本周最新文獻(xiàn)速遞20220515
一谋逻、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 一
文獻(xiàn)題目： Multi-ancestry genetic study of type 2 diabetes highlights the power of diverse populations for discovery and translation
不想看英文題目： 2 型糖尿病的多血統(tǒng)遺傳研究提高了不同人群的發(fā)現(xiàn)和轉(zhuǎn)化能力
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
研究意義： 2 型糖尿沧杷堋（T2D）的全球患病率在過(guò)去 30 年翻了兩倍。雖然全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）發(fā)現(xiàn)了很多 T2D 的易感位點(diǎn)西土，但主要集中在歐洲人群敌蜂。然而捌木，許多在歐洲人群發(fā)現(xiàn)的重要結(jié)論在其它人群中不可復(fù)現(xiàn)庸论，這可能歸因于效應(yīng)大小、等位基因頻率和連鎖不平衡 (LD) 等的差異厌均。為了解決這個(gè)問(wèn)題唬滑，作者在多血統(tǒng)人群中比較了 T2D 的遺傳結(jié)構(gòu)。
結(jié)論：
- 總共納入了 122 項(xiàng) GWAS 研究、 180,834 例 T2D cases 和 1,159,055 個(gè)健康個(gè)體 ( 48.9% 不是歐洲祖先血統(tǒng));
- 使用 MR-MEGA 進(jìn)行跨祖先薈萃分析晶密，鑒定了 277 個(gè)基因座（P< 5 × 10-8 ）,其中擒悬，11 個(gè)基因座之前未被報(bào)道過(guò);
- 在277 個(gè)基因座中，237 個(gè)基因座惹挟、338 個(gè)信號(hào)達(dá)到更加嚴(yán)格的顯著閾值（P< 5 × 10-9 ）茄螃；
- 雖然找到了338 個(gè) T2D 相關(guān)的信號(hào)缝驳，但有 136 (40.2%)個(gè)信號(hào)存在異質(zhì)性 (PHET<0.05)连锯。異質(zhì)性與多種因素有關(guān)，比如群體之間的連鎖不平衡差異用狱、環(huán)境互作运怖、多基因效應(yīng)、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)誤差等夏伊。對(duì)異質(zhì)性結(jié)果進(jìn)行二項(xiàng)式分布測(cè)試摇展，發(fā)現(xiàn)存在實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)誤差的情況下，預(yù)期有 16.9 個(gè)信號(hào)是異質(zhì)性的溺忧，遠(yuǎn)低于實(shí)際觀察到的 136 個(gè)異質(zhì)性信號(hào)咏连，說(shuō)明本研究發(fā)現(xiàn)的多個(gè)異質(zhì)性信號(hào)可能與群體遺傳結(jié)構(gòu)有關(guān)；
- 對(duì)歐洲群體信號(hào)和跨群體信號(hào)進(jìn)行精細(xì)定位并構(gòu)建 99% 置信集鲁森，發(fā)現(xiàn)跨群體信號(hào)的 99% 置信集變異位點(diǎn)中位數(shù)為 10 個(gè)祟滴，歐洲群體 99% 置信集變異位點(diǎn)中位數(shù)為 35 個(gè)，說(shuō)明跨群體研究可以提高精細(xì)定位的結(jié)果歌溉；
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- 功能注釋表明 T2D 信號(hào)主要富集在蛋白質(zhì)外顯子垄懂、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)（比如NKX2.2, FOXA2, EZH 和 PDX1）以及表征活性增強(qiáng)子、活性啟動(dòng)子和轉(zhuǎn)錄區(qū)域的染色質(zhì)狀態(tài)痛垛；
- T2D 信號(hào)中草慧，有兩個(gè)錯(cuò)義突變上的基因之前未被報(bào)道過(guò)與 T2D 相關(guān)，分別是 MYO5C
p.Glu1075Lys (rs3825801, P=3.8×10-11) 和 ACVR1C p.Ile482Val (rs7594480, P=4.0×10-12)匙头； - 整合分子表型（比如蛋白質(zhì)水平數(shù)量性狀基因座 pQTL ）和 GWAS 結(jié)果漫谷，可以提高對(duì) T2D 疾病的理解。 比如整合 pQTL 和 BCAR1 基因座上的 GWAS 信號(hào)后蹂析，發(fā)現(xiàn)與 CTRB1 舔示、CPB1、PLRP1识窿、PRSS2 共定位斩郎。這些基因之前被報(bào)道與胰腺內(nèi)分泌功能相關(guān)。說(shuō)明整合 pQTL 和 GWAS 結(jié)果可為 T2D 發(fā)病機(jī)制研究提供新的思路和線索喻频；
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- 對(duì)多血統(tǒng)和特定血統(tǒng)的 T2D GWAS 結(jié)果構(gòu)建多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分（GRS）缩宜，發(fā)現(xiàn)多血統(tǒng)有助于提高 GRS 的表現(xiàn)性能。不過(guò)對(duì)于樣本量較少的群體，比如非洲锻煌、西班牙和南亞妓布，它們的 GRS 預(yù)測(cè)性能會(huì)變差；
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- T2D 的自然選擇分析表明 T2D 信號(hào)在千人基因組的四個(gè)非洲血統(tǒng)人群中受到正向選擇宋梧，且同時(shí)與體重相關(guān)匣沼，但在非洲以外的地方，并無(wú)觀察到這種選擇優(yōu)勢(shì)捂龄；
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亮點(diǎn)： 統(tǒng)計(jì)方法值得借鑒释涛，尤其是對(duì)異質(zhì)性檢驗(yàn)的那段；
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01058-3
公開(kāi)的資料：
無(wú)
二倦沧、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 二
文獻(xiàn)題目： Genetic analyses identify pleiotropy and causality for blood proteins and highlight Wnt/β-catenin signalling in migraine
不想看英文題目： 遺傳分析鑒定了血液蛋白的多效性和因果關(guān)系唇撬，并突出了 Wnt/β-catenin 信號(hào)傳導(dǎo)在偏頭痛中的作用
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
研究意義： 偏頭痛是一種常見(jiàn)的復(fù)雜疾病，具有較高遺傳度展融。作者利用 GWAS 匯總統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)研究多基因模型下血液蛋白和偏頭痛之間的多效性窖认。
結(jié)論：
- 分析流程如下所示：
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- 總共納入了 4625 個(gè)血液蛋白 GWAS 統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)， GWAS 樣本的中位數(shù)為 3301 個(gè)告希；
- 血液蛋白遺傳度如下所示：
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- 利用 SECA 研究偏頭痛和血液蛋白之間的全基因組多效性扑浸，發(fā)現(xiàn)偏頭痛的風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)同時(shí)與血液 13 種蛋白質(zhì)水平相關(guān)；
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- 使用 MAGMA 對(duì)偏頭痛 GWAS 進(jìn)行基于基因水平的關(guān)聯(lián)分析燕偶，在顯著的基因中喝噪，有 15 個(gè)可編碼為 pQTL 相關(guān)的蛋白質(zhì)；
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為了鑒定影響蛋白質(zhì)水平和偏頭痛的多基因效應(yīng)位點(diǎn)杭跪，作者使用了 GWAS-PW 方法進(jìn)行評(píng)估仙逻。GWAS-PW 總共發(fā)了 24 個(gè)多基因效應(yīng)位點(diǎn)、36 個(gè)蛋白質(zhì)與偏頭痛共享遺傳結(jié)構(gòu)涧尿；
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多基因效應(yīng)位點(diǎn)排名前三的分別是 rs495828（影響 11 個(gè)蛋白質(zhì)）系奉、rs10761741（影響 7 個(gè)蛋白質(zhì)）、rs10786156（影響 3 個(gè)蛋白質(zhì)）姑廉；
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除了具有多基因效應(yīng)的變異位點(diǎn)缺亮，作者還發(fā)現(xiàn)了一些 pQTL 位點(diǎn)對(duì)偏頭痛具有因果效應(yīng)。比如 DKK1桥言、PDGFB萌踱、FARS2、GSTA4 和 CHIC2 上的 pQTL 位點(diǎn)對(duì)偏頭痛具有因果作用号阿。有意思的是 DKK1 是 Wnt/β-catenin 抑制劑并鸵，這表明通過(guò)干預(yù) Wnt/β-catenin 信號(hào)通路可為治療偏頭痛提供一定的思路；
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亮點(diǎn)： 多基因效應(yīng)+因果效應(yīng)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-30184-z
公開(kāi)的資料：
偏頭痛數(shù)據(jù)：http://www.headachegenetics.org/content/datasets-and-cohorts
三扔涧、其他文獻(xiàn)推薦
下面的文獻(xiàn)也挺精彩的园担，但由于下不到原文届谈，或博主時(shí)間有限，沒(méi)法精細(xì)解讀弯汰，故列出來(lái)供各位參閱艰山；
當(dāng)然，你們有精彩的文獻(xiàn)想讓我解讀的（前提是一周內(nèi)剛出爐的文獻(xiàn)）咏闪，可給我發(fā)pdf（然而可能種種原因曙搬，我不一定有時(shí)間解讀，不要對(duì)我抱太高期待）鸽嫂；
文獻(xiàn)題目： Single-cell eQTL models reveal dynamic T cell state dependence of disease loci
不想看英文題目： 單細(xì)胞 eQTL 模型揭示疾病位點(diǎn)的動(dòng)態(tài) T 細(xì)胞狀態(tài)依賴(lài)性
雜志和影響因子： Nature (IF: 42.778; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04713-1
文獻(xiàn)題目： A natural mutator allele shapes mutation spectrum variation in mice
不想看英文題目： 一個(gè)自然突變等位基因塑造了小鼠的突變圖譜
雜志和影響因子： Nature (IF: 42.778; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04701-5
文獻(xiàn)題目： Single-nucleus cross-tissue molecular reference maps toward understanding disease gene function
不想看英文題目： 了解疾病基因功能的單核跨組織分子參考圖譜
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雜志和影響因子： Science (IF: 41.845; Q1)
文章鏈接：
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl4290
文獻(xiàn)題目： The Tabula Sapiens: A multiple-organ, single-cell transcriptomic atlas of humans
不想看英文題目： Tabula Sapiens：人類(lèi)多器官纵装、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜
雜志和影響因子： Science (IF: 41.845; Q1)
文章鏈接：
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl4896
文獻(xiàn)題目： Cross-tissue immune cell analysis reveals tissue-specific features in humans
不想看英文題目： 跨組織免疫細(xì)胞分析揭示了人類(lèi)的組織特異性特征
雜志和影響因子： Science (IF: 41.845; Q1)
文章鏈接：
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl5197
文獻(xiàn)題目： The genomic origins of the world’s first farmers
不想看英文題目： 世界上第一批農(nóng)民的基因組起源
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雜志和影響因子： Cell (IF: 38.637; Q1)
文章鏈接：
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(22)00455-X
文獻(xiàn)題目： Within-sibship genome-wide association analyses decrease bias in estimates of direct genetic effects
不想看英文題目： 同胞內(nèi)全基因組關(guān)聯(lián)分析減少了直接遺傳效應(yīng)評(píng)估的偏差
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01062-7
文獻(xiàn)題目： DeepSTARR predicts enhancer activity from DNA sequence and enables the de novo design of synthetic enhancers
不想看英文題目： DeepSTARR：從 DNA 序列預(yù)測(cè)增強(qiáng)子活性并實(shí)現(xiàn)合成增強(qiáng)子的從頭設(shè)計(jì)
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01048-5
文獻(xiàn)題目： Contribution of rare whole-genome sequencing variants to plasma protein levels and the missing heritability
不想看英文題目： 罕見(jiàn)變異位點(diǎn)對(duì)血漿蛋白水平和缺失遺傳度的貢獻(xiàn)
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-30208-8
文獻(xiàn)題目： Nuclear oligo hashing improves differential analysis of single-cell RNA-seq
不想看英文題目： 哈希寡核苷酸方法優(yōu)化單細(xì)胞 RNA-seq 的差異分析
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-30309-4
文獻(xiàn)題目： Proteogenomic characterization of 2002 human cancers reveals pan-cancer molecular subtypes and associated pathways
不想看英文題目： 2002 種人類(lèi)癌癥的蛋白質(zhì)組學(xué)特征揭示泛癌分子亞型和相關(guān)途徑
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-30342-3
文獻(xiàn)題目： A rare variant analysis framework using public genotype summary counts to prioritize disease-predisposition genes
不想看英文題目： 使用公共基因型匯總統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)優(yōu)先排序疾病易感基因的罕見(jiàn)變異分析框架
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-30248-0
文獻(xiàn)題目： Meta-analysis of sub-Saharan African studies provides insights into genetic architecture of lipid traits
不想看英文題目： 非洲撒哈拉以南薈萃分析研究提供了對(duì)脂質(zhì)性狀遺傳結(jié)構(gòu)的見(jiàn)解
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-30098-w
文獻(xiàn)題目： Single-cell profiling reveals periventricular CD56bright NK cell accumulation in multiple sclerosis
不想看英文題目： 單細(xì)胞分析顯示多發(fā)性硬化癥中腦室周?chē)?CD56bright NK 細(xì)胞積累
雜志和影響因子： Elife (IF: 8.14; Q1)
文章鏈接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35536009/
文獻(xiàn)題目： Early life infection and proinflammatory, atherogenic metabolomic and lipidomic profiles in infancy: a population-based cohort study
不想看英文題目： 嬰兒早期感染和促炎、動(dòng)脈粥樣硬化代謝組學(xué)和脂質(zhì)組學(xué)特征：基于人群隊(duì)列研究
雜志和影響因子： Elife (IF: 8.14; Q1)
文章鏈接：
https://elifesciences.org/articles/75170
文獻(xiàn)題目： A meta-analysis of the association between male dimorphism and fitness outcomes in humans
不想看英文題目： 男性二態(tài)性與人類(lèi)健康結(jié)果之間關(guān)聯(lián)的薈萃分析（對(duì)六種男性特征與交配/生殖結(jié)果之間的關(guān)系進(jìn)行薈萃分析）
雜志和影響因子： Elife (IF: 8.14; Q1)
文章鏈接：
https://elifesciences.org/articles/65031
四溪胶、工具或資源類(lèi)介紹
文獻(xiàn)題目： ICARUS, an interactive web server for single cell RNA-seq analysis
不想看英文題目： ICARUS：用于單細(xì)胞 RNA-seq 分析的交互式網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器
雜志和影響因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章鏈接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac322/6583234
文獻(xiàn)題目： PhyloCloud: an online platform for making sense of phylogenomic data
不想看英文題目： PhyloCloud：用于系統(tǒng)基因組數(shù)據(jù)分析在線平臺(tái)
[圖片上傳失敗...(image-329d2d-1652665941079)]
雜志和影響因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章鏈接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac324/6584435
文獻(xiàn)題目： DLEB: a web application for building deep learning models in biological research
不想看英文題目： DLEB：用于在生物學(xué)研究中構(gòu)建深度學(xué)習(xí)模型的 Web 應(yīng)用程序
雜志和影響因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章鏈接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac369/6584781
文獻(xiàn)題目： FIRM: Flexible integration of single-cell RNA-sequencing data for large-scale multi-tissue cell atlas datasets
不想看英文題目： FIRM：靈活整合用于多組織細(xì)胞圖譜數(shù)據(jù)集的單細(xì)胞 RNA 測(cè)序數(shù)據(jù)
雜志和影響因子： Brief Bioinform (IF: 11.62; Q1)
文章鏈接：
https://academic.oup.com/bib/advance-article/doi/10.1093/bib/bbac167/6585621
文獻(xiàn)題目： Decoding multilevel relationships with the human tissue-cell-molecule network
不想看英文題目： 解碼與人類(lèi)組織-細(xì)胞-分子網(wǎng)絡(luò)的多層次關(guān)系
雜志和影響因子： Brief Bioinform (IF: 11.62; Q1)
文章鏈接：
文獻(xiàn)題目： RNMFLP: Predicting circRNA–disease associations based on robust nonnegative matrix factorization and label propagation
不想看英文題目： RNMFLP：預(yù)測(cè) circRNA-疾病關(guān)聯(lián)的方法
雜志和影響因子： Brief Bioinform (IF: 11.62; Q1)
文章鏈接：
致謝橙子牛奶糖（陳文燕）搂擦，請(qǐng)用參考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
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