前言 ??HiC數(shù)據(jù)的另外一個用途就是可以推斷染色體的3D結(jié)構(gòu)醋寝。小編也是第一次做染色體三維推斷的分析，而網(wǎng)絡(luò)上也很少能找到關(guān)于此分析的帖子带迟，所以在這過程中也是踩了不少的坑，所...
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IP屬地：浙江
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PASTIS：從HiC矩陣推斷染色體3D結(jié)構(gòu)
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Hyphy仓犬，不亞于Paml的選擇壓力分析的優(yōu)秀軟件嗅绰，使用指北
近幾年來搀继，Hyphy的使用人數(shù)越來越來多窘面，雖然不及paml叽躯，但這款軟件的一些優(yōu)秀特性使得它值得受到使用和關(guān)注财边。首先相比paml点骑，hyphy有以下幾大優(yōu)點： 操作使用簡單制圈。 運...
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在腳本里面調(diào)用conda創(chuàng)建的環(huán)境
事情源于畔况，我在寫腳本的時候鲸鹦，在腳本里面插入了一句 conda activate 環(huán)境名, 然后出現(xiàn)如下的報錯提示 conda認為我沒有初始化環(huán)境，我腳本是在bash環(huán)境下運行...
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服務(wù)器de novo部署shiny app到網(wǎng)頁上為了方便別人快速使用我們文章的數(shù)據(jù)馋嗜，先前給自己的project開發(fā)了一個shiny app吵瞻，現(xiàn)在需要把這個APP部署到網(wǎng)頁上葛菇，因此記錄下整個部署過程甘磨。使用的是個空白的服務(wù)器眯停，...
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基于VCF文件做基因滲入分析(Dsuite)Dsuite軟件文章：Malinsky, M., Matschiner, M. and Svardal, H. (2021) Dsuite ‐ fast D‐statisti...
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群體進化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱之為史上最全基因流（也稱基因遷移）是指從一個物種的一個種群向另一個種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫”的組成滋觉。通過基因交流向群體中引入新的等位基因，是遺傳變異一個非常重要的來源齐邦，...
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kraken2 微生物物種分類kraken 是微生物組分析進行物種分類的工具，目前已經(jīng)是第二代 kraken2 了措拇。kraken2 對比 kraken 重點優(yōu)化了數(shù)據(jù)庫創(chuàng)建速度和數(shù)據(jù)庫大小我纪，以及分類速度。...
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codeml的理論和實踐最近被數(shù)據(jù)分析虐的死去活來浅悉，好難。 參考文獻： Likelihood ratio tests for detecting positiveselection and appl...
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更新go和kegg注釋
非模式物種 step1:注釋把本物種的蛋白序列用diamond到eggnog數(shù)據(jù)庫比對 拿到eggnog的注釋結(jié)果記得吧以#開頭的行全部刪掉step2:構(gòu)建自己的物種數(shù)據(jù)庫 ...
