1.FeaturePlot函數(shù) FeaturePlot使用了split函數(shù)之后就沒有l(wèi)egend了這個問題之前困擾了我很久 后來就下定決心解決一下 其實很簡單就只是加個命令參...
發(fā)簡信
IP屬地：上海
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使用Seurat 中自帶函數(shù)畫圖遇到的問題及解決辦法 -
R語言S4對象介紹
編程對象簡介 R雖然有S3长窄、S4猪落、(RC)Reference classes 三個面向?qū)ο蟮南到y(tǒng)和一個多由C語言構(gòu)建的基本類型(base types)他嫡，但是一般S3就能夠滿足...
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R語言S3對象的簡單學(xué)習(xí)前言 最近在琢磨單細胞的分析包Seurat诸尽，其對象type是一個S4 object，value顯示為S4 object of class Seurat，class則是Seur...
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單細胞RunPCA()結(jié)果解讀+DimHeatmap的用法單細胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.reibang.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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R可視化之pheatmap繪制聚類熱圖并導(dǎo)出聚類后基因順序
100天生信-Day1 熱圖是很方便的數(shù)據(jù)可視化方法，很多情景下簡單窍蓝、實用。比如在拿到RNA-seq表達矩陣后大概看一個表達情況繁成，而且可以做個聚類大體了解基因表達模式（當(dāng)然樣...
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pheatmap 坐標軸排序簡介 heatmap 排序的實質(zhì)是對hclust的結(jié)果進行排序吓笙，由于存在聚類這一客觀情況，所以我們期望的排序結(jié)果是一個局域型排序產(chǎn)物(在同一聚類水平下的排序)朴艰。 基本實現(xiàn)過程...
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Monocle2: plot_genes_in_pseudotime()
1. 使用 2. 基因表達擬合 官方源代碼https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/blob/master/R...
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Monocle2: plot_genes_branched_pseudotime()1. 普通plot plot_genes_branched_pseudotime(monocle2_object[c("LOC408449","LOC411104"), ],...
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數(shù)據(jù)清洗工具flashtext，效率直接提升了幾十倍數(shù)
在平常的一些的小規(guī)模的數(shù)據(jù)的過濾混移、清洗過程中使用最多的就是正則表達式祠墅，但是隨著數(shù)據(jù)規(guī)模的增大，正則表達式就顯得有些心有余力不足了歌径。 【閱讀全文】[https://mp.wei...
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pyscenic | 單細胞轉(zhuǎn)錄因子分析毁嗦，原理圖文詳解pyscenic做為scenic的python版本，相比R版本實現(xiàn)了分析速度上的巨大提升回铛，尤其是最耗時的共表達網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建步驟狗准。實測時間如下，數(shù)據(jù)集1 (4257 cell x ...
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monocle細胞軌跡追蹤原理我們用seurat選取HVG來進行細胞軌跡推斷茵肃，并且過濾了一些低質(zhì)量的細胞 加載相應(yīng)的工具包 本文的數(shù)據(jù)和預(yù)處理來源于：單細胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實操...
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vscode遠程連接服務(wù)器腔长，并在vscode頁面中使用rstudio-server先看看效果： Ⅰ.在vscode中下載插件： 1.Remote Development （擴展ID:ms-vscode-remote.vscode-remote-exte...
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測序數(shù)據(jù)量？reads數(shù)目验残？cluster捞附？
首先，需要明確一點: 數(shù)據(jù)量大小其實就是堿基的個數(shù)您没。 那么鸟召，數(shù)據(jù)量大小的計算方法是： 單端測序 數(shù)據(jù)量=reads長度 X reads個數(shù) (reads長度很容易得知，rea...
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二代測序文庫構(gòu)建-概述與挑戰(zhàn)（1）高通量測序又稱NGS氨鹏，重新定義了基因組學(xué)研究欧募。近年來，NGS技術(shù)穩(wěn)步發(fā)展仆抵，伴隨著成本下降以及測序應(yīng)用呈指數(shù)增加跟继。本文，我們研究了影響測序文庫質(zhì)量的關(guān)鍵因素镣丑，以及还栓，在DNA來源...
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2020-08-24質(zhì)粒構(gòu)建設(shè)計引物 引物長度一般在15~30 bp，最常用的是18~27bp传轰； 引物GC含量在40%~60%之間剩盒，Tm值最好在72℃左右。Tm值簡單粗暴的計算方法為Tm=4×(G+C)...
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這個世界流行離開纪挎，但我們卻不擅長告別
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簡書啊簡書 讓我怎么說您
