R語言包的安裝 參考文章 在R中大概有幾種包的安裝方式舌缤。 install.packages()常規(guī)包的安裝 括號里面包的名稱要加英文引號，在列出的CRAN鏡像站點列表中選擇一...
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R語言基礎(chǔ)--包的操作與內(nèi)置數(shù)據(jù)集 -
8. 群落結(jié)構(gòu)差異顯著性非參數(shù)置換的多變量方差分析(ANONIS)某残、相似性分析(ANOSIM)和多反應(yīng)置換法(MRPP)常被用來評估不同采樣點之間微生物群落組成差異的顯著性国撵。 一般來說，當(dāng)我們通過降...
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匣子，女澳厢，現(xiàn)為大三學(xué)生环础，2015年得知朋友雷雷川藏線騎行歸來后，萌生了騎行318的想法剩拢。采納雷雷的建議线得，偶爾進(jìn)行5千米長跑增強(qiáng)體質(zhì)，無進(jìn)行其他運動或練習(xí)裸扶。沒接觸過山地車的匣子框都，在距開始騎行前一個月買了山地車，跟著學(xué)校騎行社社員拉練了兩次呵晨，2016年7月13日開始了為期28天的川藏線兩千多公里的騎行之旅魏保，全程沒有搭車，沒有寄過馱包摸屠，途中推車距離不超過兩公里谓罗。以日記的形式記錄了28天的318之行，用此文記錄下對于作者來說很難忘的一段日子季二，期盼此文可為2017騎行川藏線的小伙伴提供參考檩咱，企盼此文鼓舞騎行小白們通過思量后勇敢踏上騎行之路！
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R語言基礎(chǔ)之第二部分 操縱數(shù)據(jù)/取子集
R語言基礎(chǔ)之第二部分：操縱數(shù)據(jù)取子集 2.1 構(gòu)建子集[ ]：提取一個or多個類型相同的元素[[ ]]：從列表或數(shù)據(jù)框中提取元素$ ：按名字從列表or數(shù)據(jù)框中提取元素 2.1...
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利用ggpubr+ggplot2做barplot和boxplot圖并顯示顯著性導(dǎo)讀 以前總是借助PS來為新鮮出爐的R圖添加統(tǒng)計顯著標(biāo)識炊汹，但是現(xiàn)在可以不用了，因為ggbubr可以一站式解決逃顶，而且畫的圖堪比SCI級別讨便。話不多說充甚，擼起袖子搞起來 工作流程 包...
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利用python自NCBI下載fasta和genbank文件
第一部分 自習(xí)室網(wǎng)絡(luò)出奇的差伴找，有時想打開NCBI網(wǎng)頁下載文件時會一直在那里轉(zhuǎn)圈圈，本來很簡單的一件事有時卻要浪費好長時間废菱；恰好最近在學(xué)習(xí) Bioinformatics wit...
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相關(guān)性分析及可視化R筆記近日技矮，因宿舍小趙同學(xué)看文章，看到一張關(guān)于相關(guān)性分析結(jié)果可視化的圖表昙啄，并對其表達(dá)含義表示了百思不得其解穆役，于是在我們的男神428宿舍引發(fā)了一波生信小熱潮∈崃荩可能對于大佬們來說這是很...
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ggplot2高效實用指南簡介 文章較長耿币，點擊直達(dá)我的博客，瀏覽效果更好韧拒。本文內(nèi)容基本是來源于STHDA淹接，這是一份十分詳細(xì)的ggplot2使用指南，因此我將其翻譯成中文叛溢，一是有助于我自己學(xué)習(xí)理解塑悼，另外...
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WGD（全基因組復(fù)制）分析——Ka/Ks及4Dtv值計算一、4Dtv（四倍簡并位點顛換率）的定義 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
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群體遺傳 || 選擇壓力分析_基礎(chǔ)知識個人博客原文地址 基本原理 [站外圖片上傳中...(image-38780a-1577372733833)]原始群體中楷掉，遺傳多樣性是十分高的厢蒜，整個序列的核酸diversity...
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轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)二（數(shù)據(jù)下載）
轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)一（軟件安裝） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)二（數(shù)據(jù)下載） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)三（數(shù)據(jù)質(zhì)控） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)五（reads的比對與samtoo...
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如何構(gòu)建SNPs-based phylogenetic tree
如果根據(jù)SNP或者Indel 構(gòu)建其系統(tǒng)進(jìn)化樹，可以展示群體中不同個體的相互關(guān)系烹植，基因變異相似的往往會在同一個樹的cluster中斑鸦，一顆好的樹可以給你一個群體大概的分類(你這...
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RNA-seq 數(shù)據(jù)分析最佳實戰(zhàn)（綜述）一篇RNA-seq分析流程的綜述，全面而詳細(xì)草雕！深度好文巷屿，可用來反復(fù)閱讀。初學(xué)者用于把握RNA-seq真?zhèn)€流程及各個流程選擇上的差異墩虹。已經(jīng)開始學(xué)習(xí)者可用來查缺補漏和發(fā)現(xiàn)新的分析...
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使用GEMMA進(jìn)行復(fù)雜性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合線性模型的GWAS分析軟件（文獻(xiàn)信息...
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GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析的整個流程嘱巾，并提供了基本的命令，用到的軟件包括BWA诫钓、samtools旬昭、gatk、Plink菌湃、Admixture稳懒、Tassel等，在此分享出來...
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