KEGG pathway 注釋整理 獲得KEGG注釋 通過eggnog-mapper和interproscan兩個軟件(或數(shù)據(jù)庫)之拨，可以獲得KEGG ORTHOLOGY(KO...
IP屬地：上海
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KEGG pathway 注釋整理
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫
signatureDB - B cell數(shù)據(jù)庫CancerSEA - 癌癥單細(xì)胞KIT（腎臟單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫）：http://humphreyslab.com/SingleCel...
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第九章 通過Snakemake實現(xiàn)流程自動化 Pipeline Automation via Snakemake
介紹 憑借經(jīng)濟(jì)高效的全基因組測序和廣泛公開的數(shù)據(jù)键耕，新一代生物信息學(xué)方法進(jìn)入了超高通量領(lǐng)域。例如斑鼻，最近發(fā)表的覆蓋度超過30x的 10 多個小麥基因組的組裝或用泛基因組取代單一參...
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如何給Seurat對象的基因重命名？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中猎荠，必要的一步是對每個細(xì)胞進(jìn)行注釋坚弱，這相當(dāng)于給每個細(xì)胞打個標(biāo)簽，或者說起個別名关摇，這些信息都存在@meta.data信息里史汗，所以不用特意去更改細(xì)胞名字，S...
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單細(xì)胞類型鑒定--- cell marker gene
cell maker cancer cells:EPCAM, CD24, SOX4, KRT18 T cells: CD2, CD3D, TRAC, TRBC2 Treg...
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玩轉(zhuǎn)單細(xì)胞(3)：堆疊柱狀圖添加比例
每次解決一個小問題拒垃，久而久之停撞，你就解決了一個大麻煩： 單細(xì)胞比例的展示，常見的是堆疊柱狀圖，但是有一個小問題戈毒，比較上不明顯艰猬，那么如果將文字比例添加到圖上，那么就一目了然了埋市。使...
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單細(xì)胞軌跡分析之應(yīng)用篇作者冠桃，Evil Genius 最近見到了很多研究者，真的是不把單細(xì)胞軌跡分析當(dāng)回事道宅，拿到樣本不定義直接跑monocle食听，這能對么？我看了都著急污茵，基本理論要多多學(xué)習(xí)啊~~~樱报，網(wǎng)...
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RcisTarget || 從基因列表到調(diào)控網(wǎng)絡(luò)單細(xì)胞技術(shù)正在加強(qiáng)我們對細(xì)胞本身的理解泞当。什么是細(xì)胞類型迹蛤，不就是基因選擇性表達(dá)的結(jié)果嗎？而基因的選擇表達(dá)受到一系列的轉(zhuǎn)錄調(diào)控襟士，在這個意義上盗飒，細(xì)胞命運背后的驅(qū)動力在于各自轉(zhuǎn)錄因子...
