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在下一篇中Two-QTL scans设哗，講到了疏松的網(wǎng)格（step=2）诵棵。我去查查什么是“疏松的網(wǎng)格”。謝謝博主的分享呀Ｉ蘅啊Ｃ嬷场！
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一個可擴展的哭廉、交互的脊僚、用于QTL定位的R包，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體遵绰。特點是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用吃挑，使用戶專注于建模而不是計算。 官網(wǎng)：https://r...
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哈嘍哈嘍舶衬，博主好！我又又到問題了赎离，請問帖子中的：“5. Single-QTL analysis
首先逛犹，利用calc.genoprob函數(shù)計算基因型的概率，step參數(shù)設(shè)置步長梁剔，單位是cM虽画，步長確定了后期QTL定位的密度∪俨。”這里的步長是如何確定為2的呀码撰？我看到一些文章中用的0。1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一個可擴展的个盆、交互的脖岛、用于QTL定位的R包，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體颊亮。特點是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用柴梆，使用戶專注于建模而不是計算。 官網(wǎng)：https://r...
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1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysisR/qtl是一個可擴展的终惑、交互的绍在、用于QTL定位的R包，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體。特點是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用偿渡，使用戶專注于建模而不是計算臼寄。 官網(wǎng)：https://r...
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@Wei_Sun 感謝解惑，謝謝??????
9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓圖繪制
在R中進(jìn)行整理溜宽，pmap格式在下面帖子中有詳細(xì)介紹脯厨。第一列為SNP的ID，第二列為chr坑质，第三列為SNP的位置合武，第四列開始為每個性狀的SNP的P值。9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析...
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感謝分享優(yōu)質(zhì)教程涡扼，這里我有一個疑問稼跳。關(guān)于閾值確定上”> threshold <- 1/292493“，請問這里為什么是用1除以有效位點數(shù)目吃沪，而不是用0.01或者0.05呀汤善？感謝回復(fù)。
9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓圖繪制
在R中進(jìn)行整理票彪，pmap格式在下面帖子中有詳細(xì)介紹红淡。第一列為SNP的ID，第二列為chr降铸，第三列為SNP的位置在旱，第四列開始為每個性狀的SNP的P值。9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析...
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9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓圖繪制在R中進(jìn)行整理推掸，pmap格式在下面帖子中有詳細(xì)介紹桶蝎。第一列為SNP的ID，第二列為chr谅畅，第三列為SNP的位置登渣，第四列開始為每個性狀的SNP的P值。9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析...
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我解決了這個問題
GWAS分析-說人話（20）-單倍體關(guān)聯(lián)分析
前言 來到這里毡泻，已經(jīng)漸漸不是人話了... 估計這輩子我也沒有想到胜茧，我把我最厭惡的東西寫出來， 居然是最多人看的...... 分析方法很多仇味，這一小節(jié)吐槽官網(wǎng)的這一行代碼呻顽，大神請...
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請問您解決這個問題了嗎？我的結(jié)果也是NA
GWAS分析-說人話（20）-單倍體關(guān)聯(lián)分析
前言 來到這里邪铲，已經(jīng)漸漸不是人話了... 估計這輩子我也沒有想到芬位，我把我最厭惡的東西寫出來无拗， 居然是最多人看的...... 分析方法很多带到，這一小節(jié)吐槽官網(wǎng)的這一行代碼，大神請...
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CMplot報錯missing value where TRUE/FALSE needed今天在使用CMplot畫曼哈頓圖時遇到一個bug：Error in if (sum(pvalueT <= 0) != 0 || sum(pvalueT > 1) != 0) ...
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@Wei_Sun 謝謝作者大大
7.1 GWAS：系統(tǒng)進(jìn)化樹——MEGA
系統(tǒng)發(fā)育樹 系統(tǒng)發(fā)育樹是表明被認(rèn)為具有共同祖先的各物種/材料之間的演化關(guān)系樹形圖，用來描述物種（或材料揽惹、序列等）之間的分類和演化關(guān)系被饿，是反映群體結(jié)構(gòu)最經(jīng)典、直觀搪搏、有效的方法狭握；...
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感謝作者大大分享！我有一些疑問疯溺，我們做群體結(jié)構(gòu)分析（構(gòu)建進(jìn)行樹论颅，主成分分析和祖先成分分析）之前的數(shù)據(jù)過濾是不是要進(jìn)行LD過濾呀？如果要進(jìn)行LD過濾的話參數(shù)要咋設(shè)置呀囱嫩？
7.1 GWAS：系統(tǒng)進(jìn)化樹——MEGA
系統(tǒng)發(fā)育樹 系統(tǒng)發(fā)育樹是表明被認(rèn)為具有共同祖先的各物種/材料之間的演化關(guān)系樹形圖恃疯，用來描述物種（或材料、序列等）之間的分類和演化關(guān)系墨闲，是反映群體結(jié)構(gòu)最經(jīng)典今妄、直觀、有效的方法鸳碧；...
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@BestDNA 請問構(gòu)建進(jìn)化樹是不是也要進(jìn)行LD過濾呀盾鳞，過濾參數(shù)該如何設(shè)置呀？
2021.11.19 | 群體遺傳結(jié)構(gòu)瞻离、PCA腾仅、進(jìn)化樹
常見的群體結(jié)構(gòu)的分析方法有admixture分析、系統(tǒng)發(fā)生數(shù)分析以及主成分分析等套利。 1攒砖、admixture分析 1）R語言繪圖 admixture的可視化分為兩種 2）pon...
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您好昂拂！感謝分享受神，請問您的標(biāo)記數(shù)目為什么只有96個，是如何挑選的呀格侯？我用snp來做的標(biāo)記有6萬多鼻听。運行一直報錯。
MSTmap：遺傳圖譜分析軟件
一联四、MSTmap軟件介紹 MSTmap有網(wǎng)頁版撑碴、Linux版兩個版本： 在線網(wǎng)頁版本：http://www.mstmap.org/ Linux版本：http://www.ms...
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@Wei_Sun 請問標(biāo)記在連鎖群上的位置這一列信息如何獲得呀醉拓？
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一個可擴展的、交互的、用于QTL定位的R包亿卤，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體愤兵。特點是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用，使用戶專注于建模而不是計算排吴。 官網(wǎng)：https://r...
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@Wei_Sun 好的秆乳，感謝大佬??
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一個可擴展的、交互的钻哩、用于QTL定位的R包屹堰，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體。特點是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用街氢，使用戶專注于建模而不是計算双藕。 官網(wǎng)：https://r...
