微信公眾號(hào)～小明學(xué)習(xí)室报账，主要分享如何利用醫(yī)學(xué)公共數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)表文章
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RNA velocity分析練習(xí)（四）聚類以及velocity可視化系列回顧：1.RNA velocity分析練習(xí)（一）文件下載以及預(yù)處理2.RNA velocity分析練習(xí)（二）軟件安裝3.RNA velocity分析練習(xí)（三）生成loom...
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@愛(ài)生活更愛(ài)Zyd 我的數(shù)據(jù)那一列不是otu呢扛拨，根據(jù)自己的數(shù)據(jù)來(lái)
16s微生物WGCNA實(shí)例學(xué)習(xí)筆記
WGCNA其譯為加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析矮烹。該分析方法旨在尋找協(xié)同表達(dá)的基因模塊(module)，并探索基因網(wǎng)絡(luò)與關(guān)注的表型之間的關(guān)聯(lián)關(guān)系褐啡，以及網(wǎng)絡(luò)中的核心基因。適用于復(fù)雜的數(shù)據(jù)...
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非模式生物KEGG富集分析寫(xiě)在前面 因?yàn)槲已芯康奈锓N比較小眾鳖昌，很多注釋不完全备畦，R包AnnotationHub中也沒(méi)有對(duì)應(yīng)信息，所以無(wú)法使用公共數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行kegg富集分析许昨。所以自己嘗試使用KAAS造一個(gè)...
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「生信軟件」細(xì)菌質(zhì)粒組裝
pATLAS smaegol/PlasFlow BU-ISCIII/plasmidID phac-nml/mob-suite zhenchengfang/PPR-Meta S...
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TCGA 拷貝數(shù)變異（CNV）數(shù)據(jù)整理（一）
zhuang_gj 3月-09-2021 從TCGA下載Masked Copy Number Segment 數(shù)據(jù)-----解壓后進(jìn)行處理 marker file數(shù)據(jù)下載和處...
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TCGA生存模型的構(gòu)建以及模型預(yù)測(cè)和評(píng)估生存模型的構(gòu)建方法包括：1. Lasso回歸；2. Cox多因素回歸速那；3. 隨機(jī)森林俐银；4. 支持向量機(jī) 可以把log_rank_test或cox篩選出的基因單獨(dú)做模型構(gòu)建，也...
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GSEA和GSVA端仰，再也不用去下載gmt文件咯前言 我是在y蜀黍的書(shū)里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一個(gè)叫msigdbr的包捶惜，就是把MsigDB的那些基因集合都R語(yǔ)言化了。那么以后想做G...
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ggpubr包繪制SCI文章圖（基礎(chǔ)知識(shí)）最近年中總結(jié)荔烧，我們學(xué)習(xí)一些基礎(chǔ)知識(shí)吱七，還有幾天總結(jié)就結(jié)束了，期待FFPE做空間轉(zhuǎn)錄組大放異彩 安裝及加載ggpubr包 安裝方式有兩種： 直接從CRAN安裝： 從GitHub上...
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單基因TCGA的Cox森林圖怎么畫(huà)才好看首先調(diào)取Xena網(wǎng)頁(yè)的TCGA數(shù)據(jù)做Cox生存分析鹤竭，數(shù)據(jù)可以通過(guò)hiplot官網(wǎng)自主研發(fā)的ucsc-xena-shiny直接在線獲取訪問(wèn)https://hiplot.com....
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R語(yǔ)言獲取 GO/KEGG 中某一通路的基因集
有時(shí)候我們想看某一特定通路的富集情況苍碟，這時(shí)就需要獲取該通路的基因集。 一撮执、從 GO 中獲取 下載腳本 getGoTerm.R[https://github.com/Jiaha...
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TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選颜凯，多因素cox建模，時(shí)間依賴ROC曲線及KM plot可視化）測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
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