1.FeaturePlot函數(shù) FeaturePlot使用了split函數(shù)之后就沒有l(wèi)egend了這個(gè)問題之前困擾了我很久 后來就下定決心解決一下 其實(shí)很簡(jiǎn)單就只是加個(gè)命令參...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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使用Seurat 中自帶函數(shù)畫圖遇到的問題及解決辦法 -
R語言S4對(duì)象介紹
編程對(duì)象簡(jiǎn)介 R雖然有S3劫窒、S4殖蚕、(RC)Reference classes 三個(gè)面向?qū)ο蟮南到y(tǒng)和一個(gè)多由C語言構(gòu)建的基本類型(base types)照宝，但是一般S3就能夠滿足...
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R語言S3對(duì)象的簡(jiǎn)單學(xué)習(xí)前言 最近在琢磨單細(xì)胞的分析包Seurat，其對(duì)象type是一個(gè)S4 object额嘿，value顯示為S4 object of class Seurat地啰，class則是Seur...
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單細(xì)胞RunPCA()結(jié)果解讀+DimHeatmap的用法單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.reibang.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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R可視化之pheatmap繪制聚類熱圖并導(dǎo)出聚類后基因順序
100天生信-Day1 熱圖是很方便的數(shù)據(jù)可視化方法送粱，很多情景下簡(jiǎn)單靴庆、實(shí)用时捌。比如在拿到RNA-seq表達(dá)矩陣后大概看一個(gè)表達(dá)情況，而且可以做個(gè)聚類大體了解基因表達(dá)模式（當(dāng)然樣...
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pheatmap 坐標(biāo)軸排序簡(jiǎn)介 heatmap 排序的實(shí)質(zhì)是對(duì)hclust的結(jié)果進(jìn)行排序炉抒，由于存在聚類這一客觀情況奢讨，所以我們期望的排序結(jié)果是一個(gè)局域型排序產(chǎn)物(在同一聚類水平下的排序)。 基本實(shí)現(xiàn)過程...
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Monocle2: plot_genes_in_pseudotime()
1. 使用 2. 基因表達(dá)擬合 官方源代碼https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/blob/master/R...
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Monocle2: plot_genes_branched_pseudotime()1. 普通plot plot_genes_branched_pseudotime(monocle2_object[c("LOC408449","LOC411104"), ],...
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數(shù)據(jù)清洗工具flashtext焰薄，效率直接提升了幾十倍數(shù)
在平常的一些的小規(guī)模的數(shù)據(jù)的過濾拿诸、清洗過程中使用最多的就是正則表達(dá)式，但是隨著數(shù)據(jù)規(guī)模的增大塞茅，正則表達(dá)式就顯得有些心有余力不足了亩码。 【閱讀全文】[https://mp.wei...
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pyscenic | 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析，原理圖文詳解pyscenic做為scenic的python版本野瘦，相比R版本實(shí)現(xiàn)了分析速度上的巨大提升描沟，尤其是最耗時(shí)的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建步驟。實(shí)測(cè)時(shí)間如下鞭光，數(shù)據(jù)集1 (4257 cell x ...
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monocle細(xì)胞軌跡追蹤原理我們用seurat選取HVG來進(jìn)行細(xì)胞軌跡推斷吏廉，并且過濾了一些低質(zhì)量的細(xì)胞 加載相應(yīng)的工具包 本文的數(shù)據(jù)和預(yù)處理來源于：?jiǎn)渭?xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操...
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vscode遠(yuǎn)程連接服務(wù)器，并在vscode頁面中使用rstudio-server先看看效果： Ⅰ.在vscode中下載插件： 1.Remote Development （擴(kuò)展ID:ms-vscode-remote.vscode-remote-exte...
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測(cè)序數(shù)據(jù)量惰许？reads數(shù)目席覆？cluster？
首先汹买，需要明確一點(diǎn): 數(shù)據(jù)量大小其實(shí)就是堿基的個(gè)數(shù)佩伤。 那么，數(shù)據(jù)量大小的計(jì)算方法是： 單端測(cè)序 數(shù)據(jù)量=reads長(zhǎng)度 X reads個(gè)數(shù) (reads長(zhǎng)度很容易得知卦睹，rea...
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二代測(cè)序文庫構(gòu)建-概述與挑戰(zhàn)（1）高通量測(cè)序又稱NGS畦戒，重新定義了基因組學(xué)研究。近年來结序，NGS技術(shù)穩(wěn)步發(fā)展障斋，伴隨著成本下降以及測(cè)序應(yīng)用呈指數(shù)增加。本文徐鹤，我們研究了影響測(cè)序文庫質(zhì)量的關(guān)鍵因素垃环，以及，在DNA來源...
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2020-08-24質(zhì)粒構(gòu)建設(shè)計(jì)引物 引物長(zhǎng)度一般在15~30 bp返敬，最常用的是18~27bp遂庄； 引物GC含量在40%~60%之間，Tm值最好在72℃左右劲赠。Tm值簡(jiǎn)單粗暴的計(jì)算方法為Tm=4×(G+C)...
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這個(gè)世界流行離開，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
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簡(jiǎn)書啊簡(jiǎn)書 讓我怎么說您
