發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：甘肅
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基因變異的命名規(guī)則
主要轉(zhuǎn)自對(duì)看不懂變異的命名規(guī)則怎么辦赎懦？以及教你看懂基因檢測(cè)中的那些變異的學(xué)習(xí) HGVS塌西，全稱是Human Genome Variation Society驾中，即人類基因組變異協(xié)...
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@LYL_2488 我最后換軟件了唉~ 這個(gè)最終我還是沒(méi)法解決
GWAS 學(xué)習(xí)之a(chǎn)dmixture
背景 群體遺傳學(xué)中測(cè)出很多個(gè)個(gè)體爷辱，得到了最終的SNP vcf文件，需要將其分成群體，看哪幾個(gè)物種聚在一起饭弓。一般使用的軟件就是STRUCTURE双饥，但是STREUTURE運(yùn)行速度...
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謝謝版主 受教了舍咖！
如何計(jì)算效應(yīng)值（例如育種值）的準(zhǔn)確性（accuracy）矩父？
準(zhǔn)確性指的是預(yù)測(cè)效應(yīng)值與真值之間的相關(guān)系數(shù)。有時(shí)還會(huì)遇見(jiàn)一個(gè)概念——可靠性（reliability）排霉∏现辏可靠性是準(zhǔn)確性的平方，也就是說(shuō)這二者度量的是一個(gè)事情攻柠。reliabili...
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博主 請(qǐng)問(wèn)您用過(guò)ipat嗎球订？我是windows用戶，我在使用的時(shí)候已經(jīng)按照要求全部安裝了所需的包瑰钮，也檢查的所有的包都可以調(diào)用 但是進(jìn)行BGLR分析的時(shí)候 使用開(kāi)發(fā)者的demo進(jìn)行操作 界面是空白的 什么都不顯示 請(qǐng)問(wèn)是哪里出問(wèn)題了冒滩？？
Chen2018開(kāi)發(fā)了一個(gè)帶界面的GWAS和GS操作軟件
Chen CJ, Zhang Z. iPat: Intelligent Prediction and Association Tool for Genomic Researc...
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請(qǐng)問(wèn)大神 我每次運(yùn)行都出現(xiàn)這個(gè) Segmentation fault (core dumped 請(qǐng)問(wèn)是什么情況浪谴？
GWAS 學(xué)習(xí)之a(chǎn)dmixture
背景 群體遺傳學(xué)中測(cè)出很多個(gè)個(gè)體开睡，得到了最終的SNP vcf文件，需要將其分成群體苟耻，看哪幾個(gè)物種聚在一起篇恒。一般使用的軟件就是STRUCTURE，但是STREUTURE運(yùn)行速度...
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@紫竹林_b67e 請(qǐng)問(wèn)你最后解決了嗎？智蝠？
Plink文件格式介紹（一）
introduction Plink算是生物信息最常用的軟件之一了腾么，而且很多軟件的輸入也會(huì)使用Plink的文件格式。這次我們來(lái)一起認(rèn)識(shí)一下Plink中最常用的兩種格式杈湾，.pe...
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博主 你的文章很清晰再次膜拜Ｃ亍饭寺！ 我有個(gè)問(wèn)題想請(qǐng)教一下 目前我有200個(gè)5x的測(cè)序數(shù)據(jù)阻课，另外還有400個(gè)600K密度的芯片數(shù)據(jù)，芯片數(shù)據(jù)的每個(gè)物理位置肯定是一定的艰匙，所以請(qǐng)問(wèn)如何求得這200個(gè)測(cè)序數(shù)據(jù)在SNP芯片的每個(gè)物理位置的具體分型結(jié)果呢限煞？？或者說(shuō)如何將測(cè)序數(shù)據(jù)與SNP芯片數(shù)據(jù)取交集呢员凝？署驻？
vcftools
vcftools是一種可以對(duì)VCF文件和BCF文件進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換及過(guò)濾的工具，其中很多過(guò)濾及計(jì)算功能我們可以自己使用perl或者python編寫腳本實(shí)現(xiàn)健霹，但都不如這個(gè)工具的運(yùn)算...
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@橙子牛奶糖 謝謝大佬了~
GWAS:網(wǎng)頁(yè)版的基因型填充（genotype imputation）
在全基因組關(guān)聯(lián)分析中宣吱，處理芯片數(shù)據(jù)時(shí)，必須走的一個(gè)流程就是基因型數(shù)據(jù)填充（imputation）瞳别。 當(dāng)然征候，如果你拿到的是全測(cè)序的數(shù)據(jù)，請(qǐng)忽略這一步祟敛。 下面直奔主題疤坝，怎么在網(wǎng)頁(yè)...
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博主請(qǐng)問(wèn)用 vcftools 取2個(gè)不同測(cè)序文件的SNP交集呢跑揉？？十分感謝埠巨！
關(guān)于SNP的過(guò)濾（1）：如何使用vcftools進(jìn)行SNP過(guò)濾
前言 很多關(guān)注我這個(gè)專題的朋友都在后臺(tái)留言历谍，說(shuō)想了解更多關(guān)于SNP過(guò)濾的東西。是的乖订，確實(shí)這是一個(gè)比較重要的問(wèn)題扮饶。第一具练，過(guò)濾到一些低質(zhì)量的SNP可以防止calling一些假陽(yáng)性...
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請(qǐng)問(wèn)大佬這個(gè)網(wǎng)站可以填充動(dòng)物的嗎?
GWAS:網(wǎng)頁(yè)版的基因型填充（genotype imputation）
在全基因組關(guān)聯(lián)分析中乍构，處理芯片數(shù)據(jù)時(shí)，必須走的一個(gè)流程就是基因型數(shù)據(jù)填充（imputation）扛点。 當(dāng)然哥遮，如果你拿到的是全測(cè)序的數(shù)據(jù)，請(qǐng)忽略這一步陵究。 下面直奔主題眠饮，怎么在網(wǎng)頁(yè)...
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