學(xué)呂

你不得不知道的GEO數(shù)據(jù)庫(kù)芯片數(shù)據(jù)分析方法 大家好，我是阿琛鳍贾。今天來給大家介紹一個(gè)新的專題內(nèi)容---GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的使用方法。烹飪需要食材，分析需要數(shù)據(jù)地啰。數(shù)據(jù)出發(fā)，整個(gè)研究的第...

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hello讲逛，大家好亏吝，今天我們來實(shí)現(xiàn)一下下面的這張熱圖 我們最關(guān)注的就是圖的右邊只標(biāo)記感興趣的基因，如何實(shí)現(xiàn)呢盏混？顺呕？？ 準(zhǔn)備作圖文件 接下來括饶，讓我們來實(shí)現(xiàn)一下上面的熱圖株茶。 為了繪...

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時(shí)間序列分析：對(duì)不同時(shí)間點(diǎn)（狀態(tài)）轉(zhuǎn)錄組或蛋白表達(dá)譜數(shù)據(jù)，進(jìn)行模糊c均值聚類（fuzzy c-means clustering, FCM）图焰，找出具有相似表達(dá)模式的基因或蛋白并...

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前言 在繪圖時(shí)启盛，如何搭配顏色，是一個(gè)很讓人頭疼的問題技羔。今天要介紹的包 ggsci 能大大減輕我們的負(fù)擔(dān)僵闯。 ggsci 提供了很多高質(zhì)量的顏色搭配，其靈感來自于各種 SCI 雜...

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繼上次跟大家分享了云雨圖和分組直方圖之后藤滥，今天再跟大家介紹一種適用于統(tǒng)計(jì)描述的高顏值圖——環(huán)狀直方圖和散點(diǎn)圖鳖粟。它其實(shí)是將分組直方圖跟分組散點(diǎn)圖組合在一起的圖。接下來我們開始學(xué)...

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說起互作網(wǎng)絡(luò)圖贞瞒，大家都不陌生偶房。看文獻(xiàn)的時(shí)候军浆，經(jīng)匙匮螅看見相互作用網(wǎng)絡(luò)圖展示了circRNA-miRNA的靶向關(guān)系或者ceRNA競(jìng)爭(zhēng)性網(wǎng)絡(luò)關(guān)系。我們先來看幾個(gè)圖： CircRNA-...

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1.安裝 載入WGCNA包時(shí)會(huì)發(fā)現(xiàn)部分包沒有安裝需要手動(dòng)安裝 打開多線程 2.導(dǎo)入數(shù)據(jù) 2.1 矩陣轉(zhuǎn)置 2.2 查看 3 檢查離群樣本 4 選擇合適的軟閾值 sft為一個(gè)列...

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R 數(shù)據(jù)可視化 —— 聚類熱圖 ComplexHeatmap(四)圖例 前言 忘了說了瘾敢，直接使用 安裝的版本比較老舊拍冠，有些功能不支持。比如富文本解析函數(shù) gt_render簇抵，...

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無意中發(fā)現(xiàn)一篇純生信文章庆杜，雖然發(fā)表在神刊Medcine，但還是有一定參考價(jià)值的碟摆。 PMID: 33879726[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pm...

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PCA（Principal Component Analysis）主成分分析晃财， 用來考察多個(gè)變量間相關(guān)性一種多元統(tǒng)計(jì)方法，研究如何通過少數(shù)幾個(gè)主成分來揭示多個(gè)變量間的內(nèi)部結(jié)構(gòu)...

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1. 簡(jiǎn)介 PCA(Principal Components Analysis)即主成分分析典蜕，也稱主分量分析或主成分回歸分析法断盛，是一種無監(jiān)督的數(shù)據(jù)降維方法。首先利用線性變換愉舔，...

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跟著Cell學(xué)作圖|8.富集網(wǎng)絡(luò)圖(Cytoscape/ClueGO) “實(shí)踐是檢驗(yàn)真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)钢猛。”“復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)R語言的最好辦法轩缤∶酰” DOI: 10.1016/j.cell...