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  • 在下一篇中Two-QTL scans林束，講到了疏松的網(wǎng)格（step=2）惹恃。我去查查什么是“疏松的網(wǎng)格”庇茫。謝謝博主的分享呀！２笃小呕臂！

    1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis

    R/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的、交互的肪跋、用于QTL定位的R包歧蒋，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用州既，使用戶專注于建模而不是計(jì)算谜洽。 官網(wǎng)：https://r...

  • 簡(jiǎn)直太棒了，感謝制作者

  • 哈嘍哈嘍吴叶，博主好阐虚！我又又到問題了，請(qǐng)問帖子中的：“5. Single-QTL analysis
    首先蚌卤，利用calc.genoprob函數(shù)計(jì)算基因型的概率实束，step參數(shù)設(shè)置步長(zhǎng)，單位是cM逊彭，步長(zhǎng)確定了后期QTL定位的密度咸灿。”這里的步長(zhǎng)是如何確定為2的呀侮叮？我看到一些文章中用的0避矢。

    1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis

    R/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的、交互的签赃、用于QTL定位的R包谷异，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體分尸。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用锦聊，使用戶專注于建模而不是計(jì)算。 官網(wǎng)：https://r...

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    1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis

    R/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的箩绍、交互的孔庭、用于QTL定位的R包，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體材蛛。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用圆到，使用戶專注于建模而不是計(jì)算。 官網(wǎng)：https://r...

  • @Wei_Sun 感謝解惑卑吭，謝謝??????

    9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓圖繪制

    在R中進(jìn)行整理芽淡，pmap格式在下面帖子中有詳細(xì)介紹。第一列為SNP的ID豆赏，第二列為chr挣菲，第三列為SNP的位置富稻，第四列開始為每個(gè)性狀的SNP的P值。9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析...

  • 感謝分享優(yōu)質(zhì)教程白胀，這里我有一個(gè)疑問椭赋。關(guān)于閾值確定上”> threshold <- 1/292493“，請(qǐng)問這里為什么是用1除以有效位點(diǎn)數(shù)目或杠，而不是用0.01或者0.05呀哪怔？感謝回復(fù)。

    9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓圖繪制

    在R中進(jìn)行整理向抢，pmap格式在下面帖子中有詳細(xì)介紹认境。第一列為SNP的ID，第二列為chr挟鸠，第三列為SNP的位置元暴，第四列開始為每個(gè)性狀的SNP的P值。9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析...

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    9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓圖繪制

    在R中進(jìn)行整理兄猩，pmap格式在下面帖子中有詳細(xì)介紹茉盏。第一列為SNP的ID，第二列為chr枢冤，第三列為SNP的位置鸠姨，第四列開始為每個(gè)性狀的SNP的P值。9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析...

  • 我解決了這個(gè)問題

    GWAS分析-說人話（20）-單倍體關(guān)聯(lián)分析

    前言 來到這里淹真，已經(jīng)漸漸不是人話了... 估計(jì)這輩子我也沒有想到讶迁，我把我最厭惡的東西寫出來， 居然是最多人看的...... 分析方法很多核蘸，這一小節(jié)吐槽官網(wǎng)的這一行代碼巍糯，大神請(qǐng)...

  • 請(qǐng)問您解決這個(gè)問題了嗎？我的結(jié)果也是NA

    GWAS分析-說人話（20）-單倍體關(guān)聯(lián)分析

    前言 來到這里客扎，已經(jīng)漸漸不是人話了... 估計(jì)這輩子我也沒有想到祟峦，我把我最厭惡的東西寫出來， 居然是最多人看的...... 分析方法很多徙鱼，這一小節(jié)吐槽官網(wǎng)的這一行代碼宅楞，大神請(qǐng)...

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    CMplot報(bào)錯(cuò)missing value where TRUE/FALSE needed

    今天在使用CMplot畫曼哈頓圖時(shí)遇到一個(gè)bug：Error in if (sum(pvalueT <= 0) != 0 || sum(pvalueT > 1) != 0) ...

  • @Wei_Sun 謝謝作者大大

    7.1 GWAS：系統(tǒng)進(jìn)化樹——MEGA

    系統(tǒng)發(fā)育樹 系統(tǒng)發(fā)育樹是表明被認(rèn)為具有共同祖先的各物種/材料之間的演化關(guān)系樹形圖，用來描述物種（或材料袱吆、序列等）之間的分類和演化關(guān)系厌衙，是反映群體結(jié)構(gòu)最經(jīng)典、直觀绞绒、有效的方法婶希；...

  • 感謝作者大大分享！我有一些疑問蓬衡，我們做群體結(jié)構(gòu)分析（構(gòu)建進(jìn)行樹喻杈，主成分分析和祖先成分分析）之前的數(shù)據(jù)過濾是不是要進(jìn)行LD過濾呀拐揭？如果要進(jìn)行LD過濾的話參數(shù)要咋設(shè)置呀？

    7.1 GWAS：系統(tǒng)進(jìn)化樹——MEGA

    系統(tǒng)發(fā)育樹 系統(tǒng)發(fā)育樹是表明被認(rèn)為具有共同祖先的各物種/材料之間的演化關(guān)系樹形圖奕塑，用來描述物種（或材料堂污、序列等）之間的分類和演化關(guān)系，是反映群體結(jié)構(gòu)最經(jīng)典龄砰、直觀盟猖、有效的方法；...

  • @BestDNA 請(qǐng)問構(gòu)建進(jìn)化樹是不是也要進(jìn)行LD過濾呀换棚，過濾參數(shù)該如何設(shè)置呀式镐？

    2021.11.19 | 群體遺傳結(jié)構(gòu)、PCA固蚤、進(jìn)化樹

    常見的群體結(jié)構(gòu)的分析方法有admixture分析娘汞、系統(tǒng)發(fā)生數(shù)分析以及主成分分析等。 1夕玩、admixture分析 1）R語言繪圖 admixture的可視化分為兩種 2）pon...

  • 您好！感謝分享揩页，請(qǐng)問您的標(biāo)記數(shù)目為什么只有96個(gè)旷偿，是如何挑選的呀？我用snp來做的標(biāo)記有6萬多爆侣。運(yùn)行一直報(bào)錯(cuò)萍程。

    MSTmap：遺傳圖譜分析軟件

    一、MSTmap軟件介紹 MSTmap有網(wǎng)頁(yè)版兔仰、Linux版兩個(gè)版本： 在線網(wǎng)頁(yè)版本：http://www.mstmap.org/ Linux版本：http://www.ms...

  • @Wei_Sun 請(qǐng)問標(biāo)記在連鎖群上的位置這一列信息如何獲得呀斋陪？

    1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis

    R/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的朽褪、交互的置吓、用于QTL定位的R包无虚，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用衍锚，使用戶專注于建模而不是計(jì)算友题。 官網(wǎng)：https://r...

  • @Wei_Sun 好的，感謝大佬??

    1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis

    R/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的戴质、交互的度宦、用于QTL定位的R包踢匣，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用戈抄，使用戶專注于建模而不是計(jì)算离唬。 官網(wǎng)：https://r...

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