劉綜一

標準的seurat流程可以這樣進行营勤，包括創(chuàng)建對象己儒，標準化张弛，尋找高突變特征，歸一化奖地，聚類等 ①創(chuàng)建 Seurat 對象 首先要明白 Seurat 對象的構(gòu)成。Seurat 對象...

信你個鬼

思考：來自運來大佬的筆記(現(xiàn)在走的路都是大佬為我們鋪好的路赞哗，要學會珍惜！) 如何將空間數(shù)據(jù)與表達數(shù)據(jù)關聯(lián)在一起辆雾？ 有了空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)肪笋，如何與單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)聯(lián)用？ 做了多層切...

可愛的一只帆

一、數(shù)據(jù)集準備 參考數(shù)據(jù)集（reference ） 查詢數(shù)據(jù)集（query ） 參考數(shù)據(jù)集和查詢數(shù)據(jù)集整合之后的數(shù)據(jù)集（anchors） 建議數(shù)據(jù)集在使用前進行Normali...

Seurat_Satija

單細胞參考映射簡介 在此教程中藤乙，我們首先構(gòu)建一個整合的參考集猜揪，然后演示如何利用此參考集來注釋新的查詢數(shù)據(jù)集。生成參考集可以參考該文[https://satijalab.org...

單細胞空間交響樂

這一篇我們做一個詳細的總結(jié)坛梁，周五了而姐，疫情還沒結(jié)束，父母也都老了划咐，有時候真的感覺身為兒子實在不孝拴念，常年在外，回家很少褐缠，家里有點事父母也不會跟我這個兒子說政鼠，小病小災的也舍不得去醫(yī)...

木夕月

可視化Visualization Convert bam to BigWig 1. bam to bedGraph：bedGraph存放區(qū)間的坐標軸信息和相關評分的文件，一共...

felix108

與傳統(tǒng)的轉(zhuǎn)錄組測序相比队魏，單細胞測序技術噪聲很大公般，使得單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)包含大量的dropout事件（導致基因表達量為0或接近0），即使是一些標記（Marker）基因也有可能表達...

KS科研分享與服務

關于單細胞氣泡圖的做法胡桨，我們寫過很多很多官帘，但是這些圖基本上都是利用Seurat提取了數(shù)據(jù)，然后在ggplot2中完成的昧谊。因為Seurat包中的DotPlot函數(shù)的底層就是gg...