寫在前面： 對于我們大多數(shù)來說闽烙，用圖形或圖表更比數(shù)據(jù)本身更能說明問題，更容易讓人理解夫椭，并且可以賞心悅目劣欢。細(xì)胞內(nèi)部，大量的分子時刻都在發(fā)生著變化或相互作用湿弦。對于我們來說瓤漏，了解這...
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Cytoscape中文教程（1） -
TCGA癌癥類型和樣本代號解析之前分析TCGA數(shù)據(jù)都是直接匹配barcode，其規(guī)則懂的不多。相信有不少同志也有這方面困惑蔬充。 這里給出兩份資料蝶俱，一份是TCGA官方英文介紹，鏈接為https://wiki....
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GEO和TCGA數(shù)據(jù)挖掘生物信息文章解讀（宮頸癌） TCGA GEO
今天我們介紹一篇稍高分?jǐn)?shù)的文章饥漫，來看一下生信挖掘文章如何發(fā)更高檔次的雜志榨呆。這篇文章是利用GEO和TCGA數(shù)據(jù)挖掘?qū)m頸癌預(yù)后相關(guān)的關(guān)鍵基因，2019年發(fā)表在Journal of...
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利用TCGA數(shù)據(jù)庫發(fā)表的文章都是哪些雜志庸队？
大家好愕提，今天和大家分享一下TCGA從2017年到現(xiàn)在發(fā)表文章的情況；做這個整理的目的呢皿哨？是因?yàn)楹芏嘈』锇槎荚谌豪锘蛘呤呛笈_問我們浅侨，TCGA的生信分析往哪里投？ 我們在PubM...
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WGCNA：選擇某個模塊繪制共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)前面的教程已經(jīng)進(jìn)行了WGCNA分析并將各個模塊的網(wǎng)絡(luò)圖繪制文件導(dǎo)出证膨，接下來將進(jìn)行共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的繪制如输，本次教程依舊根據(jù)PlantTech的Cytoscape課程[https://...
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主要分享一些自己的學(xué)習(xí)過程不见，以菜鳥干貨為主，大家有問題可以在我的博客交流(打賞也是)<br><br>
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WGCNA學(xué)習(xí)：WGCNA分析實(shí)戰(zhàn)WGCNA筆記第三彈 WGCNA分析原理 WGCNA應(yīng)用場景 WGCNA分析實(shí)踐 本代碼借鑒了生信技能樹的WGCNA教程以及PlanTech的WGCNA課程編寫崔步，轉(zhuǎn)載請注明出...
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WGCNA學(xué)習(xí)：WGCNA分析原理本教程根據(jù)PlantTech的WGCNA課程編寫稳吮，課程還是不錯的，所以將該課程給大家分享一下井濒。 WGCNA筆記第一彈 WGCNA分析原理 WGCNA應(yīng)用場景 WGCNA分析實(shí)...
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利用R語言作PPI（免String網(wǎng)頁和安裝cytoscape法）原創(chuàng)來自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw灶似，本人稍作修改，原文是針對小鼠瑞你，現(xiàn)改為人類當(dāng)?shù)玫讲町惢蚝罄也眩芏鄷r候...
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使用edgeR進(jìn)行無重復(fù)差異表達(dá)分析寫這篇文章一部分原因是填2年前的一個坑 轉(zhuǎn)錄組入門（7）：差異表達(dá)分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波無重復(fù)的差異表達(dá)分析, 所以專門去學(xué)了edgeR 我個人是不太推薦...
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濕實(shí)驗(yàn)傷手春感，干實(shí)驗(yàn)傷腦，干濕結(jié)合可能會更好虏缸。
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RNAseq數(shù)據(jù)鲫懒，下載GEO中的FPKM文件后該怎么下游分析這個推文已經(jīng)發(fā)布在生信技能樹公眾號： RNAseq數(shù)據(jù)，下載GEO中的FPKM文件后該怎么下游分析 文獻(xiàn)標(biāo)題是:Oncogenic lncRNA downregulates ...
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TCGA FPKM 轉(zhuǎn)化為 TPM
FPKM 一般來說不太好用刽辙，轉(zhuǎn)為TPM進(jìn)行后續(xù)的分析比較合適窥岩。下面是FPKM轉(zhuǎn)化為TPM的R實(shí)現(xiàn)： 參考： RNA-Seq的Counts和FPKM數(shù)據(jù)如何轉(zhuǎn)換成TPM？[ht...
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FPKM數(shù)據(jù)下游分析
前面分享了FPKM數(shù)據(jù)該怎么分析扫倡？后來看了一下別人分享的例子谦秧，應(yīng)該把FPKM轉(zhuǎn)換為TPM后再進(jìn)行分析竟纳。為什么說FPKM和RPKM都錯了？簡單小需求：如何將FPKM轉(zhuǎn)換成TPM...
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2022年，魚躍龍門集歇！積極主動桶略，逆天改命！
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UKBB數(shù)據(jù)下載流程（第一節(jié)）
從今天開始诲宇，我又要經(jīng)臣始撸回到簡書記錄一些數(shù)據(jù)下載，處理流程了姑蓝。目前需要UKBB的GWAS鹅心， 用的人很多，都是大文章纺荧，大手筆旭愧。我沒有找到怎么下載的。所以打算自己跟著幫助文檔學(xué)習(xí)一...
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R語言進(jìn)階系列
1. R語言進(jìn)階之廣義線性回歸[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MjM5MTIzNjI1OA==&mid=2247484183&idx=1&s...
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孟德爾隨機(jī)化系列文章
什么是工具變量宙暇？[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MjM5MTIzNjI1OA==&mid=2247483687&idx=1&sn=e5ef4...
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