clusterProfiler包是Y叔開發(fā)的一個強(qiáng)大的能進(jìn)行多種功能富集的R包纺且，對于有OrgDb或AnnotationHub中收錄的物種進(jìn)行GO和KEGG的富集分析非常的方便...
發(fā)簡信
IP屬地：北京
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使用clusterProfiler包對非模式生物進(jìn)行GO和KEGG的富集分析
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RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差異基因分析→ggplot2作火山圖→biomaRt轉(zhuǎn)換ID并注釋請一定看這里：寫下來只是為了記錄一些自己的實(shí)踐难述，當(dāng)然如果能對你有所幫助那就更好了踩身，歡迎大家和我交流 差異分析流程: 1 初始數(shù)據(jù) 2 標(biāo)準(zhǔn)化(normalization)：D...
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富集分析天花板之ClusterProfiler4說在前面 在國內(nèi)做生信的小伙伴或多或少都聽過一個大名鼎鼎的名字---Y叔着饥，想當(dāng)初小編初入生信大門時還專門百度查了一下，他就是南方醫(yī)科大學(xué)生物信息學(xué)系主任余光創(chuàng)教授惰赋。Y叔在國際...
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基因組質(zhì)量評估 | LAI轉(zhuǎn)載自 LAI: 評估基因組質(zhì)量一個標(biāo)準(zhǔn) 基因組組裝完成之后宰掉，就需要對最后的質(zhì)量進(jìn)行評估。我們希望得到的contig文件中赁濒，每個contig都能足夠的長轨奄，能夠有一個完整的基...
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Liu2024 GBTS grape
Liu, J.; Wang, H.; Fan, X.; Zhang, Y.; Sun, L.; Liu, C.; Fang, Z.; Zhou, J.; Peng, H.; ...
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根據(jù)長度對向量或列表進(jìn)行拆分
有時候數(shù)據(jù)量太大，就有必要把數(shù)據(jù)進(jìn)行分割以縮短運(yùn)行時間拒炎。rep函數(shù)會構(gòu)建一個重復(fù)索引挪拟，然后根據(jù)索引從原始向量中提取對應(yīng)的元素并給到子向量。rep函數(shù)同時也考慮到不能整除（le...
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應(yīng)該是最新最詳細(xì)的MUMmer中文使用說明如何使用MUMmer比對大片段序列 測序技術(shù)剛開始發(fā)展的時候击你，大家得到的序列都是單個基因的長度玉组，所以一般都是逐個基因的比較，用的都是BLAST或FASTA通過逐個基因聯(lián)配的方...
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跟著Nature Communications學(xué)數(shù)據(jù)分析：基因組水平的比對鑒定結(jié)構(gòu)變異論文 Pan-genome inversion index reveals evolutionary insights into the subpopulation stru...
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ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下圖所示丁侄。真核生物 DNA 與核小體結(jié)合形成染色質(zhì)惯雳，結(jié)合的緊密程度是動態(tài)變化的。當(dāng) DNA 需要復(fù)制或轉(zhuǎn)錄時鸿摇，結(jié)合變得松散讓 DNA 暴露石景。暴露的 ...
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annovar的avinput轉(zhuǎn)為vcf
最近遇到問題，要將annovar的結(jié)果轉(zhuǎn)為vcf拙吉，然后用這個vcf對比另一個vcf潮孽，找二者共有的變異。其實(shí)就是一個bedtools intersect的事筷黔，但是annovar...
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3. SNP Calling以GATK流程為例往史，簡單來說，SNP Calling主要包括以下幾步： 1. 給參考基因組建立索引：samtools faidx佛舱、bwa index, gatk Create...
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NGS 數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件—fastp陳實(shí)富博士編寫的 fastp 軟件能實(shí)現(xiàn) FASTQ 數(shù)據(jù)自動化過濾椎例、剪裁挨决、錯誤校正等功能，因其多樣的功能和高效的速度受到了許多用戶的歡迎粟矿，已成為 NGS 質(zhì)控領(lǐng)域不可或缺的...
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人類泛基因組草圖發(fā)布近日凰棉，人類泛基因組參考聯(lián)盟（HPRC）在《Nature》雜志上發(fā)表了《人類泛基因組草圖》。相較于我們常用的GRCh37陌粹、GRh38 等線性參考基因組撒犀，泛基因組在微小變異檢測和...
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全基因組重測序流程【超細(xì)致！掏秩！】
自己在研究生的第一個項(xiàng)目就是處理重測序數(shù)據(jù)或舞，在做的過程中參考了很多資料，現(xiàn)在把整個重測序的上游分析流程分享給大家蒙幻，一些關(guān)鍵環(huán)節(jié)已經(jīng)幫大家踩過坑了映凳，相信跟著學(xué)習(xí)實(shí)踐一定能夠收獲...
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