最近微信群有小伙伴拋出這樣一張圖胳施，是一個細胞通訊LR氣泡圖怎炊，確切的說應(yīng)該是Cellchat結(jié)果的可視化节预。我一看這不就是用Cellchat做的嘛新博。沒什么難度，做一下族奢！這個相比于...
IP屬地：江蘇
-
復(fù)現(xiàn)SCI圖表：Cellchat多組結(jié)果受配體結(jié)果氣泡圖可視化 -
單細胞細胞比例分析方法列舉1.利用箱線圖比較兩類樣本的某個細胞比例差異 比較直觀懈玻，但是缺點在于如果單細胞樣本個數(shù)過少且異質(zhì)性大，導致很難有統(tǒng)計學顯著意義 2.R o/e 比值 好多文章都有用這個箭启，我的...
-
新-03.使用SCTransform標準化流程質(zhì)控降維
具體改進： 使用了Seurat官網(wǎng)更新的最新標準化方法SCTransform v2壕翩，此方法在下游注釋中可更佳清晰的分辨細胞亞群。 添加了Harmony算法以對樣本間批次效應(yīng)進...
-
結(jié)合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18使用背景 我們一般拿到單細胞矩陣需要做的一個預(yù)處理步驟是去雙胞傅寡，而常用的一個R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
-
seurat單細胞數(shù)據(jù)處理小技巧1 亞群合并 當有幾類亞群同屬于某類細胞時放妈，比如CD4+ T細胞和CD8+ T細胞均屬于T細胞，想要將他們合并在一起時赏僧，可以使用此代碼大猛。 推薦使用第二種方法，這樣不更改原始亞...
-
多個10x單細胞對象的合并和批次校正--seurat錨點整合+Harmony練習數(shù)據(jù)集的GEO編號：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
-
RNAvelocity系列教程2：使用 Seurat 和 scVelo 估計 RNA 速率此教程展示了使用 scVelo 分析存儲在 Seurat 對象中的 RNA 速率值淀零。如果您在工作中使用 scVelo挽绩，請引用下文： Generalizing RNA velo...
-
scVelo詳細筆記通過動力學建模將RNA速率推廣到瞬時細胞狀態(tài) RNA速率開辟了利用scRNA測序數(shù)據(jù)研究細胞分化的新途徑。RNA速率基于剪接和非剪接mRNA的比率描述了在一個給定時間點上驾中，一...
-
單細胞測序解析結(jié)直腸癌進展中的細胞變化文章題目：Single-cell analyses define a continuum of cell state and composition changes in t...
-
單細胞CNV分析--CopyKATCNV(Copy number variation, 拷貝數(shù)變異)唉堪，也稱CNP(copy—number polymorphism，拷貝數(shù)目多態(tài))肩民，是由于基因組發(fā)生重排而導致的...
-
ROGUE：評估細胞亞群純度說在前面 我們在前面通過3篇推文介紹了張澤民老師的系列研究成果張澤民老師系列文章解讀(一)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...
-
10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）之單細胞精度分析細胞通訊開工了唠亚，到了我們上班的時間了，剛開始持痰，我們來分享一些新出現(xiàn)的方法灶搜，看看方法上有哪些更新，我們雖然做不了潮流的引領(lǐng)者，但是要跟隨潮流割卖，保證自己不被時代拋棄前酿，今天分享的文獻在Co...
-
免疫細胞注釋-2：髓系細胞scRNAseq免疫細胞注釋： 免疫細胞注釋-1：T細胞[http://www.reibang.com/p/0127c9b380c9] 免疫細胞注釋-2：髓系細胞[http...
-
單細胞之軌跡分析-1：RNA velocityRNA velocity原理此前已經(jīng)介紹過，參考單細胞測序的軌跡推斷[http://www.reibang.com/p/83c532234dc0]鹏溯。 1. loom文件準備...
-
一文解決單細胞亞群注釋的所有問題
好久沒更新了罢维，上來小編得寫一個有分量的推文暖暖場。其實細想一下丙挽，不能全歸因于平時太忙（還是太懶了）肺孵，因為最近看到其它很多小伙伴做的很好且都在不斷更新。其實抽出時間寫一寫推文對...
-
cell2location學習筆記Cell2location 是一個原則性的貝葉斯模型颜阐，它可以解析空間轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)中的細胞類型平窘，并創(chuàng)建不同組織的全面細胞圖。Cell2location 解釋了變異的技術(shù)來源瞬浓，并借用...
-
分析流程||Seurat空間轉(zhuǎn)錄組分析流程歡迎關(guān)注同名公主號：BBio 流程包括單切片的基本分析初婆、scRNA整合、多切片整合猿棉。 參考：https://satijalab.org/seurat/articles/spa...
-
10X單細胞轉(zhuǎn)錄組磅叛、單細胞核轉(zhuǎn)錄組、VDJ萨赁、空間轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析識別人肺組織的免疫細胞生態(tài)位hello弊琴，大家好，霧霾天就適合寫寫東西杖爽，放松一下敲董，今天我們來分享一下運用10X空間轉(zhuǎn)錄組識別免疫細胞生態(tài)位的內(nèi)容，關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組識別生態(tài)位的內(nèi)容慰安，我也分享了很多了腋寨，歡迎大家...
-
單細胞測序——髓系細胞注釋marker主要根據(jù)文獻中的描述與方法 髓系細胞分類 巨噬細胞，單核細胞化焕，DC細胞 文獻一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...