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圖形泛基因組（圖泛）以節(jié)點(diǎn)和路徑的形式存儲(chǔ)和展示物種的變異信息驹愚，關(guān)鍵作用是擴(kuò)展線性參考基因組的坐標(biāo)系統(tǒng)潭兽，以容納更多的遺傳多樣性區(qū)域。本文首先總結(jié)了圖泛構(gòu)建方法，然后討論了圖泛...

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入門必看 | 深度解析長末端重復(fù)反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子（LTR-RTs） 諾禾致源[http://www.reibang.com/u/ee00dc6faab7]已關(guān)注 0.54220...

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1 簡(jiǎn)介 BCFtools 是一款多種實(shí)用工具的集合韭畸，它可以用于處理VCF文件和二進(jìn)制的BCF文件。它可以接受VCF格式蔓搞、壓縮的VCF格式以及BCF格式胰丁，并能自動(dòng)檢測(cè)輸入的格...

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示例數(shù)據(jù)集如下： 導(dǎo)入數(shù)據(jù)作簡(jiǎn)單可視化 正態(tài)性檢驗(yàn) 當(dāng)分析小于50行的小樣本數(shù)據(jù)時(shí)，用Shapiro-Wilk 檢驗(yàn) 當(dāng)分析大于50行的大樣本數(shù)據(jù)時(shí)喂分，用Kolmogorov-...

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HiFi測(cè)序原理 PacBio測(cè)序即單分子實(shí)時(shí)測(cè)序隘马，其原理是：當(dāng)DNA與聚合酶形成的復(fù)合物被ZMW（零模波導(dǎo)孔）捕獲后，4種不同熒光標(biāo)記的dNTP通過布朗運(yùn)動(dòng)隨機(jī)進(jìn)入檢測(cè)區(qū)域...

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本教程根據(jù)PlantTech的WGCNA課程編寫妻顶，課程還是不錯(cuò)的酸员，所以將該課程給大家分享一下。 WGCNA筆記第一彈 WGCNA分析原理 WGCNA應(yīng)用場(chǎng)景 WGCNA分析實(shí)...

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如何使用MUMmer比對(duì)大片段序列 測(cè)序技術(shù)剛開始發(fā)展的時(shí)候，大家得到的序列都是單個(gè)基因的長度沥潭，所以一般都是逐個(gè)基因的比較邀泉，用的都是BLAST或FASTA通過逐個(gè)基因聯(lián)配的方...

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MUMmer出現(xiàn)的歷史背景測(cè)序技術(shù)剛開始發(fā)展的時(shí)候，大家得到的序列都是單個(gè)基因的長度钝鸽，所以一般都是逐個(gè)基因的比較汇恤，用的都是BLAST或FASTA通過逐個(gè)基因聯(lián)配的方式搜索數(shù)據(jù)...

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寫在前面 更好的閱讀體驗(yàn)請(qǐng)移步這里桐款。確定染色體同源片段是基因組學(xué)研究的一個(gè)重要方面，有助于揭示基因組在歷史上發(fā)生的多種多樣的進(jìn)化事件夷恍，如DNA復(fù)制魔眨、染色體重排、基因丟失等酿雪。研...

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視頻鏈接：https://www.youtube.com/watch?v=XmHDexCtjyw&list=PLjiXAZO27elC_xnk7gVNM85I2IQl5BEJ...

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軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...

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Clip 的含義 Clip 作為名詞講，有剪下來的東西的意義袋励，在SAM/BAM 比對(duì)文件里面侥啤，用于描述那些一條序列上，在序列兩端茬故，比對(duì)不上的堿基序列（還是很形象的盖灸，一條上比對(duì)...

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之前有一次，我導(dǎo)說“能不能把這些基因按順序畫在果蠅的染色體上”磺芭，因此赁炎，我尋找了一些實(shí)現(xiàn)這個(gè)需求的方法。經(jīng)過一番奇奇怪怪的操作之后钾腺，最終用ggplot2畫了徙垫。。放棒。其它方法簡(jiǎn)單地...

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感謝CJ大神的反復(fù)修改姻报，這個(gè)功能越變?cè)胶昧耍”疚闹荚趶?fù)現(xiàn)CJ大神推文內(nèi)容间螟，具體請(qǐng)參考“省心炸雞”吴旋，手動(dòng)狗頭（http://www.reibang.com/p/b9034ce...