R語(yǔ)言包的安裝 參考文章 在R中大概有幾種包的安裝方式。 install.packages()常規(guī)包的安裝 括號(hào)里面包的名稱(chēng)要加英文引號(hào)粟誓，在列出的CRAN鏡像站點(diǎn)列表中選擇一...
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R語(yǔ)言基礎(chǔ)--包的操作與內(nèi)置數(shù)據(jù)集 -
8. 群落結(jié)構(gòu)差異顯著性非參數(shù)置換的多變量方差分析(ANONIS)寺谤、相似性分析(ANOSIM)和多反應(yīng)置換法(MRPP)常被用來(lái)評(píng)估不同采樣點(diǎn)之間微生物群落組成差異的顯著性仑鸥。 一般來(lái)說(shuō)吮播，當(dāng)我們通過(guò)降...
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匣子意狠，女，現(xiàn)為大三學(xué)生疮胖，2015年得知朋友雷雷川藏線(xiàn)騎行歸來(lái)后环戈，萌生了騎行318的想法。采納雷雷的建議澎灸，偶爾進(jìn)行5千米長(zhǎng)跑增強(qiáng)體質(zhì)院塞，無(wú)進(jìn)行其他運(yùn)動(dòng)或練習(xí)。沒(méi)接觸過(guò)山地車(chē)的匣子性昭，在距開(kāi)始騎行前一個(gè)月買(mǎi)了山地車(chē)迫悠，跟著學(xué)校騎行社社員拉練了兩次，2016年7月13日開(kāi)始了為期28天的川藏線(xiàn)兩千多公里的騎行之旅巩梢，全程沒(méi)有搭車(chē)创泄，沒(méi)有寄過(guò)馱包，途中推車(chē)距離不超過(guò)兩公里括蝠。以日記的形式記錄了28天的318之行鞠抑，用此文記錄下對(duì)于作者來(lái)說(shuō)很難忘的一段日子，期盼此文可為2017騎行川藏線(xiàn)的小伙伴提供參考忌警，企盼此文鼓舞騎行小白們通過(guò)思量后勇敢踏上騎行之路搁拙！
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R語(yǔ)言基礎(chǔ)之第二部分 操縱數(shù)據(jù)/取子集
R語(yǔ)言基礎(chǔ)之第二部分：操縱數(shù)據(jù)取子集 2.1 構(gòu)建子集[ ]：提取一個(gè)or多個(gè)類(lèi)型相同的元素[[ ]]：從列表或數(shù)據(jù)框中提取元素$ ：按名字從列表or數(shù)據(jù)框中提取元素 2.1...
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利用ggpubr+ggplot2做barplot和boxplot圖并顯示顯著性導(dǎo)讀 以前總是借助PS來(lái)為新鮮出爐的R圖添加統(tǒng)計(jì)顯著標(biāo)識(shí)朋譬，但是現(xiàn)在可以不用了盐茎，因?yàn)間gbubr可以一站式解決，而且畫(huà)的圖堪比SCI級(jí)別徙赢。話(huà)不多說(shuō)字柠，擼起袖子搞起來(lái) 工作流程 包...
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中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院-基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)博士在讀<br>歡迎關(guān)注個(gè)人公眾號(hào)<br><br>公眾號(hào)：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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利用python自NCBI下載fasta和genbank文件
第一部分 自習(xí)室網(wǎng)絡(luò)出奇的差窑业，有時(shí)想打開(kāi)NCBI網(wǎng)頁(yè)下載文件時(shí)會(huì)一直在那里轉(zhuǎn)圈圈，本來(lái)很簡(jiǎn)單的一件事有時(shí)卻要浪費(fèi)好長(zhǎng)時(shí)間枕屉；恰好最近在學(xué)習(xí) Bioinformatics wit...
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相關(guān)性分析及可視化R筆記近日常柄，因宿舍小趙同學(xué)看文章，看到一張關(guān)于相關(guān)性分析結(jié)果可視化的圖表，并對(duì)其表達(dá)含義表示了百思不得其解西潘，于是在我們的男神428宿舍引發(fā)了一波生信小熱潮铜异。可能對(duì)于大佬們來(lái)說(shuō)這是很...
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ggplot2高效實(shí)用指南簡(jiǎn)介 文章較長(zhǎng)秸架，點(diǎn)擊直達(dá)我的博客揍庄，瀏覽效果更好。本文內(nèi)容基本是來(lái)源于STHDA东抹，這是一份十分詳細(xì)的ggplot2使用指南蚂子，因此我將其翻譯成中文，一是有助于我自己學(xué)習(xí)理解缭黔，另外...
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WGD（全基因組復(fù)制）分析——Ka/Ks及4Dtv值計(jì)算一食茎、4Dtv（四倍簡(jiǎn)并位點(diǎn)顛換率）的定義 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
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群體遺傳 || 選擇壓力分析_基礎(chǔ)知識(shí)個(gè)人博客原文地址 基本原理 [站外圖片上傳中...(image-38780a-1577372733833)]原始群體中，遺傳多樣性是十分高的馏谨，整個(gè)序列的核酸diversity...
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轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)二（數(shù)據(jù)下載）
轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)一（軟件安裝） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)二（數(shù)據(jù)下載） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)三（數(shù)據(jù)質(zhì)控） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)五（reads的比對(duì)與samtoo...
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如何構(gòu)建SNPs-based phylogenetic tree
如果根據(jù)SNP或者Indel 構(gòu)建其系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)别渔，可以展示群體中不同個(gè)體的相互關(guān)系，基因變異相似的往往會(huì)在同一個(gè)樹(shù)的cluster中惧互，一顆好的樹(shù)可以給你一個(gè)群體大概的分類(lèi)(你這...
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RNA-seq 數(shù)據(jù)分析最佳實(shí)戰(zhàn)（綜述）一篇RNA-seq分析流程的綜述哎媚，全面而詳細(xì)！深度好文喊儡，可用來(lái)反復(fù)閱讀拨与。初學(xué)者用于把握RNA-seq真?zhèn)€流程及各個(gè)流程選擇上的差異。已經(jīng)開(kāi)始學(xué)習(xí)者可用來(lái)查缺補(bǔ)漏和發(fā)現(xiàn)新的分析...
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使用GEMMA進(jìn)行復(fù)雜性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合線(xiàn)性模型的GWAS分析軟件（文獻(xiàn)信息...
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GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析的整個(gè)流程艾猜，并提供了基本的命令买喧，用到的軟件包括BWA、samtools匆赃、gatk淤毛、Plink、Admixture算柳、Tassel等低淡，在此分享出來(lái)...
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