Intratumoral plasma cells predict outcomes to PD-L1 blockade in non-small cell lung cancer缅阳，22年2月發(fā)表在Cancer Cell的一篇方法不難但是構(gòu)思的很巧妙的文章抠艾。
接受PD-L1單抗治療的患者中号阿，B細(xì)胞轉(zhuǎn)錄特征與較長的OS有關(guān)
作者首先利用兩個平行的臨床數(shù)據(jù)集（每個數(shù)據(jù)集都包含免疫治療和化療的病人），分別在免疫治療纪岁、化療病人里面毁欣，將預(yù)后好和預(yù)后差病人做差異分析卒密。結(jié)果表明缀台，在免疫治療后的病人里面，預(yù)后好的患者會高表達(dá)B細(xì)胞的marker基因哮奇，而T細(xì)胞效應(yīng)相關(guān)的基因卻沒有高表達(dá)膛腐。這種現(xiàn)象在化療后的病人里不存在。提示了B細(xì)胞相關(guān)的基因可能具有預(yù)測免疫療法響應(yīng)程度的價值鼎俘。
B細(xì)胞marker基因和T細(xì)胞效應(yīng)相關(guān)基因的生存分析哲身，發(fā)現(xiàn)CD79A，CD19高表達(dá)在免疫治療組中有更好的預(yù)后贸伐，符合上述的推論勘天。
應(yīng)用scRNA-SEQ技術(shù)鑒定B細(xì)胞亞群（確定是哪種B細(xì)胞亞群起到上面的作用）
A-C：將B細(xì)胞分為了：漿細(xì)胞、生發(fā)中心B細(xì)胞捉邢、濾泡型B細(xì)胞脯丝。使用的是公共數(shù)據(jù)集對B細(xì)胞亞群進(jìn)行探索。原研究中伏伐，患者都是未治療的宠进，這里借用過來基于兩個假設(shè)：一是假設(shè)治療、未治療情況下藐翎，只是細(xì)胞占比發(fā)生變化材蹬，細(xì)胞類型沒有很大改變；二是這篇文章只是將B細(xì)胞分為了三個主要類型吝镣，一般而言堤器，細(xì)胞大類不易改變。
DE：作者提取了每個子類的特征基因集/signature赤惊，使用了另一個獨立數(shù)據(jù)集進(jìn)行檢驗
用bulk RNA-seq分析的由scRNA-seq得到的B細(xì)胞signature
熱圖發(fā)現(xiàn)其實三種細(xì)胞具有一定的共表達(dá)相關(guān)性。
多重免疫熒光定量漿細(xì)胞凰锡，每個樣本同時有mIF數(shù)據(jù)和bulk RNA-seq數(shù)據(jù)未舟，發(fā)現(xiàn)mIF定量結(jié)果和signature評分相關(guān)性較高圈暗，進(jìn)一步說明前面從單細(xì)胞得到的signature的準(zhǔn)確性。
漿細(xì)胞signature獨立預(yù)測PD-L1單抗的療效
經(jīng)阿替利珠單抗治療后裕膀，漿細(xì)胞signature表達(dá)高水平預(yù)示著更好的綜合生存(OS)员串。用3個B細(xì)胞子集的signature去給患者分組，只有漿細(xì)胞signature是顯著的昼扛，免疫治療組漿細(xì)胞signature的T3(上1/3), 和T1-2(下2/3)兩組患者生存可以明顯分開寸齐。
將其他指標(biāo)加入多變量cox模型，包括T細(xì)胞效應(yīng)相關(guān)signature抄谐、已知能一定程度上預(yù)測免疫治療響應(yīng)的指標(biāo)(如TMB渺鹦，PDL1表達(dá)水平等等)，結(jié)果表明漿細(xì)胞signature可以看作一個獨立的預(yù)測因子蛹含。
objective responses的分析毅厚。同樣可以得到類似的結(jié)果。在免疫治療組浦箱，漿細(xì)胞signature T3比T1-2中有更多的CR/PR/SD比率吸耿。
TLS/LA+腫瘤患者使用阿替唑單抗可改善OS，TLS/LA+腫瘤富含漿細(xì)胞
這一部分作者主要探討了漿細(xì)胞和TLS（三級淋巴結(jié)構(gòu)）/LAs（淋巴細(xì)胞聚集）的空間關(guān)系酷窥，發(fā)現(xiàn)漿細(xì)胞會出現(xiàn)在TLS中咽安，LAs中也發(fā)現(xiàn)了漿細(xì)胞。
有和沒有TLS/LA一樣可以區(qū)分免疫治療的效果和預(yù)后蓬推。
有這些結(jié)構(gòu)的樣本高表達(dá)漿細(xì)胞相關(guān)基因妆棒，這和前面漿細(xì)胞存在于這些結(jié)構(gòu)是對應(yīng)的。
做的很巧妙的點：
用三分位拳氢，T1-T2與T3比較
單細(xì)胞募逞、Bulk seq、mIF的數(shù)據(jù)都可以對應(yīng)起來
切入點很巧妙馋评，聯(lián)系TLS和LAs也很巧妙
以及真的很羨慕動不動就幾百上千人臨床數(shù)據(jù)與各種大測序資料齊全的大隊列
