日常瞎掰 ??一圖勝千言捆愁，說明了其作為一種展現(xiàn)形式在呈現(xiàn)數(shù)據(jù)結(jié)果時的重要性沉眶。雖說圖的本質(zhì)是用來展示結(jié)果，其最主要的功能是以簡單的形式說明數(shù)據(jù)中蘊含的意義暑中，但有時候好看的外表也...
發(fā)簡信
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R繪圖配色總結(jié) -
「用一個更復(fù)雜的例子泉粉，來深入學(xué)習(xí)DESeq2差異表達(dá)分析后的小分析」這篇文章连霉，對Griffith Lab[https://genviz.org/module-04-expression/0004/02/01/DifferentialExpre...
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使用HINT-ATAC進(jìn)行ATAC-Seq的footprinting分析關(guān)于ATAC-seq分析，在網(wǎng)上看到兩篇關(guān)于同一片綜述的翻譯嗡靡，寫的很好：ATAC-seq數(shù)據(jù)分析工具的比較和推薦（Genome Biology綜述）ATAC-seq生信分析綜...
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使用ggplot2和ggrepel包做火山圖我是個R新手跺撼，只會簡單的畫一些圖，還不能隨心所欲的畫圖叽躯。Hadley Wickham男神的ggplot2包以及tidyverse超級大包真是讓人膜拜财边！最近實驗室留學(xué)生讓我?guī)退?..
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學(xué)習(xí)了??
UMAP圖上同時展示多個marker基因
最近有小伙伴問道一個問題，如何在一個單細(xì)胞UMAP/TSNE圖上展示多個marker基因的表達(dá)点骑，乍一看挺簡單的酣难，后來也是思考了一些時間，慢慢解決了這個問題黑滴。 首先憨募，Seura...
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UMAP圖上同時展示多個marker基因
最近有小伙伴問道一個問題，如何在一個單細(xì)胞UMAP/TSNE圖上展示多個marker基因的表達(dá)袁辈，乍一看挺簡單的菜谣，后來也是思考了一些時間，慢慢解決了這個問題晚缩。 首先尾膊，Seura...
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轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究數(shù)據(jù)庫推薦 | 你要找的ChIP-seq數(shù)據(jù)都在這里啦冈敛！
染色質(zhì)免疫沉淀、DNase-I超敏反應(yīng)和轉(zhuǎn)座酶可及性分析結(jié)合高通量測序鸣皂，使染色質(zhì)動力學(xué)抓谴、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合和基因調(diào)控的全基因組研究成為可能暮蹂。 來自同濟(jì)大學(xué)的研究人員開發(fā)了人類和小鼠...
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什么時候使用Bismark的non_directional參數(shù)Bismark是做甲基化數(shù)據(jù)分析常用軟件，其中有一個--non_directional的參數(shù)癌压，默認(rèn)是不啟用仰泻，如果需要時未啟用該參數(shù)，會導(dǎo)致mapping rate下降近一半滩届。...
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DNA甲基化Bismark、BSMAP流程跑起來日常掰蝦 ??前面學(xué)習(xí)了DNA甲基化的基礎(chǔ)知識券犁，也了解了它的重要性术健，不知道的同學(xué)看這里，DNA甲基化知識概述[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz...
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R語言：clusterProfiler進(jìn)行GO富集分析和Gene_ID轉(zhuǎn)換
一粘衬、讀取文件荞估，ID轉(zhuǎn)換 1.讀取文件 2.ID轉(zhuǎn)換，ENTREZID是進(jìn)行GO分析最好的ID類型（針對clusterProfiler） ID轉(zhuǎn)換用到的是bitr()函數(shù)稚新，bi...
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clusterProfiler包進(jìn)行id轉(zhuǎn)換常用id Ensemble id：由歐洲生物信息數(shù)據(jù)庫提供勘伺，一般以ENSG開頭，后邊跟11位數(shù)字褂删。如TP53基因：ENSG00000141510Entrez id：由美國NC...
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利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析前言:微博參與話題 #給你四年時間你也學(xué)不會生信#主要參考：GEO數(shù)據(jù)挖掘小嘗試：（三）利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析Y叔開發(fā)的R包clusterProfil...
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clusterProfiler基因功能富集分析 +氣泡圖1. 非模式生物 非模式生物需要提前從AnnotationHub抓取目標(biāo)物種的OrgDb數(shù)據(jù)庫飞醉，這個庫里包括Uniport，ENSEMBL屯阀，ENTREZID缅帘，REFSEQ，G...
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ChIP-seq數(shù)據(jù)質(zhì)控日常瞎掰 ??ChIP-seq可以用來研究某種轉(zhuǎn)錄因子或者組蛋白(后面統(tǒng)稱為蛋白因子吧)在基因組上的結(jié)合位置，從而來確定蛋白因子可能調(diào)控的靶基因盖袭，繼而推測出在生物過程中的相關(guān)...
