你不得不知道的GEO數(shù)據(jù)庫芯片數(shù)據(jù)分析方法 大家好，我是阿琛兆沙。今天來給大家介紹一個新的專題內(nèi)容---GEO數(shù)據(jù)庫的使用方法欧芽。烹飪需要食材，分析需要數(shù)據(jù)挤悉。數(shù)據(jù)出發(fā)渐裸，整個研究的第...
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一文解決GEO芯片數(shù)據(jù)分析80％的工作导饲！建議收藏浇垦！
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文獻(xiàn)中的熱圖代碼實現(xiàn)（熱圖標(biāo)記感興趣的基因,基礎(chǔ)知識）hello，大家好装悲，今天我們來實現(xiàn)一下下面的這張熱圖 我們最關(guān)注的就是圖的右邊只標(biāo)記感興趣的基因昏鹃，如何實現(xiàn)呢？诀诊？洞渤？ 準(zhǔn)備作圖文件 接下來，讓我們來實現(xiàn)一下上面的熱圖属瓣。 為了繪...
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【R>>Mfuzz】時間序列分析時間序列分析：對不同時間點（狀態(tài)）轉(zhuǎn)錄組或蛋白表達(dá)譜數(shù)據(jù)载迄，進(jìn)行模糊c均值聚類（fuzzy c-means clustering, FCM），找出具有相似表達(dá)模式的基因或蛋白并...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— ggsci 配色前言 在繪圖時抡蛙，如何搭配顏色护昧，是一個很讓人頭疼的問題。今天要介紹的包 ggsci 能大大減輕我們的負(fù)擔(dān)粗截。 ggsci 提供了很多高質(zhì)量的顏色搭配惋耙，其靈感來自于各種 SCI 雜...
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環(huán)狀直方圖和散點圖繼上次跟大家分享了云雨圖和分組直方圖之后，今天再跟大家介紹一種適用于統(tǒng)計描述的高顏值圖——環(huán)狀直方圖和散點圖熊昌。它其實是將分組直方圖跟分組散點圖組合在一起的圖绽榛。接下來我們開始學(xué)...
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如何利用cytoscape畫ceRNA互作網(wǎng)絡(luò)圖？說起互作網(wǎng)絡(luò)圖窝撵，大家都不陌生〗竺看文獻(xiàn)的時候碌奉，經(jīng)扯淘看見相互作用網(wǎng)絡(luò)圖展示了circRNA-miRNA的靶向關(guān)系或者ceRNA競爭性網(wǎng)絡(luò)關(guān)系。我們先來看幾個圖： CircRNA-...
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R package：WGCNA加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與分析1.安裝 載入WGCNA包時會發(fā)現(xiàn)部分包沒有安裝需要手動安裝 打開多線程 2.導(dǎo)入數(shù)據(jù) 2.1 矩陣轉(zhuǎn)置 2.2 查看 3 檢查離群樣本 4 選擇合適的軟閾值 sft為一個列...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— 聚類熱圖 ComplexHeatmap(四)圖例R 數(shù)據(jù)可視化 —— 聚類熱圖 ComplexHeatmap(四)圖例 前言 忘了說了赐劣，直接使用 安裝的版本比較老舊嫉拐，有些功能不支持。比如富文本解析函數(shù) gt_render魁兼，...
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思路清奇SCI:15.ECM相關(guān)基因+gliomas(1.5分)無意中發(fā)現(xiàn)一篇純生信文章婉徘，雖然發(fā)表在神刊Medcine，但還是有一定參考價值的咐汞。 PMID: 33879726[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pm...
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使用ggord包進(jìn)行PCA分析和作圖PCA（Principal Component Analysis）主成分分析盖呼， 用來考察多個變量間相關(guān)性一種多元統(tǒng)計方法，研究如何通過少數(shù)幾個主成分來揭示多個變量間的內(nèi)部結(jié)構(gòu)...
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PCA(principal component analysis,主成分分析)1. 簡介 PCA(Principal Components Analysis)即主成分分析化撕，也稱主分量分析或主成分回歸分析法几晤，是一種無監(jiān)督的數(shù)據(jù)降維方法。首先利用線性變換植阴，...
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跟著Cell學(xué)作圖|8.富集網(wǎng)絡(luò)圖(Cytoscape/ClueGO)跟著Cell學(xué)作圖|8.富集網(wǎng)絡(luò)圖(Cytoscape/ClueGO) “實踐是檢驗真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)蟹瘾。”“復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)R語言的最好辦法掠手『镀樱” DOI: 10.1016/j.cell...
