你好，請(qǐng)問能不能分享一下dropest的包椎麦，現(xiàn)在好多依賴包裝不上了勋磕，嘗試了很多遍也沒安裝上厕妖，謝謝
單細(xì)胞RNA速率分析(1):上游分析獲得Spliced/unspliced矩陣RNA速率有三個(gè)內(nèi)容沪蓬。第一是Linux中上游操作獲得Spliced/unspliced矩陣揭芍，這一步?jīng)]有難度眨唬，但是比較費(fèi)時(shí)間掀抹，比較費(fèi)內(nèi)存虐拓，建議在服務(wù)器上完成。第二部分是結(jié)合第一...
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dropEst 軟件安裝時(shí)的坑遇到gcc版本不夠的問題揪利，先通過命令：module ava gcc 看看有沒有多余的gcc版本态兴，如果有，load就好了疟位，相應(yīng)的軟件都可以load上來瞻润， module load...
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老師你好非洲，請(qǐng)問star可以做dropseq比對(duì)嗎鸭限，
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序選擇性剪切分析與可視化1. 創(chuàng)建小環(huán)境 rMATS是常用的選擇性剪切（alternative splicing）分析軟件。目前最新版是rMATS 4.1.2两踏，已經(jīng)可以通過conda安裝败京，步驟如下：...
你好，請(qǐng)問能出一期dropseq數(shù)據(jù)的嘛梦染，謝謝
RNA velocity分析練習(xí)（一）文件下載以及預(yù)處理目前有多種方法可以進(jìn)行RNA velocity的分析： scVelo（參考文章：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scVelo 教程：RNA速率分析工具） velocyto （官網(wǎng):...
這次要練習(xí)的文章數(shù)據(jù)出自：Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated...
請(qǐng)問dropest怎么安裝啊帕识，我有搜過教程安不上
RNAvelocity系列教程4：velocyto.R的使用教程RNA注釋 這里以inDrop 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)舉例隧甚，spliced/unspliced的RNA可以通過： 1.使用dropEst 輸出管道生成 類似10X的 bam 文件： 2.使...
@7a4ed5390a0a 你好忧便，請(qǐng)問您的問題解決了嗎族吻，我想請(qǐng)教一下，可以將整個(gè)GSE的SRR數(shù)據(jù)一起進(jìn)行cellranger比對(duì)嗎珠增，還是只能單個(gè)SRR數(shù)據(jù)比對(duì)后進(jìn)行整合超歌，謝謝
單細(xì)胞之軌跡分析-4：scVelo軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 單細(xì)胞之軌跡分析-2：mono...
hello，大家好蒂教，今天我們來分享Velocyto如何在空間上的運(yùn)用巍举，10X單細(xì)胞數(shù)據(jù)做RNA Velocyto大家應(yīng)該都已經(jīng)不陌生了吧，相信很多人都做過凝垛，大家也應(yīng)該很了解R...
@單細(xì)胞空間交響樂 你好懊悯，我使用loompy會(huì)報(bào)錯(cuò)TypeError: stat: path should be string, bytes, os.PathLike or integer, not AnnData
請(qǐng)問有沒有解決辦法
10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）RNA速率分析之scVelo今天我們測(cè)試一下軟件scVelo，這個(gè)軟件應(yīng)該很多人都用過了梦皮，但是玩的好的人炭分，應(yīng)該沒幾個(gè)。 加載 讀取數(shù)據(jù)（loom, h5ad, csv）, 我的數(shù)據(jù)是根據(jù)velocyto...
老師你好剑肯，我希望對(duì)一個(gè)GSE數(shù)據(jù)集做RNA速率捧毛，請(qǐng)問我需要先把數(shù)據(jù)集里的每個(gè)SRR進(jìn)行cellranger比對(duì)獲得loom文件，再進(jìn)行l(wèi)oom文件合并進(jìn)行scVelo計(jì)算让网，還是應(yīng)該在cellranger的時(shí)候進(jìn)行數(shù)據(jù)合并呀忧，謝謝老師
10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）RNA速率分析之scVelo今天我們測(cè)試一下軟件scVelo，這個(gè)軟件應(yīng)該很多人都用過了溃睹，但是玩的好的人而账，應(yīng)該沒幾個(gè)。 加載 讀取數(shù)據(jù)（loom, h5ad, csv）, 我的數(shù)據(jù)是根據(jù)velocyto...
今天我們測(cè)試一下軟件scVelo丸凭，這個(gè)軟件應(yīng)該很多人都用過了福扬，但是玩的好的人腕铸，應(yīng)該沒幾個(gè)。 加載 讀取數(shù)據(jù)（loom, h5ad, csv）, 我的數(shù)據(jù)是根據(jù)velocyto...
請(qǐng)問md5文件是從哪里獲得的，謝謝
day56 單細(xì)胞cellranger的問題一撇吞、在跑cellranger的過程中出了個(gè)問題俗冻。要琢磨一下怎么回事。 報(bào)錯(cuò)：sequence and quality length mismatch牍颈。 wc -l FH-H3...
你好迄薄，請(qǐng)教一下，我通過Seurat 轉(zhuǎn)換為anndata煮岁，想要合并已經(jīng)生成的loom文件讥蔽，會(huì)報(bào)錯(cuò)UnboundLocalError: local variable 'id_length' referenced before assignment
請(qǐng)問怎么解決
RNAvelocity系列教程8：# scVelo實(shí)戰(zhàn)-齒狀回?cái)?shù)據(jù)集海馬齒狀回?cái)?shù)據(jù)集 此處用于速率分析的數(shù)據(jù)集來自齒狀回，這是海馬的一部分画机，參與學(xué)習(xí)冶伞、偶發(fā)性記憶形成和空間識(shí)別。 數(shù)據(jù)在 Hochgerner et al. (2018)[htt...
1.數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 用10x數(shù)據(jù)做scVelo步氏，輸入數(shù)據(jù)分2部分: Seurat 分析后的數(shù)據(jù): 聚類响禽、基因、細(xì)胞信息荚醒。 velocyto run 輸出的loom文件芋类，記錄 spl...
