公主號：BBio 流程包括單切片的基本分析屎飘、scRNA整合票唆、多切片整合煞额。 參考：https://satijalab.org/seurat/articles/spa...
IP屬地：北京
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分析流程||Seurat空間轉(zhuǎn)錄組分析流程 -
單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Seurat將空間位置信息和轉(zhuǎn)錄組分析相結(jié)合，對于癌癥、免疫、腫瘤免疫相互作用，組織微環(huán)境幔摸，神經(jīng)和發(fā)育等領(lǐng)域，有著令人期待的應(yīng)用前景颤练。 而作為單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組必備R包Seurat,與時俱進(jìn)既忆，...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組-----空間高變基因檢測之SpatialDE今天我們來學(xué)習(xí)一下簡單的基礎(chǔ)知識，空間高變基因嗦玖，之前呢患雇，已經(jīng)分享過Seurat內(nèi)置的方法計算高變基因，文章在10X空間轉(zhuǎn)錄組之基因的空間表達(dá)模式[https://www.ji...
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clusterProfiler: No gene can be mapped | 怎么破宇挫？日常瞎掰 ??奇奇怪怪的事又發(fā)生了苛吱，真就應(yīng)了那句話，不出意外的話器瘪，意外就會發(fā)生了翠储。绘雁。。??最近需要用clusterProfiler做KEGG富集援所，然后就出現(xiàn)了意外庐舟，居然出現(xiàn)N...
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TCGA數(shù)據(jù)庫MAF文件的分析以及可視化（maftools包的使用）這兩天“王院長”幫別人分析snv數(shù)據(jù)，順便給我推薦了一個R包：maftools住拭。我看了一下官網(wǎng)挪略，感覺是個非常強(qiáng)大的R包。那必須要學(xué)習(xí)起來~實(shí)際上網(wǎng)上已經(jīng)有很多教程了滔岳，但都是用...
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2023-05-06 | vep注釋的解析注意： non-coding包括intergenic + UTR + intronexon包括CDS + UTRupstream和downstream一般指基因上下游的2kb...
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使用mclust進(jìn)行聚類分析mclust(Model-based clustering) 能夠基于高斯有限混合模型進(jìn)行聚類杠娱，分類以及密度估計(density estimation)。對于具有各種協(xié)方差結(jié)...
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WGCNA原理和分析流程WGCNA全稱weighted gene co-expression network analysis趴俘，即加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析。它是一種分析多個樣本基因表達(dá)模式的分析方法奏赘，...
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融合檢測之FACTERA
FACTERA：https://factera.stanford.edu/download.php FACTERA (Fusion And Chromosomal Trans...
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GATK-3.8(最新穩(wěn)定版)遺傳突變分析流程(SNPs和INDELs)??GATK現(xiàn)在最新的穩(wěn)定版已經(jīng)到了3.8寥闪，測試版是4.0。3.8版和之前的版本還是有比較大的不同的磨淌，但核心算法與4.0的差異不大疲憋，4.0主要整合GATK和picard工具并...
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VCF文件質(zhì)控 —— VariantFiltration
在獲得SNP和INDEL后，需要對raw data進(jìn)行質(zhì)控梁只，剔除假陽性的標(biāo)記缚柳，GATK官方推薦的方法是VQSR，原理是利用已知的數(shù)據(jù)庫和測序數(shù)據(jù)進(jìn)行比較搪锣，評估位點(diǎn)的可信度秋忙。 ...
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ASE（等位基因特異性表達(dá)） —— 完整流程
前段時間，接了老師一個等位基因特異性表達(dá)的任務(wù)构舟，前后再加上其他的分析帶著做灰追，再捋流程，拖拖拉拉也用了小一個月狗超，終于從原始測序數(shù)據(jù)弹澎，得到了最終的那張table，具體的內(nèi)容基本已...
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NGS基因檢測Panel的探針設(shè)計背景 目前市面上的腫瘤靶向用藥基因檢測Panel已非常常見努咐，除了直觀層面的gene種類苦蒿、數(shù)目、捕獲建庫方法的不同外渗稍，對于腫瘤panel佩迟， 探針定制之初相關(guān)的MSI位點(diǎn)溃肪、...
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一文搞懂——GATK MarkDuplicates 原理1 為什么要進(jìn)行 MarkDuplicates 重復(fù) reads 被定義為源自單個 DNA 模板的序列。臨床應(yīng)用場景下比如檢測腫瘤的突變頻率音五，當(dāng)測序的reads中 發(fā)生/不發(fā)...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組功能分析（超詳細(xì)clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）單細(xì)胞分析不可避免的會涉及到鑒定不同細(xì)胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異惫撰，因此，功能分析在單細(xì)胞分析中相當(dāng)重要. 功能分析的方法很多躺涝，這兒我們主要講述3種功能分...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）通訊分析之CellChathello厨钻，大家好，今天我們來分享一下細(xì)胞通訊的文章CellChat坚嗜，其實(shí)有關(guān)這個軟件已經(jīng)有了很多的文章來介紹了夯膀，2020年的6月份我和Cellchat的作者聊過一次，當(dāng)時感...
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CellChat：細(xì)胞間相互作用分析利器前言 我們知道苍蔬，細(xì)胞間信息傳遞方式一個是細(xì)胞表面配受體的相互作用诱建，另一個通過細(xì)胞產(chǎn)生的可溶性小分子，即細(xì)胞因子碟绑。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中下游俺猿，有時候我們想看某幾種細(xì)胞類型之間的相互...