問題最初產(chǎn)生于conda安裝了java-jdk和fastqc后，fastqc仍然無(wú)法使用钉凌，用java --version確認(rèn)之后發(fā)現(xiàn)java的VM存在問題建钥。于是手動(dòng)下載了JA...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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FASTQC-遇到的java.lang.NullPointerException: Cannot load from short array because "sun.awt.FontConfi... -
GEO數(shù)據(jù)上傳1选调、創(chuàng)建賬號(hào)將數(shù)據(jù)上傳到GEO[https://www.plob.org/tag/geo]數(shù)據(jù)庫(kù)骤公，首先要?jiǎng)?chuàng)建并登陸NCBI帳號(hào)堕义， 然后進(jìn)入提交的網(wǎng)址：https://www....
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awk比較兩文件（-）
發(fā)現(xiàn)awk比較的時(shí)候可以用-代替某一個(gè)文件坏瞄，這樣讓整個(gè)代碼更靈活： 取代第一個(gè)文件的位置： 這樣在提取bam文件的信息的時(shí)候比較方面桂对，比如：
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解決python中導(dǎo)出的pdf不能編輯問題
python默認(rèn)輸出的pdf格式是type3，這種不能在 Adobe Illustrator中編輯文字等信息鸠匀，需要改成type42. 或者直接更改matplotlib的默認(rèn)設(shè)...
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不好意思 忘記改了蕉斜！
ChIP-seq分析的一般流程方法
現(xiàn)在ChIP-seq的數(shù)據(jù)基本是最常見的測(cè)序數(shù)據(jù)類型之一，主要有Transcription factor ChIP-seq和Histone ChIP-seq。前者是看轉(zhuǎn)錄因子...
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R語(yǔ)言z-score轉(zhuǎn)p.value
z-score計(jì)算方法為：Z =（x-μ）/ σμ為均值宅此，σ為標(biāo)準(zhǔn)差机错。 以下是R中將z-score轉(zhuǎn)為p.value的方法： pnorm(q, mean = 0, sd = ...
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ggplot2 annotate文本設(shè)置意大利斜體有時(shí)ggplot作圖時(shí)希望某些字變成斜體，可以導(dǎo)入U(xiǎn)nicode包實(shí)現(xiàn)： 可以實(shí)現(xiàn)p為斜體： 注意保存的時(shí)候父腕，要使用cairo_pdf()而不是pdf()弱匪，否則p有可能顯示不...
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解決devtools.install中的/bin/gtar:not found問題
來(lái)自https://github.com/r-dbi/RPostgres/issues/110[https://github.com/r-dbi/RPostgres/issu...
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解決matplotlib中的Invalid DISPLAY variable錯(cuò)誤
在本地pyplot畫圖可以運(yùn)行，但是在服務(wù)器顯示以下錯(cuò)誤： 其實(shí)這是因?yàn)閙atplotlib是默認(rèn)畫圖backend是TkAgg璧亮，這個(gè)需要有GUI的圖形界面萧诫。只需要指定不需要...
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bigwig轉(zhuǎn)bed文件
bigwig轉(zhuǎn)bed文件首先需要將bigwig轉(zhuǎn)為wig文件 利用BEDOPS的 wig2bed]將wig文件轉(zhuǎn) bed文件 參考：https://bioinformatic...
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ATAC-seq分析干貨-2
作者 | Arno審稿 | 童蒙編輯 | amethyst 上一期我們介紹了ATAC-seq相關(guān)的背景知識(shí)。ATAC-Seq能幫助我們從全基因組范圍內(nèi)推測(cè)可能的開放染色質(zhì)位點(diǎn)...
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matplotlib圓環(huán)圖/餅圖顯示比值構(gòu)建一個(gè)顯示的數(shù)值的函數(shù)枝嘶，將plt.pie中的autopct=該函數(shù)即可帘饶。 代碼： 生成圖：
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scHCL || 鑒定人的單細(xì)胞數(shù)據(jù)細(xì)胞類型
以自己的seurat對(duì)象的分群來(lái)鑒定細(xì)胞類群 參考：https://github.com/ggjlab/scHCL[https://github.com/ggjlab/scHCL]
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對(duì)10X單細(xì)胞reads進(jìn)行隨機(jī)抽樣
此功能使用樣本中的信息通過指定的道具對(duì)每個(gè)分子的讀數(shù)進(jìn)行下采樣群扶。然后及刻，它基于具有非零讀取計(jì)數(shù)的分子構(gòu)造一個(gè)UMI計(jì)數(shù)矩陣。目的是消除技術(shù)噪聲中的差異穷当，這些差異可以按批次進(jìn)行聚...
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ggplot重新畫seurat對(duì)象的聚類圖
參考：https://stackoverflow.com/questions/59101791/seurat-dimplot-highlight-specific-group...
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jupyter配置代碼自動(dòng)補(bǔ)全linux下安裝nbextensions，jupyter_nbextensions_configurator淹禾。 重啟jupyter馁菜，在根目錄下，點(diǎn)擊Nbextensions標(biāo)...
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cellranger拆分BCL數(shù)據(jù)cellranger mkfastq Illumina測(cè)序下機(jī)后的數(shù)據(jù)為 原始數(shù)據(jù)（raw base call ）BCL文件铃岔，拿到BCL文件之后汪疮，第一步是使用cellrang...
個(gè)人介紹
生物信息；python/R/Shell編程學(xué)習(xí)~
生信博士在讀~ wx同號(hào)～
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