hello冰蘑，大家好，最近呢料祠，10X單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組 + 10X單細(xì)胞ATAC的多組學(xué)測(cè)序技術(shù)日漸成熟改衩，因?yàn)檫@樣技術(shù)同時(shí)可以獲得一個(gè)細(xì)胞表達(dá)的轉(zhuǎn)錄組信息和ATAC的信息，所以很多...
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10X單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組 + 10X單細(xì)胞ATAC的聯(lián)合分析（WNN） -
三種Monocle3安裝教程
1. 官方教程 按照官方教程安裝會(huì)出現(xiàn)一堆bug（包括版本依賴侍筛，底層庫(kù)的缺失萤皂，C++源碼語(yǔ)法與編譯器的不兼容兼容，以及編譯器編譯過(guò)程中的不確定錯(cuò)誤）匣椰，建議在嘗試一天之后及時(shí)停...
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深入理解R包AUcell對(duì)于分析單細(xì)胞的作用首先我們來(lái)看看對(duì)AUcell的介紹AUCell可以識(shí)別單細(xì)胞RNA序列數(shù)據(jù)中具有活躍基因集（例如signatures裆熙，基因模塊...）的細(xì)胞。 AUCell使用“曲線下面積”...
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差分網(wǎng)絡(luò)分析DiffCoEx
簡(jiǎn)介 WGCNA網(wǎng)絡(luò)分析以后禽笑，我們可以對(duì)一些sample構(gòu)建出共表達(dá)的網(wǎng)絡(luò)入录，那么這里有一個(gè)問(wèn)題，那就是不同處理下的sample（比方說(shuō)treat和control）佳镜，它們的共表...
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ggplot畫各種橢圓受啟發(fā)與某群的討論僚稿，今天來(lái)玩一下用ggplot畫個(gè)小橢圓 ggplot畫置信橢圓 我們之前介紹了置信橢圓的畫法，參見(jiàn)置信橢圓與R畫法蟀伸，我們介紹了利用ggplot來(lái)畫橢圓蚀同，我們...
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單細(xì)胞與GWAS數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析復(fù)雜性狀的細(xì)胞類型表達(dá)特異性整合（CELLECT）是一個(gè)計(jì)算工具包缅刽，用于識(shí)別復(fù)雜性狀潛在的可能病因細(xì)胞類型。CELLECT利用現(xiàn)有的遺傳優(yōu)先級(jí)模型唤崭，在識(shí)別可能的病因細(xì)胞類型時(shí)...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的跨物種分析文章信息 作者信息 摘要： 使用scRNA測(cè)序分析成千上萬(wàn)個(gè)單細(xì)胞的能力徹底改變了細(xì)胞和發(fā)育生物學(xué)領(lǐng)域拷恨，為跨許多物種的細(xì)胞類型和功能的多樣性提供了令人難以置信的見(jiàn)解。這些技術(shù)...
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單細(xì)胞互作分析-cellphonedb前言： 大家好谢肾，今天我們一起學(xué)習(xí)一下如何利用CellphoneDB對(duì)單細(xì)胞分析結(jié)果進(jìn)行互作分析腕侄，當(dāng)前CellphoneDB的最新版本是4.0.0，可以對(duì)單細(xì)胞中不同細(xì)胞群水平...
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CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（2）在開(kāi)始筆記之前我只想吐槽一下芦疏，官網(wǎng)里這一部分的代碼錯(cuò)的離譜Ｃ岣堋！酸茴！各種報(bào)錯(cuò)報(bào)的我懷疑人生分预。。薪捍。 第四節(jié) 比對(duì)結(jié)果過(guò)濾和文件格式轉(zhuǎn)換 （一）利用比對(duì)質(zhì)量過(guò)濾比對(duì)上的【可選步驟】 ...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）基因集打分方法匯總
hello笼痹，大家好，今天周一酪穿，做一個(gè)簡(jiǎn)單的匯總凳干，主要針對(duì)基因集打分，無(wú)論是單細(xì)胞還是空間被济，基因集打分都很普遍救赐，方法也很多，我們來(lái)總結(jié)一下只磷。 研究背景 在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中经磅，整...
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如何使用R計(jì)算香農(nóng)熵？前言 1.1948 年钮追，香農(nóng)提出了“信息熵”(shāng)预厌； 2.信息量的度量就等于不確定性的多少。即：要搞懂一個(gè)非常非常不確定（gaoleng）的女孩（或是說(shuō)我們一無(wú)所知的...
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【單細(xì)胞】krona展示細(xì)胞類型分布前面也測(cè)試過(guò)好幾個(gè)畫餅圖的方法元媚。最近看到在展示單細(xì)胞數(shù)據(jù)的時(shí)候轧叽，別人展示的這個(gè)不同層的比例挺好看的，看了一下惠毁，是宏基因組領(lǐng)域展示物種分類常用的工具：krona犹芹。所以崎页，我們學(xué)習(xí)...
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saddleplot | A/B compartments日常瞎掰 ??HiC-seq可以用來(lái)研究基因組范圍內(nèi)的染色體片段之間的交互情況鞠绰，這其中會(huì)涉及到染色質(zhì)區(qū)室(A/B compartments)的變化情況。HiC的相關(guān)概念這里不...
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學(xué)會(huì)正確選擇多序列比對(duì)（coding-sequences）軟件前幾天飒焦，實(shí)驗(yàn)室的師弟師妹通過(guò)本地blast獲取一些沒(méi)有基因組注釋物種的蛋白編碼序列蜈膨。原本以為可以快速地進(jìn)行下一步的選擇壓力分析屿笼，沒(méi)想到卻在多序列比對(duì)這一環(huán)節(jié)出現(xiàn)了棘手的問(wèn)題。...
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一起玩轉(zhuǎn)HiC格式轉(zhuǎn)換日常瞎掰 ??五一放假了么翁巍？??放了驴一！好像又沒(méi)放。無(wú)所謂了灶壶，反正已經(jīng)禁足快五十天了肝断，都已經(jīng)失去知覺(jué)了！有一種“不知天上宮闕驰凛，今夕是何年”的朦朦朧朧的恍惚胸懈！??《那年那兔那些事...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析之蛋白活性推斷篇作者，Evil Genius 世事無(wú)常 315打假日 2月26日獲知家里電信詐騙恰响，到今日過(guò)去了17天趣钱，從一開(kāi)始的震驚，到冷靜也僅用了3天胚宦， 我特別感謝那些幫助了我的人首有，很多...
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irGSEA：基于秩次的單細(xì)胞基因集富集分析整合框架（中文教程）一、背景 在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中枢劝，整合多樣本數(shù)據(jù)進(jìn)行分析逐漸成為一種趨勢(shì)井联。越來(lái)越多的研究者趨于使用未校正批次效應(yīng)后的數(shù)據(jù)進(jìn)行差異基因分析。他們認(rèn)為呈野，校正批次效應(yīng)后的數(shù)據(jù)低矮，會(huì)掩蓋...
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木有賣出嗎？ip感覺(jué)是jimmy那邊
R相互學(xué)習(xí)被冒，手把手寫代碼军掂，繪圖
作者，Evil Genius 沒(méi)辦法了昨悼，如果R語(yǔ)言基礎(chǔ)薄弱的同學(xué)留個(gè)言吧蝗锥，我們來(lái)學(xué)習(xí)學(xué)習(xí)，時(shí)間預(yù)計(jì)這周六吧率触，用一天的時(shí)間來(lái)學(xué)通R語(yǔ)言终议。
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self-organizing map(SOM)的階段性學(xué)習(xí)參考連接：https://www.r-bloggers.com/self-organising-maps-for-customer-segmentation-using-r/...