今天悲敷，分享一篇浙大樊老師和華大發(fā)表在Developmental Cell 上的，題目是“Spatiotemporal transcriptomic landscape of ...
發(fā)簡信
IP屬地：北京
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【文獻分享】水稻種胚單細胞時空圖譜 -
【文獻分享】玉米雌穗空間轉錄組圖譜今天分享一篇空間轉錄組的文章俭令，在Nature Plants發(fā)表的題為“”A spatial transcriptome map of the developing maize...
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【微生物文獻】The Populus holobiont dissecting the effects of plant niches and genotype on the microbiome微生物在許多宿主生物中發(fā)揮著重要作用后德。想要了解從根際土壤到植物冠層不同生態(tài)位的微生物變化，必須更好地了解微生物組成和功能抄腔。今天分享1篇有關楊樹的微生物組相關的文章“The P...
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【微生物文獻】Host genetic determinants drive compartment-specific assembly of tea plant microbiomes植物微生物通常被稱為植物的第二套基因組瓢湃，利用微生物來輔助育種也越來越常見理张。盡管鑒定了很多植物有益微生物，但是宿主基因型對于微生物的組裝還很有限绵患。近年來雾叭，也越來越多的作物開始探...
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【微生物文獻】Heritable microbiome variation is correlated with source environment in locally adapted ma...今天分享1篇揭示玉米與根際有益微生物互作的遺傳調控及環(huán)境適應性機理的文章，最近發(fā)表在NP上面藏雏。 =======實驗設計======= 在這個研究中拷况，選取了129份玉米材料，其...
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【微生物文獻】Longitudinal profiling of the microbiome at four body sites reveals core stability and ind...今天分享一篇掘殴，3月12日發(fā)表在 Cell 旗下的 Cell Host & Microbe 期刊中的一篇文章。 每個人身體中包含數(shù)以萬億計的細菌粟誓，通常被稱為微生物組奏寨。每個人體內...
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【嫁接文獻】植物通過b-1,4-葡聚糖酶促進植物之間的嫁接最近一直在學習植物再生能力方面的知識。今天分享一篇2020年發(fā)表在science上的一篇文章鹰服，根據(jù)報道病瞳，題目是《Cell-cell adhesion in plant gra...
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【微生物文獻】碳納米溶膠重塑植物根際微生物今天分享一篇我們自己的文章。發(fā)在《Journal of Nanobiotechnology》的題目為：“Carbon nanosol-induced assemblage o...
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【微生物文獻】根際有益微生物VOC促進植物生長今天分享一篇悲酷，最近發(fā)在Nature Ecology & Evolution的paper：Microbe-induced phenotypic variation leads ...
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【文獻分享】玉米胚乳單細胞圖譜最近套菜，中國農業(yè)大學在Nature Communications發(fā)表了題為“Decoding the gene regulatory network of endosperm ...
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【微生物文獻】葉際微生物抑制病原微生物新機制最近，雜交水稻全國重點實驗室在Nature Communications發(fā)表了題為“Microbiome homeostasis on rice leaves is regu...
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【單細胞】軌跡分析-slingshot軌跡推斷/分析是研究細胞動力學的重要方法设易，它是單細胞研究應用中一種常見的手段逗柴。目前已經(jīng)開發(fā)出了大量的軌跡分析算法，最常用是monocle系列（前面我們介紹的也有）顿肺，這些算法都...
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【文獻分享】單細胞揭示谷類作物的性狀進化今天分享一篇做植物單細胞進化分析方面的文章，動物里面看過好幾篇經(jīng)典的給予單細胞數(shù)據(jù)的進化分析，植物里面還見的比較少报嵌，也就是偶爾在一些文章里面做下比如擬南芥和水稻的比較分析而已...
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【DoRothEA】單細胞轉錄因子分析今天學習另外一個轉錄因子活性預測工具：DoRothEA糜颠。很多文章用的也是這個工具，看起來比pySCENIC好像快很多讼昆。其實托享，單細胞轉錄因子分析本質上是計算一種specific...
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【文獻分享】空間轉錄組解析宿主-細菌-真菌互作今天分享一篇發(fā)表在NBT上的一篇叫做“Spatial metatranscriptomics resolves host-bacteria-fungi interactome...
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【跟著CNS來作圖2】復雜熱圖今天我們嘗試復現(xiàn)一個熱圖，下面圖C的右邊部分浸赫。 下載附表的原始數(shù)據(jù)闰围。 首先加載需要的包： library(xlsx) library(ComplexHeatmap) libr...
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【文獻分享】單細胞水平棉花萜類物質合成與調控機制今天分享一篇發(fā)表在MP上面的一個paper，是中國科學院分子植物科學卓越創(chuàng)新中心發(fā)表的掺炭，題目為"Single-cell RNA sequencing reveals a hi...
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【文獻分享】單細胞水平下光信號對擬南芥細胞命運決定的調控機制光是植物生長發(fā)育最重要的調控因子辫诅，不僅為植物提供能源，還作為信號因子調控植物發(fā)育的整個生活史涧狮。其中炕矮，光么夫、暗條件下幼苗的形態(tài)建成是光信號調控植物發(fā)育最顯著的表現(xiàn)形式：暗中生長的...
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【文獻分享】棉花根鹽處理單細胞圖譜土壤鹽堿化問題日益嚴峻，已經(jīng)成為全球范圍內制約植物生長發(fā)育的主要環(huán)境因子之一肤视。根系在植物應答逆境脅迫中具有重要的調節(jié)作用档痪，作為環(huán)境脅迫下最先感知并作出反應的器官，其耐逆機理還...
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【文獻分享】單細胞揭示擬南芥真菌侵染植物免疫過程植物病害對全球糧食安全構成了重大威脅邢滑，了解植物疾病發(fā)生機制腐螟，對制定有效的病原菌防御策略具有重大影響。但是困后，由于病原菌在宿主體內是一個動態(tài)過程乐纸，不同植物細胞和組織對病原菌的精確...