發(fā)簡信
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基因變異的命名規(guī)則
主要轉自對看不懂變異的命名規(guī)則怎么辦胯杭？以及教你看懂基因檢測中的那些變異的學習 HGVS，全稱是Human Genome Variation Society膜宋，即人類基因組變異協(xié)...
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@LYL_2488 我最后換軟件了唉~ 這個最終我還是沒法解決
GWAS 學習之a(chǎn)dmixture
背景 群體遺傳學中測出很多個個體秋茫，得到了最終的SNP vcf文件史简，需要將其分成群體，看哪幾個物種聚在一起肛著。一般使用的軟件就是STRUCTURE圆兵，但是STREUTURE運行速度...
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謝謝版主 受教了！
如何計算效應值（例如育種值）的準確性（accuracy）轮傍？
準確性指的是預測效應值與真值之間的相關系數(shù)暂雹。有時還會遇見一個概念——可靠性（reliability）〈匆梗可靠性是準確性的平方杭跪，也就是說這二者度量的是一個事情。reliabili...
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博主 請問您用過ipat嗎驰吓？我是windows用戶涧尿，我在使用的時候已經(jīng)按照要求全部安裝了所需的包，也檢查的所有的包都可以調用 但是進行BGLR分析的時候 使用開發(fā)者的demo進行操作 界面是空白的 什么都不顯示 請問是哪里出問題了棚瘟？现斋？
Chen2018開發(fā)了一個帶界面的GWAS和GS操作軟件
Chen CJ, Zhang Z. iPat: Intelligent Prediction and Association Tool for Genomic Researc...
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請問大神 我每次運行都出現(xiàn)這個 Segmentation fault (core dumped 請問是什么情況？
GWAS 學習之a(chǎn)dmixture
背景 群體遺傳學中測出很多個個體偎蘸，得到了最終的SNP vcf文件庄蹋，需要將其分成群體，看哪幾個物種聚在一起迷雪。一般使用的軟件就是STRUCTURE限书，但是STREUTURE運行速度...
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@紫竹林_b67e 請問你最后解決了嗎倦西？？
Plink文件格式介紹（一）
introduction Plink算是生物信息最常用的軟件之一了赁严，而且很多軟件的輸入也會使用Plink的文件格式扰柠。這次我們來一起認識一下Plink中最常用的兩種格式，.pe...
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博主 你的文章很清晰再次膜拜！程剥！ 我有個問題想請教一下 目前我有200個5x的測序數(shù)據(jù)劝枣，另外還有400個600K密度的芯片數(shù)據(jù)，芯片數(shù)據(jù)的每個物理位置肯定是一定的织鲸，所以請問如何求得這200個測序數(shù)據(jù)在SNP芯片的每個物理位置的具體分型結果呢舔腾？？或者說如何將測序數(shù)據(jù)與SNP芯片數(shù)據(jù)取交集呢搂擦？稳诚？
vcftools
vcftools是一種可以對VCF文件和BCF文件進行格式轉換及過濾的工具，其中很多過濾及計算功能我們可以自己使用perl或者python編寫腳本實現(xiàn)盾饮，但都不如這個工具的運算...
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@橙子牛奶糖 謝謝大佬了~
GWAS:網(wǎng)頁版的基因型填充（genotype imputation）
在全基因組關聯(lián)分析中普办，處理芯片數(shù)據(jù)時，必須走的一個流程就是基因型數(shù)據(jù)填充（imputation）徘钥。 當然衔蹲，如果你拿到的是全測序的數(shù)據(jù)，請忽略這一步呈础。 下面直奔主題舆驶，怎么在網(wǎng)頁...
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博主請問用 vcftools 取2個不同測序文件的SNP交集呢沙廉？？十分感謝臼节！
關于SNP的過濾（1）：如何使用vcftools進行SNP過濾
前言 很多關注我這個專題的朋友都在后臺留言撬陵，說想了解更多關于SNP過濾的東西。是的网缝，確實這是一個比較重要的問題巨税。第一，過濾到一些低質量的SNP可以防止calling一些假陽性...
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請問大佬這個網(wǎng)站可以填充動物的嗎?
GWAS:網(wǎng)頁版的基因型填充（genotype imputation）
在全基因組關聯(lián)分析中粉臊，處理芯片數(shù)據(jù)時草添，必須走的一個流程就是基因型數(shù)據(jù)填充（imputation）。 當然扼仲，如果你拿到的是全測序的數(shù)據(jù)远寸，請忽略這一步。 下面直奔主題屠凶，怎么在網(wǎng)頁...
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