請問pbmc.markers 是通過findmarkers函數(shù)找的嘛
【R畫圖學(xué)習(xí)13.4】散點圖---單細胞不同亞群火山圖下面這個圖是我在單細胞相關(guān)文章中見過的，也算是火山圖的變種》嗌可以看出X軸是不同的細胞類型椅您，Y軸是marker基因的fold change（log2）,但是不同類別之間他們是不...
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博主，您好栖疑！請問如果針對celltype來畫軌跡分析惭笑，想對每種細胞類型進行顏色指定，那要咋弄呢
【單細胞】ggplot2美化monocle2軌跡展示結(jié)果
前面測試過monocle2/3瞪浸，但是在畫圖的時候儒将，尤其是用默認軟件畫圖的時候總是覺得不夠好看。比如下面這個paper中的數(shù)據(jù)（https://pubmed.ncbi.nlm....
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【單細胞】ggplot2美化monocle2軌跡展示結(jié)果前面測試過monocle2/3默终，但是在畫圖的時候椅棺，尤其是用默認軟件畫圖的時候總是覺得不夠好看。比如下面這個paper中的數(shù)據(jù)（https://pubmed.ncbi.nlm....
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請問怎么做細胞比例的正態(tài)性檢驗?zāi)仄氡危窟x擇t檢驗之前得先滿足正態(tài)吧
跟著Cell學(xué)單細胞轉(zhuǎn)錄組分析(六):細胞比例計算及可視化
今天接著單細胞文章的內(nèi)容： 從Cell學(xué)單細胞轉(zhuǎn)錄組分析(一):開端Ａ骄巍！含滴！[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&...
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您好诱渤，有個問題想請教一下，為什么您kegg輸出的數(shù)據(jù)框里第一簇GeneRatio分母為91谈况，最開始輸入的我看是96來著
scRNA-Seq | 各個cluster top100 marker基因富集分析
據(jù)說勺美，多種R包可以繪制雷達圖，對ggplot系列函數(shù)熟悉的小伙伴可以選擇ggradar和echarts4r碑韵。fmsb和radarchart也同樣能實現(xiàn)你的需求 下面赡茸，從單細胞...
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那富集分析用的差異基因是怎樣得到呢？得選取一個對照細胞簇才能獲得吧祝闻，這個簇選擇的標(biāo)準(zhǔn)是什么呢
單細胞分析實錄(14): 細胞類型注釋的另一種思路 — CellID
之前寫過一篇細胞類型注釋的推文：單細胞分析實錄(7): 差異表達分析/細胞類型注釋[http://www.reibang.com/p/1887dbd8d9e4]占卧，里面介紹了...
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對數(shù)據(jù)進行兩次scaledata，不會有影響嗎联喘？不會進一步縮放了數(shù)據(jù)嗎
?? Seurat | 強烈建議收藏的單細胞分析標(biāo)準(zhǔn)流程（細胞周期的影響去除）（三）
寫在前面 在scRNAseq數(shù)據(jù)中华蜒，不同細胞處在不同細胞周期，如果不進行異質(zhì)性校正的話豁遭，會對結(jié)果有很大的影響叭喜。??常用的方法是根據(jù)經(jīng)典的細胞周期基因進行評分，即cell cyc...
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@黃甫一 大神蓖谢，還有個問題想請教一下可以嗎捂蕴？使用去除雙細胞后的多樣本數(shù)據(jù)harmony后進行聚類分析時，還需要再歸一化蜈抓、標(biāo)準(zhǔn)化那些處理嗎启绰？
結(jié)合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18
使用背景 我們一般拿到單細胞矩陣需要做的一個預(yù)處理步驟是去雙胞，而常用的一個R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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@黃甫一 好的好的沟使，謝謝您委可！所以說去除雙細胞時進行的歸一化＋降維啥的不會影響后續(xù)質(zhì)控指標(biāo)ncount、nfeature、mtpercent哈着倾？
結(jié)合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18
使用背景 我們一般拿到單細胞矩陣需要做的一個預(yù)處理步驟是去雙胞拾酝，而常用的一個R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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您好，請問可以把去除雙細胞放在質(zhì)控第一步（也就是ncount卡者、nfeature蒿囤、mtpercent調(diào)整之前）嗎？這樣去除雙細胞前直接進行的歸一化＋降維會影響后續(xù)質(zhì)控其他指標(biāo)如ncount崇决、nfeature材诽、mtpercent嗎
結(jié)合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18
使用背景 我們一般拿到單細胞矩陣需要做的一個預(yù)處理步驟是去雙胞，而常用的一個R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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請問對gene作pca,如果樣本很多盈厘，標(biāo)簽重疊了怎么調(diào)呢
主成分分析-PCA圖的優(yōu)化（R語言）
R語言的主成分分析（PCA）詳解和帶聚類的PCA圖繪制 最近有個老師在整理文章數(shù)據(jù)睁枕，由于分組較多，想展示PCA圖沸手，說明不同分組的差異外遇，公司默認給出的PCA圖比較樸素，想做的好...
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有啥原因會使得最終亞群個數(shù)不一樣嗎
scRNA基礎(chǔ)分析-4：細胞亞類再聚類契吉、注釋
scRNA基礎(chǔ)分析-1:安裝包跳仿、導(dǎo)入數(shù)據(jù)、過濾質(zhì)控 - 簡書 scRNA基礎(chǔ)分析-2：降維與聚類 - 簡書 scRNA基礎(chǔ)分析-3：鑒定細胞類型 - 簡書 scRNA基...
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您好捐晶，我在不同的文獻里看到他們對同類組織中一種細胞類型進行亞群再聚類后塔嬉，所得到的亞群個數(shù)不一樣，這是為啥呢租悄？
scRNA基礎(chǔ)分析-4：細胞亞類再聚類、注釋
scRNA基礎(chǔ)分析-1:安裝包恩袱、導(dǎo)入數(shù)據(jù)泣棋、過濾質(zhì)控 - 簡書 scRNA基礎(chǔ)分析-2：降維與聚類 - 簡書 scRNA基礎(chǔ)分析-3：鑒定細胞類型 - 簡書 scRNA基...
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GO，KEGG畔塔，DO富集分析這是我聽B站鯪魚不會飛視頻（GO潭辈，KEGG，DO富集分析）里的筆記哦~當(dāng)然有的地方加上的是我自己的理解澈吨，如果哪里和視頻上講的不一樣那是我自己發(fā)揮的把敢，自行忽略.... 市面上公...
