GWAS大家都很熟悉了抵恋，隨著目前越來越多的重測(cè)序文章的發(fā)表翎猛，可見如今SNP數(shù)據(jù)是非常的豐富备籽，以及GWAS也發(fā)展了15年了挨决，如今到了一個(gè)后GWAS時(shí)代。GWAS我也做了很多了既绕，...
發(fā)簡(jiǎn)信
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簡(jiǎn)短介紹下如何用GCE確定GWAS閾值
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轉(zhuǎn)座子（TE,散在重復(fù)）特征及其對(duì)基因組影響轉(zhuǎn)自:http://www.reibang.com/p/fd2b417ceff8[http://www.reibang.com/p/fd2b417ceff8] 基因組中重...
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轉(zhuǎn)座子對(duì)基因調(diào)控的作用本篇為轉(zhuǎn)載腋颠，原創(chuàng)作者為AI寫代碼的DNA 義冠轉(zhuǎn)座元件對(duì)基因調(diào)控的作用[https://mp.weixin.qq.com/s/PXxkXJf3IORul_9Si24__w]...
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VCF(variant call format)文件格式詳解vcf格式是做變異(variant)分析的時(shí)候最常見的一種格式，主要包括一些header和位點(diǎn)的信息忆嗜〖喝澹可以參考這個(gè)說明文檔學(xué)習(xí)：https://www.internation...
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如何從vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位點(diǎn)？
需求 客戶的一個(gè)簡(jiǎn)單需求： 我有一批功能基因位點(diǎn)捆毫，想從重測(cè)序的群體材料中找到這些位點(diǎn)闪湾，如何批量快速獲得？ 示例文件 gene.txt test.vcf 代碼實(shí)現(xiàn) run.sh...
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富集分析（超幾何分布）（Fisher's Exact Test）
1. 簡(jiǎn)介 超幾何分布（hypergeometric）是統(tǒng)計(jì)學(xué)上一種離散概率分布。它描述了由有限個(gè)物件中抽出n個(gè)物件赖晶，成功抽出指定種類的物件的個(gè)數(shù)（不歸還）律适。 超幾何分布和F...
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pheatmap
一胳嘲、 創(chuàng)建一個(gè)隨機(jī)矩陣10x20 二厂僧、作圖１.基本作圖 scale是指對(duì)數(shù)值進(jìn)行均一化處理，在基因表達(dá)量的數(shù)據(jù)中了牛，有些基因表達(dá)量極低颜屠，有些基因表達(dá)量極高，因此把每個(gè)基因在不同...
