前言 ??HiC數(shù)據(jù)的另外一個(gè)用途就是可以推斷染色體的3D結(jié)構(gòu)评腺。小編也是第一次做染色體三維推斷的分析帘瞭，而網(wǎng)絡(luò)上也很少能找到關(guān)于此分析的帖子，所以在這過(guò)程中也是踩了不少的坑蒿讥，所...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：浙江
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PASTIS：從HiC矩陣推斷染色體3D結(jié)構(gòu)
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Hyphy蝶念，不亞于Paml的選擇壓力分析的優(yōu)秀軟件，使用指北
近幾年來(lái)芋绸，Hyphy的使用人數(shù)越來(lái)越來(lái)多媒殉，雖然不及paml，但這款軟件的一些優(yōu)秀特性使得它值得受到使用和關(guān)注摔敛。首先相比paml廷蓉，hyphy有以下幾大優(yōu)點(diǎn)： 操作使用簡(jiǎn)單。 運(yùn)...
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在腳本里面調(diào)用conda創(chuàng)建的環(huán)境
事情源于马昙，我在寫(xiě)腳本的時(shí)候桃犬，在腳本里面插入了一句 conda activate 環(huán)境名, 然后出現(xiàn)如下的報(bào)錯(cuò)提示 conda認(rèn)為我沒(méi)有初始化環(huán)境，我腳本是在bash環(huán)境下運(yùn)行...
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服務(wù)器de novo部署shiny app到網(wǎng)頁(yè)上為了方便別人快速使用我們文章的數(shù)據(jù)行楞，先前給自己的project開(kāi)發(fā)了一個(gè)shiny app攒暇，現(xiàn)在需要把這個(gè)APP部署到網(wǎng)頁(yè)上，因此記錄下整個(gè)部署過(guò)程子房。使用的是個(gè)空白的服務(wù)器形用，...
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基于VCF文件做基因滲入分析(Dsuite)Dsuite軟件文章：Malinsky, M., Matschiner, M. and Svardal, H. (2021) Dsuite ‐ fast D‐statisti...
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群體進(jìn)化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱(chēng)之為史上最全基因流（也稱(chēng)基因遷移）是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)就轧，從而改變?nèi)后w“基因庫(kù)”的組成。通過(guò)基因交流向群體中引入新的等位基因尾序，是遺傳變異一個(gè)非常重要的來(lái)源钓丰，...
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kraken2 微生物物種分類(lèi)kraken 是微生物組分析進(jìn)行物種分類(lèi)的工具躯砰，目前已經(jīng)是第二代 kraken2 了每币。kraken2 對(duì)比 kraken 重點(diǎn)優(yōu)化了數(shù)據(jù)庫(kù)創(chuàng)建速度和數(shù)據(jù)庫(kù)大小，以及分類(lèi)速度琢歇。...
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codeml的理論和實(shí)踐最近被數(shù)據(jù)分析虐的死去活來(lái)兰怠，好難。 參考文獻(xiàn)： Likelihood ratio tests for detecting positiveselection and appl...
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蕪湖，我又回來(lái)了魄宏，和坐過(guò)山車(chē)一樣
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連雨不知春去宠互，一晴方覺(jué)夏深
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更新go和kegg注釋
非模式物種 step1:注釋把本物種的蛋白序列用diamond到eggnog數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì) 拿到eggnog的注釋結(jié)果記得吧以#開(kāi)頭的行全部刪掉step2:構(gòu)建自己的物種數(shù)據(jù)庫(kù) ...
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群體遺傳變異——拷貝數(shù)變異分析基因組發(fā)生重排而導(dǎo)致的,一般指長(zhǎng)度1 kb 以上的基因組片段的拷貝數(shù)增加或者減少, 主要表現(xiàn)為亞顯微水平的重復(fù)或者缺失味榛。因此稱(chēng)為“微”缺失/重復(fù)變異。在基因組水平上予跌，CNV ...
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生信步驟|kmc+genomescope進(jìn)行基因組調(diào)查在組裝未知基因組時(shí)搏色，往往需要利用重測(cè)序數(shù)據(jù)提前進(jìn)行基因組調(diào)查，以獲取其基因組規(guī)模券册，雜合率频轿，重復(fù)序列比例，GC含量等信息烁焙。從而更好地?cái)M定后繼測(cè)序策略航邢。基因組調(diào)查可以采用kmer...
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Win/Linux平臺(tái)批量處理FASTA文件的工具基因組測(cè)序技術(shù)的發(fā)展使得生物序列日益增多骄蝇，從大量序列數(shù)據(jù)中挖掘有用的信息成為許多研究領(lǐng)域的重要手段膳殷，這就使得我們必須掌握一些序列處理的方法。其中乞榨，F(xiàn)ASTA文件是基因組最為常...
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非模式生物本生煙草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 轉(zhuǎn)錄組AnnotationHub中沒(méi)有本生煙草數(shù)據(jù)庫(kù)，只好自己構(gòu)建鹦倚，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了河质。首先參考非模式生物富集分析[https://mp.we...
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2022-08-03【自用】【lncRNA流程】記錄植物lncRNA分析流程文章
自用掀鹅。內(nèi)容都未在此詳細(xì)記錄散休，感興趣的可以去看看文章。 桃Prunus persica 文章：Genome-wide identification and characteri...
