請(qǐng)問(wèn)pbmc.markers 是通過(guò)findmarkers函數(shù)找的嘛
【R畫圖學(xué)習(xí)13.4】散點(diǎn)圖---單細(xì)胞不同亞群火山圖下面這個(gè)圖是我在單細(xì)胞相關(guān)文章中見(jiàn)過(guò)的末购，也算是火山圖的變種』⑿唬可以看出X軸是不同的細(xì)胞類型盟榴，Y軸是marker基因的fold change（log2）,但是不同類別之間他們是不...
博主，您好婴噩！請(qǐng)問(wèn)如果針對(duì)celltype來(lái)畫軌跡分析擎场，想對(duì)每種細(xì)胞類型進(jìn)行顏色指定羽德，那要咋弄呢
【單細(xì)胞】ggplot2美化monocle2軌跡展示結(jié)果前面測(cè)試過(guò)monocle2/3，但是在畫圖的時(shí)候迅办，尤其是用默認(rèn)軟件畫圖的時(shí)候總是覺(jué)得不夠好看宅静。比如下面這個(gè)paper中的數(shù)據(jù)（https://pubmed.ncbi.nlm....
前面測(cè)試過(guò)monocle2/3，但是在畫圖的時(shí)候站欺，尤其是用默認(rèn)軟件畫圖的時(shí)候總是覺(jué)得不夠好看。比如下面這個(gè)paper中的數(shù)據(jù)（https://pubmed.ncbi.nlm....
請(qǐng)問(wèn)怎么做細(xì)胞比例的正態(tài)性檢驗(yàn)?zāi)胤撸窟x擇t檢驗(yàn)之前得先滿足正態(tài)吧
跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(六):細(xì)胞比例計(jì)算及可視化今天接著單細(xì)胞文章的內(nèi)容： 從Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(一):開端Ａ渍恕＜炙洹逃糟！[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&...
您好蓬豁，有個(gè)問(wèn)題想請(qǐng)教一下，為什么您kegg輸出的數(shù)據(jù)框里第一簇GeneRatio分母為91庆尘，最開始輸入的我看是96來(lái)著
scRNA-Seq | 各個(gè)cluster top100 marker基因富集分析據(jù)說(shuō)剃诅，多種R包可以繪制雷達(dá)圖巷送，對(duì)ggplot系列函數(shù)熟悉的小伙伴可以選擇ggradar和echarts4r驶忌。fmsb和radarchart也同樣能實(shí)現(xiàn)你的需求 下面笑跛，從單細(xì)胞...
那富集分析用的差異基因是怎樣得到呢？得選取一個(gè)對(duì)照細(xì)胞簇才能獲得吧飞蹂，這個(gè)簇選擇的標(biāo)準(zhǔn)是什么呢
單細(xì)胞分析實(shí)錄(14): 細(xì)胞類型注釋的另一種思路 — CellID之前寫過(guò)一篇細(xì)胞類型注釋的推文：?jiǎn)渭?xì)胞分析實(shí)錄(7): 差異表達(dá)分析/細(xì)胞類型注釋[http://www.reibang.com/p/1887dbd8d9e4]几苍，里面介紹了...
對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行兩次scaledata陈哑，不會(huì)有影響嗎妻坝？不會(huì)進(jìn)一步縮放了數(shù)據(jù)嗎
?? Seurat | 強(qiáng)烈建議收藏的單細(xì)胞分析標(biāo)準(zhǔn)流程（細(xì)胞周期的影響去除）（三）寫在前面 在scRNAseq數(shù)據(jù)中惊窖，不同細(xì)胞處在不同細(xì)胞周期刽宪，如果不進(jìn)行異質(zhì)性校正的話界酒，會(huì)對(duì)結(jié)果有很大的影響圣拄。??常用的方法是根據(jù)經(jīng)典的細(xì)胞周期基因進(jìn)行評(píng)分，即cell cyc...
@黃甫一 大神庇谆，還有個(gè)問(wèn)題想請(qǐng)教一下可以嗎岳掐？使用去除雙細(xì)胞后的多樣本數(shù)據(jù)harmony后進(jìn)行聚類分析時(shí)，還需要再歸一化饭耳、標(biāo)準(zhǔn)化那些處理嗎？
結(jié)合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18使用背景 我們一般拿到單細(xì)胞矩陣需要做的一個(gè)預(yù)處理步驟是去雙胞寞肖，而常用的一個(gè)R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
@黃甫一 好的好的剖煌，謝謝您逝淹！所以說(shuō)去除雙細(xì)胞時(shí)進(jìn)行的歸一化＋降維啥的不會(huì)影響后續(xù)質(zhì)控指標(biāo)ncount耕姊、nfeature、mtpercent哈栅葡？
結(jié)合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18使用背景 我們一般拿到單細(xì)胞矩陣需要做的一個(gè)預(yù)處理步驟是去雙胞，而常用的一個(gè)R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
您好欣簇，請(qǐng)問(wèn)可以把去除雙細(xì)胞放在質(zhì)控第一步（也就是ncount规脸、nfeature、mtpercent調(diào)整之前）嗎熊咽？這樣去除雙細(xì)胞前直接進(jìn)行的歸一化＋降維會(huì)影響后續(xù)質(zhì)控其他指標(biāo)如ncount莫鸭、nfeature横殴、mtpercent嗎
結(jié)合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18使用背景 我們一般拿到單細(xì)胞矩陣需要做的一個(gè)預(yù)處理步驟是去雙胞被因，而常用的一個(gè)R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
請(qǐng)問(wèn)對(duì)gene作pca,如果樣本很多，標(biāo)簽重疊了怎么調(diào)呢
主成分分析-PCA圖的優(yōu)化（R語(yǔ)言）R語(yǔ)言的主成分分析（PCA）詳解和帶聚類的PCA圖繪制 最近有個(gè)老師在整理文章數(shù)據(jù)瞄崇，由于分組較多呻粹，想展示PCA圖，說(shuō)明不同分組的差異苏研，公司默認(rèn)給出的PCA圖比較樸素等浊，想做的好...
有啥原因會(huì)使得最終亞群個(gè)數(shù)不一樣嗎
scRNA基礎(chǔ)分析-4：細(xì)胞亞類再聚類楣富、注釋scRNA基礎(chǔ)分析-1:安裝包凿掂、導(dǎo)入數(shù)據(jù)、過(guò)濾質(zhì)控 - 簡(jiǎn)書 scRNA基礎(chǔ)分析-2：降維與聚類 - 簡(jiǎn)書 scRNA基礎(chǔ)分析-3：鑒定細(xì)胞類型 - 簡(jiǎn)書 scRNA基...
您好庄萎，我在不同的文獻(xiàn)里看到他們對(duì)同類組織中一種細(xì)胞類型進(jìn)行亞群再聚類后踪少，所得到的亞群個(gè)數(shù)不一樣，這是為啥呢糠涛？
scRNA基礎(chǔ)分析-4：細(xì)胞亞類再聚類、注釋scRNA基礎(chǔ)分析-1:安裝包忍捡、導(dǎo)入數(shù)據(jù)集漾、過(guò)濾質(zhì)控 - 簡(jiǎn)書 scRNA基礎(chǔ)分析-2：降維與聚類 - 簡(jiǎn)書 scRNA基礎(chǔ)分析-3：鑒定細(xì)胞類型 - 簡(jiǎn)書 scRNA基...
這是我聽B站鯪魚不會(huì)飛視頻（GO具篇，KEGG，DO富集分析）里的筆記哦~當(dāng)然有的地方加上的是我自己的理解驱显，如果哪里和視頻上講的不一樣那是我自己發(fā)揮的，自行忽略.... 市面上公...
