這個(gè)數(shù)據(jù)是不夠的
GSEA富集分析的點(diǎn)狀圖畫法（R）GSEA運(yùn)行完以后默認(rèn)出圖較丑，而且只是png格式，不能改字體和大小柜裸，分辨率還是可憐的96dpi吹由，就像下面這個(gè)圖党涕，遠(yuǎn)看可以计技，近看不行妻导，遠(yuǎn)達(dá)不到SCI要求涌攻。 但其實(shí)知道原理的話...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：寧夏
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使用R語言局部放大圖片更多教程請(qǐng)瀏覽我的博客地址R語言畫圖之圖片局部放大[https://swcyo.rbind.io/course/2024-01-21-r-zoom/r-zoom/] 在處理圖...
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【R畫圖學(xué)習(xí)6.2】Venn圖---VennDetail上一篇我們講了傳統(tǒng)venn圖的畫法欧引，今天測(cè)試另外一個(gè)包VennDetail，有點(diǎn)還是它綜合了upset恳谎，從而能處理大于5維的數(shù)據(jù)芝此。 首先沒有安裝的話，安裝這個(gè)包因痛。 libra...
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是的婚苹，我這是演示數(shù)據(jù)，genelist要用自己的
另外GSEA是隨機(jī)運(yùn)行次數(shù)婚肆，每次跑的時(shí)候都會(huì)有部分不同的租副，另外就是GSEA()運(yùn)行的是gson本地?cái)?shù)據(jù)，gseaKEGG()是實(shí)時(shí)數(shù)據(jù)较性，是有細(xì)微不同的一句代碼同時(shí)運(yùn)行多組富集分析
傳統(tǒng)的富集分析的步驟是： 計(jì)算出差異表達(dá)基因列表 運(yùn)行GO 運(yùn)行KEGG當(dāng)然用僧，也可以運(yùn)行其他富集分析结胀，比如DO，Wikipathways或者Reactome等等责循，然后再可視化...
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R可視化重復(fù)測(cè)量的方差分析糟港，自動(dòng)兩兩比較參考Mixed ANOVA in R: The Ultimate Guide - Datanovia[https://www.datanovia.com/en/lessons...
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cel格式的芯片原始數(shù)據(jù)處理
收到一個(gè)學(xué)生求助，得到空的表達(dá)矩陣院仿，限于目前初學(xué)的狀態(tài)秸抚，處理原始數(shù)據(jù)比較困難，但又急用歹垫，這不剥汤，我來幫忙咯。 1.初步探索 表達(dá)矩陣確實(shí)是空的排惨，不過附件里提供了cel格式的原始...
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是不是很牛
pak包：一條指令解決包的安裝問題吭敢，支持CRAN，Bioconductor和Github暮芭，還支持自動(dòng)更新
R語言有很多強(qiáng)大的包鹿驼，而且各種包之間還相互依賴，尤其是CRAN和Bioconductor還經(jīng)常相互依賴辕宏，但是安裝指令卻不一樣畜晰，再比如Github上的包，有時(shí)候更新的話還要重新...
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Stay Hungry. Stay Foolish<br>學(xué)點(diǎn)R語言，搞點(diǎn)數(shù)據(jù)挖掘<br>專注腫瘤研究和學(xué)習(xí)<br>ORCID:<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Forcid.org%2F0000-0002-0660-7802" target="_blank">https://orcid.org/0000-0002-0660-7802</a><br>CSDN：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fblog.csdn.net%2Flijianpeng0302%3Ftype%3Dblog" target="_blank">https://blog.csdn.net/lijianpeng0302?type=blog</a> 生信小鵬
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使用R下載HPA數(shù)據(jù)庫的免疫組化數(shù)據(jù)
HPA數(shù)據(jù)庫有豐富的切片數(shù)據(jù)和免疫組化的切片聚假，可以從網(wǎng)站一個(gè)個(gè)下載保存野宜，然后把對(duì)應(yīng)的信息保存，再重命名魔策，再次比對(duì)信息。 但是河胎，這樣的操作闯袒，可謂耗時(shí)耗力，還有可能在對(duì)比的時(shí)候出...
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一句代碼同時(shí)運(yùn)行多組富集分析傳統(tǒng)的富集分析的步驟是： 計(jì)算出差異表達(dá)基因列表 運(yùn)行GO 運(yùn)行KEGG當(dāng)然游岳，也可以運(yùn)行其他富集分析政敢，比如DO，Wikipathways或者Reactome等等胚迫，然后再可視化...
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pak包：一條指令解決包的安裝問題喷户，支持CRAN，Bioconductor和Github访锻，還支持自動(dòng)更新R語言有很多強(qiáng)大的包褪尝，而且各種包之間還相互依賴闹获，尤其是CRAN和Bioconductor還經(jīng)常相互依賴，但是安裝指令卻不一樣河哑，再比如Github上的包避诽，有時(shí)候更新的話還要重新...
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Rstudio下載不了怎么辦？隨著Rstudio改名為posit后璃谨，現(xiàn)在下載安裝包也成問題了沙庐，以前的下載網(wǎng)頁已經(jīng)不能用了，而這個(gè)posit.co域名我又打不開佳吞，好尷尬拱雏。。底扳。铸抑。。 只發(fā)現(xiàn)了一個(gè)2018年的鏡...
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R進(jìn)行兩因素重復(fù)測(cè)量方差分析并可視化（雙組折線圖）在仙桃學(xué)術(shù)上的生信工具里面花盐，有一個(gè)折線圖的繪圖工具羡滑，可以很快速便捷的得出結(jié)論并可視化結(jié)果，當(dāng)然不是說這個(gè)功能有多強(qiáng)大算芯，而是統(tǒng)計(jì)學(xué)方法非常專業(yè)柒昏。比如用它自帶的數(shù)據(jù)https:/...
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risktable解決不了
R語言用patchwork對(duì)ggsurvplot進(jìn)行排序
patchwork包是一個(gè)非常方便能夠?qū)Χ鄠€(gè)ggplot對(duì)象進(jìn)行排序、合并輸出的包熙揍。但是在批量做生存曲線的時(shí)候职祷，發(fā)現(xiàn)這個(gè)包不能對(duì)ggsurvplot對(duì)象進(jìn)行排序，并且會(huì)出現(xiàn)如...
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使用R語言rstatix包進(jìn)行ANOVA并自動(dòng)兩兩比較可視化關(guān)于單因素方差分析届囚，網(wǎng)上有很多方法有梆，比如使用R語言進(jìn)行單因素方差分析以及結(jié)果可視化[https://mp.weixin.qq.com/s/PDbuql_ANZVu14Sk6V...
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利用TCGAbiolinks下載病理學(xué)報(bào)告（PDF）和切片圖像（SVS）我們平時(shí)使用TCGA的使用，基本都是下載臨床特征數(shù)據(jù)意系，生存數(shù)據(jù)泥耀，基因表達(dá)量，高級(jí)一點(diǎn)的還可以去下載體細(xì)胞突變蛔添，拷貝變異數(shù)和DNA甲基化等痰催。如果知道一些算法，還可以去獲取MSI...
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使用multipleROC快速繪制ROC曲線之前我寫過一篇使用pROC包畫好看的ROC曲線[https://swcyo.rbind.io/course/proc/]的教程迎瞧，那篇教程中使用的是pROC夸溶，這個(gè)包可以快速擬合...
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這個(gè)需要自己下載捷绑，去GSEA官網(wǎng)
R做GSEA富集分析
首先感謝Y叔的clusterprofiler神包韩脑，做富集分析優(yōu)點(diǎn)是在線爬取數(shù)據(jù)，結(jié)果很可信胎食，但是缺點(diǎn)也是網(wǎng)絡(luò)問題扰才，網(wǎng)絡(luò)差點(diǎn)就要等很久，不過GSEA有自帶GMT文件厕怜，因此下載好...
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GSEA軟件的二次作圖我們知道衩匣，用GSEA的java軟件分析的結(jié)果之后，默認(rèn)的圖是png粥航，而且只有72 dpi琅捏，比如下面這樣的 其實(shí)顏值也還好，但是很模糊递雀，這是很不方便用于發(fā)文章的柄延，那么有沒有一些...
