即使在基因相同的癌細(xì)胞中嚎莉，對(duì)治療的抵抗也經(jīng)常出現(xiàn)在這些細(xì)胞的一小部分中立由。初始群體中稀有單個(gè)細(xì)胞的分子差異使某些細(xì)胞對(duì)治療產(chǎn)生耐藥性惠遏；然而，人們對(duì)耐藥結(jié)果的變異性知之甚少矫户。在此研究中，研究者開發(fā)并應(yīng)用 FateMap残邀，這是一個(gè)將 DNA 條形碼與單細(xì)胞 RNA 測序相結(jié)合的框架皆辽，以揭示數(shù)十萬接受抗癌治療的克隆的命運(yùn)。研究者發(fā)現(xiàn)芥挣，單細(xì)胞來源的癌細(xì)胞中出現(xiàn)的耐藥克隆在分子驱闷、形態(tài)和功能上都具有不同的耐藥類型。這些耐藥類型很大程度上是由添加藥物之前細(xì)胞之間的分子差異決定的空另，而不是由外在因素決定的蹋砚。藥物劑量和類型的變化可以改變初始細(xì)胞的耐藥類型扼菠，導(dǎo)致某些耐藥類型的產(chǎn)生和消除娇豫。來自患者的樣本顯示了臨床背景下這些耐藥類型存在的證據(jù)。他們觀察到幾種單細(xì)胞來源的癌細(xì)胞系和用多種藥物治療的細(xì)胞類型的耐藥類型的多樣性袖肥。由于內(nèi)在細(xì)胞狀態(tài)的可變性而導(dǎo)致的耐藥類型的多樣性可能是對(duì)外部線索反應(yīng)的一般特征历恐。
文章詳情
文章題目：Diverse clonal fates emerge upon drug treatment of homogeneous cancer cells
中文題目：對(duì)同質(zhì)癌細(xì)胞進(jìn)行藥物治療后出現(xiàn)不同的克隆命運(yùn)
發(fā)表時(shí)間：2023.07
期刊名稱：Nature
影響因子：64.8
實(shí)驗(yàn)平臺(tái)：scRNA-seq (10x Genomics)溪烤、GeoMx DSP（NanoString）
DOI：10.1038/s41586-023-06342-8
01?技術(shù)路線
02?研究結(jié)果
1鸳兽、藥物治療后出現(xiàn)了不同的命運(yùn)?
研究者重點(diǎn)關(guān)注 BRAFV600E 突變黑色素瘤蒿秦，其中使用靶向療法維莫非尼治療單細(xì)胞衍生細(xì)胞可導(dǎo)致稀有（千分之一或更少）細(xì)胞存活碗旅，這些細(xì)胞會(huì)增殖形成耐藥集落。研究者對(duì)單個(gè)組織培養(yǎng)皿中所有抗性集落的混合物進(jìn)行了 scRNA-seq，發(fā)現(xiàn)抗性類型的基因表達(dá)譜表現(xiàn)出廣泛的多樣性。
為了同時(shí)確定每個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄譜和克隆起源，研究者開發(fā)了 FateMap，這是一種使用轉(zhuǎn)錄 DNA 條形碼同時(shí)識(shí)別來自數(shù)千個(gè)耐藥細(xì)胞的克隆的方法。首先戏蔑，慢病毒條形碼整合到未經(jīng)治療的細(xì)胞的 DNA 中情龄。憑借龐大的條形碼庫復(fù)雜性（大約 5900 萬個(gè)獨(dú)特的條形碼）和較低的 MOI，可以對(duì)數(shù)千個(gè)細(xì)胞進(jìn)行獨(dú)特的條形碼標(biāo)記并通過分選進(jìn)行富集骤视。研究者將帶有條形碼的細(xì)胞暴露于維莫非尼专酗，收集耐藥群體睹逃，進(jìn)行scRNA-seq，并通過以鏈接克隆條形碼和細(xì)胞標(biāo)識(shí)符的方式選擇性擴(kuò)增和測序cDNA文庫祷肯，提取每個(gè)細(xì)胞的FateMap克隆條形碼沉填。結(jié)果顯示抗性細(xì)胞存在明顯的轉(zhuǎn)錄異質(zhì)性。
2佑笋、耐藥類型功能多樣
接下來研究者測試了轉(zhuǎn)錄上不同的抗性克隆是否具有不同的表型特性翼闹。研究者計(jì)算了不同耐藥類型的每個(gè)克隆的細(xì)胞數(shù)量。結(jié)果顯示不同的耐藥類型具有不同的增殖能力蒋纬。研究者也發(fā)現(xiàn)猎荠，不同的抗性克隆在膠原基質(zhì)中有明顯不同的侵襲區(qū)域坚弱。研究者將這種形態(tài)和侵襲性的變化與特定的轉(zhuǎn)錄譜聯(lián)系起來。他們從大量RNA-seq中鑒定出不同形態(tài)類型之間差異表達(dá)的基因关摇，并使用這些基因集從FateMap中將形態(tài)學(xué)映射到單細(xì)胞簇史汗。因此，克隆間基因表達(dá)的差異對(duì)應(yīng)著在增殖拒垃、形態(tài)和侵襲性方面的功能差異停撞。
3悼瓮、不同的耐藥類型在癌癥中發(fā)生
研究者在其他癌細(xì)胞系中尋找耐藥類型的多樣性戈毒。另一個(gè)患者來源的單細(xì)胞黑色素瘤細(xì)胞系(BRAFV600E WM983B E9-C6)也在維莫拉非尼治療下顯示了耐藥克隆之間的形態(tài)和增殖差異。FateMap揭示了WM989 A6-G3細(xì)胞中許多相同的轉(zhuǎn)錄特征和增殖差異(補(bǔ)充數(shù)據(jù))横堡。
4埋市、耐藥類型出現(xiàn)在患者身上
研究者質(zhì)疑這些耐藥類型是否也出現(xiàn)在患者身上，其中微環(huán)境(包括免疫系統(tǒng))和空間背景是因素命贴。他們從4名在靶向治療后復(fù)發(fā)的患者身上獲得了腫瘤組織樣本道宅。對(duì)于其中兩個(gè)人，他們也有他們接受治療前的匹配腫瘤樣本胸蛛。對(duì)腫瘤進(jìn)行多次穿孔活檢污茵。他們使用GeoMx DSP，從每次穿孔活檢中選擇由73到1,390個(gè)細(xì)胞組成的多個(gè)感興趣區(qū)(ROI)葬项，并通過RNA-seq進(jìn)行圖譜分析(所有樣本中有93個(gè)區(qū)域)泞当。結(jié)果顯示，關(guān)鍵耐藥類型標(biāo)記物在耐藥腫瘤貼片中的表達(dá)存在廣泛的差異性民珍，這表明患者體內(nèi)同一腫瘤的不同區(qū)域可能含有不同比例的FateMap襟士。在接受靶向治療之前，他們?cè)诨颊咂ヅ涞哪[瘤樣本的鄰近區(qū)域發(fā)現(xiàn)了類似的預(yù)先存在的可變性嚷量，這表明存在一定程度的預(yù)先存在的異質(zhì)性陋桂。此外，他們發(fā)現(xiàn)靶向治療后免疫浸潤的異質(zhì)性蝶溶∈壤總之，這些結(jié)果為患者樣本中存在多種耐藥類型提供了強(qiáng)有力的證據(jù)身坐。
5、由初始條件預(yù)先決定的抵抗命運(yùn)
研究者質(zhì)疑耐藥克隆的轉(zhuǎn)錄和表型變異是否是藥物暴露前細(xì)胞分子表達(dá)狀態(tài)的內(nèi)在差異的結(jié)果部蛇√剑或者，抗性類型可以由外部決定涯鲁∠锊椋“同卵雙胞胎”分析與FateMap相結(jié)合有序，使他們能夠區(qū)分這些可能性。簡而言之岛请，在獨(dú)特的條形碼細(xì)胞上旭寿，讓它們分裂幾次，然后將群體分成兩個(gè)相等的分裂群體 A 和 B崇败，這樣大多數(shù)帶有條形碼的克轮殉啤（超過 90%）作為“雙胞胎”存在于每組中。然后他們應(yīng)用維莫非尼并對(duì)兩個(gè)分割群體進(jìn)行 FateMap后室。如果細(xì)胞的抗性類型是本質(zhì)上決定的缩膝，那么它的雙胞胎將共享相同的類型“杜基因組 DNA (gDNA) 的純條形碼測序證實(shí)了群體之間條形碼的強(qiáng)烈重疊疾层，表明耐藥潛力總體上是本質(zhì)上決定的。
接下來贡避，他們測試了克隆所采用的特定抗性類型是否類似地由預(yù)抗性細(xì)胞的初始狀態(tài)而不是外部因素預(yù)先確定痛黎。結(jié)果顯示，雙胞胎具有相似的轉(zhuǎn)錄譜刮吧。研究者也制定了一個(gè)稱為“混合系數(shù)”的指標(biāo)（方法）表明湖饱，采用不同的轉(zhuǎn)錄和表型類型是由藥物暴露前細(xì)胞的內(nèi)在分子狀態(tài)決定的，環(huán)境因素對(duì)類型結(jié)果幾乎沒有影響皇筛。
6琉历、改變藥物劑量導(dǎo)致命運(yùn)轉(zhuǎn)換
耐藥性在很大程度上取決于所用藥物的濃度坠七。研究者探索了如果使用 FateMap 在兩個(gè)分裂群體中使用不同的藥物濃度（每個(gè)群體都接受不同濃度的藥物）水醋，耐藥類型的整體會(huì)如何變化。在低劑量治療的小鼠中彪置，耐藥腫瘤生長相對(duì)較快拄踪。FateMap 可以通過在條形碼后分割群體并將雙胞胎中的一個(gè)置于低劑量環(huán)境中，將另一個(gè)置于高劑量環(huán)境中來區(qū)分這些可能性拳魁。接下來他們探討了抗性克隆的多樣性在低劑量和高劑量藥物之間如何變化惶桐。盡管低劑量和高劑量之間的耐藥頻率存在廣泛變化，但兩個(gè)劑量之間的許多轉(zhuǎn)錄類型是相同的潘懊。然而姚糊，也存在許多差異。
03
研究結(jié)論
研究者專注于表征單細(xì)胞來源的癌細(xì)胞對(duì)抗癌療法的耐藥類型授舟。細(xì)胞系分析顯示即使在克隆系中也存在令人驚訝的變異性救恨，這可能反映了克隆記憶。值得注意的是释树，這種變異性可以驅(qū)動(dòng)許多癌癥表型肠槽，包括治療耐藥性擎淤、生長、致瘤性和轉(zhuǎn)移秸仙。FateMap?可以揭示多種生物過程中新興類型的多樣性嘴拢，包括干細(xì)胞重編程和定向分化，并識(shí)別它們的潛在起源寂纪。
