由于太久沒(méi)有分析過(guò)bulk數(shù)據(jù)了，前幾天突然被要求分析一個(gè)文章的數(shù)據(jù)時(shí)有點(diǎn)亂了手腳疼约，所以在這里想總結(jié)一下關(guān)于芯片數(shù)據(jù)與seq數(shù)據(jù)的差異分析流程。 假如你是小白程剥，也剛剛了解NG...
IP屬地：廣東
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芯片數(shù)據(jù)和RNA-seq的差異分析流程 -
TCGA+biomarker——常見(jiàn)結(jié)果展示
在腫瘤研究領(lǐng)域织鲸，biomarker的研究以及相應(yīng)試劑盒的開(kāi)始舔腾，是服務(wù)于腫瘤臨床的一個(gè)方向搂擦。這類研究項(xiàng)目依賴于大量腫瘤臨床樣本和機(jī)器學(xué)習(xí)算法稳诚。由于眾多高通量數(shù)據(jù)庫(kù)的建立瀑踢，使得大...
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你好 我想問(wèn)一下 在科技部進(jìn)行備案填寫(xiě)資料時(shí)多是人遺方面的信息比如家系這類的 但我的文章的測(cè)序數(shù)據(jù)只是腫瘤組織的測(cè)序 不知道如何填寫(xiě) 有什么經(jīng)驗(yàn)可以提供嗎 感激
人遺測(cè)序數(shù)據(jù)的備份備案及共享
為發(fā)表論文故，測(cè)序數(shù)據(jù)一般需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫(kù)氨距，對(duì)我們而言，國(guó)外數(shù)據(jù)庫(kù)一般選NCBI棘劣，國(guó)內(nèi)的可上傳至GSA。其中茬暇，人遺數(shù)據(jù)需要上傳到GSA-human，其他物種數(shù)據(jù)上傳到GS...
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細(xì)胞類型鑒定--單細(xì)胞marker基因（持續(xù)修正）細(xì)胞類型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
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判斷GEO芯片數(shù)據(jù)表達(dá)矩陣是否需要log2轉(zhuǎn)換通過(guò)exprs函數(shù)獲取表達(dá)矩陣后我們可以通過(guò)以下三種方法判斷是否需要進(jìn)行l(wèi)og2轉(zhuǎn)換 1.肉眼識(shí)別 最簡(jiǎn)單粗暴的方法就是，根據(jù)數(shù)值大小粗略估計(jì)：如果表達(dá)量的數(shù)值在50以內(nèi)巧骚，通...
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Cre小鼠的簡(jiǎn)介與應(yīng)用1. Cre-loxp系統(tǒng)及其應(yīng)用介紹 Cre-loxp系統(tǒng)源于P1噬菌體的高效重組系統(tǒng)网缝。Cre (Causes recombination; Cyclization rec...
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CellChat：細(xì)胞間相互作用分析利器前言 我們知道蟋定，細(xì)胞間信息傳遞方式一個(gè)是細(xì)胞表面配受體的相互作用粉臊，另一個(gè)通過(guò)細(xì)胞產(chǎn)生的可溶性小分子驶兜，即細(xì)胞因子扼仲。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中下游，有時(shí)候我們想看某幾種細(xì)胞類型之間的相互...
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R語(yǔ)言獲取 GO/KEGG 中某一通路的基因集
有時(shí)候我們想看某一特定通路的富集情況驰后，這時(shí)就需要獲取該通路的基因集。 一灶芝、從 GO 中獲取 下載腳本 getGoTerm.R[https://github.com/Jiaha...
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TCGA的ID轉(zhuǎn)換可以一步到位了
0.背景知識(shí) TCGA或TCGA+GTEx的表達(dá)矩陣唉韭，行名都是ensamble id夜涕，因?yàn)門CGA數(shù)據(jù)的參考基因組版本是genecode V22属愤，xena重新分析的TCGA+...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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想問(wèn)一下 備案是必要要等到文章發(fā)表才能進(jìn)行嗎
人遺測(cè)序數(shù)據(jù)的備份備案及共享
為發(fā)表論文故住诸，測(cè)序數(shù)據(jù)一般需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫(kù)驾胆，對(duì)我們而言贱呐，國(guó)外數(shù)據(jù)庫(kù)一般選NCBI丧诺，國(guó)內(nèi)的可上傳至GSA。其中吼句，人遺數(shù)據(jù)需要上傳到GSA-human，其他物種數(shù)據(jù)上傳到GS...
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學(xué)習(xí)小組Day6筆記--小鹿R包 R包是多個(gè)函數(shù)的集合，具有詳細(xì)的說(shuō)明和示例倘潜。 安裝和加載R包 鏡像設(shè)置設(shè)置CRAN鏡像方法一：在Rstudio的程序設(shè)置中 但即使設(shè)置了這里，Rstudio也不是每次都...
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學(xué)習(xí)小組Day5筆記--小鹿
數(shù)據(jù)類型 向量（vector）矩陣（Matrix）數(shù)組（Array）數(shù)據(jù)框（Data frame）List 向量 標(biāo)量和向量元素指的是數(shù)字或者字符串（用chr表示）等废睦，根據(jù)它...
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學(xué)習(xí)小組Day4筆記--小鹿R和Rstudio的安裝 避免用戶名為中文 下載R和RstudioR： https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/[https://...
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學(xué)習(xí)小組Day3筆記--小鹿軟件管理conda 軟件下載器嗜湃，作用相當(dāng)于App store奈应，90%以上的軟件都能搜到，一鍵安裝购披。日常生信使用小而精的Miniconda即可，Miniconda 是一個(gè) An...
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學(xué)習(xí)小組Day2筆記--小鹿linux是什么惩妇？ 與windows、mac一樣是操作系統(tǒng) 以開(kāi)源橘荠、免費(fèi)屿附、穩(wěn)定、安全為特點(diǎn) 應(yīng)用于服務(wù)器 支持多人獨(dú)立使用 目錄結(jié)構(gòu)（文件夾）區(qū)別于windows的C/D/E...
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學(xué)習(xí)小組Day2筆記--小鹿
linux是什么挺份？ 與windows贮懈、mac一樣是操作系統(tǒng) 以開(kāi)源匀泊、免費(fèi)、穩(wěn)定朵你、安全為特點(diǎn) 應(yīng)用于服務(wù)器 支持多人獨(dú)立使用 目錄結(jié)構(gòu)（文件夾）區(qū)別于windows的C/D/E...
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學(xué)習(xí)小組Day2筆記--小鹿
linux是什么？ 與windows抡医、mac一樣是操作系統(tǒng) 以開(kāi)源躲因、免費(fèi)、穩(wěn)定大脉、安全為特點(diǎn) 應(yīng)用于服務(wù)器 支持多人獨(dú)立使用 目錄結(jié)構(gòu)（文件夾）區(qū)別于windows的C/D/E...