該工具和使用purge_haplogs處理基因組雜合區(qū)域類似顷帖，但速度更快绊谭。 purge_dups能夠根據read深度分析組裝中haplotigs和overlaps。相對于另一...
IP屬地：天津
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使用Purge_dups去冗余序列
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InterProScan 最強基因功能注釋軟件 - 最簡流程代碼參考官方文檔，目前 Interproscan 本地版幾乎免安裝，自帶數(shù)據庫，使用簡單移斩。 下載與安裝 跳轉到軟件放置目錄 注意到軟件依賴 Java11 或者以上 使用軟件 蛋白...
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Interproscan 安裝教程及運行報錯解決
解決問題：interproscan 軟件 在Linux中配置（個人經驗，僅供參考~） 提示：安裝的版本是interproscan-5.55-88.0-64-bit 一绢馍、參考文...
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interproscan 安裝及運行錯誤調試
interproscan interproscan 是個基因注釋工具向瓷，可以一次運行實現(xiàn)多個數(shù)據庫的注釋。用戶既可以提交蛋白序列也可以提交核酸序列舰涌，還可以對輸出格式進行設置猖任。 ...
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ASE （等位基因特異性表達）—— ASEReadCounter在遺傳時，父本和母本等位基因的調控和表達不均瓷耙，這被稱為等位基因特異性表達（ASE朱躺，allele-specific expression analysis）。表現(xiàn)為基因轉錄出的...
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我也遇到了搁痛，請問最后是怎么解決的
跟著Bioinformatics學數(shù)據分析:StainedGlass可視化展示基因組水平上的tandem repeat
論文 StainedGlass: interactive visualization of massive tandem repeat structures with ide...
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文獻解讀：同源四倍體馬鈴薯單倍型基因組文獻 2022 Molecular Plant Genome architecture and tetrasomic inheritance of autotetraploi...
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生信步驟|kmc+genomescope進行基因組調查在組裝未知基因組時落追，往往需要利用重測序數(shù)據提前進行基因組調查盈滴，以獲取其基因組規(guī)模，雜合率轿钠，重復序列比例，GC含量等信息病苗。從而更好地擬定后繼測序策略疗垛。基因組調查可以采用kmer...
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第十七章 基因組注釋
蛋白編碼基因的注釋 輸入文件的準備 注釋要注意基因組數(shù)據完整性和連續(xù)性硫朦，評估組裝質量贷腕，這決定著注釋結果的質量和準確性 需要以蛋白質序列、表達序列標簽 (EST)、全長轉錄本序...
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基因家族擴張收縮分析- OrthoFinder聚類基因家族1. Summary 基因家族擴張收縮分析可細分為六部分： 獲取每個基因對應的最長編碼區(qū)轉錄本 OrthoFinder聚類基因家族 系統(tǒng)發(fā)育樹推斷 物種分歧時間推斷 基因家族...
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精選推文 | 基于三代轉錄組的基因注釋踩坑經歷以及GSAman使用邀請并收到一位「GSAman」用戶的稿件泽裳，非常詳盡且實在瞒斩。相信這份推文可以為一些做功能基因組方面工作的朋友，提供實用參考涮总。 -- CJ-陳程杰 前言 隨著測序技術的進步和普及...
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EVidenceModeler(EVM)流程做基因組注釋簡單小例子
首先是安裝這個流程胸囱，試了一下可以使用conda進行安裝 安裝好以后很多perl腳本是在 anaconda3/envs/EVM/opt/evidencemodeler-2.1....
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基因組注釋學習(一)----重復序列屏蔽
基因組組裝完成后，需要對基因組進行注釋抛丽。對于高等真核生物谤职，由于重復序列占了相當大的比例，會影響基因預測的質量亿鲜，也會帶來不必要的資源消耗允蜈。因此在基因預測前，首先要檢測并屏蔽基因...
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利用三代轉錄本升級基因組注釋（gff3）因為課題需要蒿柳，我們在前期組裝了一個基因組并進行了注釋陷寝，但是存在兩個問題，一個是沒有考慮可變剪切其馏，另一個是注釋的基因并不準確凤跑，三代轉錄組的廣泛普及對于基因研究提供了很大的便利，...
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「基因組」著絲粒和端粒鑒定軟件
最近狀態(tài)不佳叛复，連續(xù)兩件事情做的時候只想到了一半仔引，做了又等于沒做，都成了自己預想的最差的結果褐奥，要想做到最佳咖耘，只有重做，現(xiàn)在浪費時間結果不合適等于白做撬码。一心多用儿倒，今天白搞一下午，...
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Repeatmodeler+EDTA+homology-based庫屏蔽重復序列
1. repeatmodeler 2. EDTA 3. 下載homology-based庫 4. repeatmasker
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用k-mer分析進行基因組調查：（四）用GenomeScope評估基因組特征+用Smudgeplot估計倍性（全文約3500字） 【推薦】用Smudgeplot評估物種倍性后呜笑，用組合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍體物種的基因組調查夫否，用組合KMC+Genome...
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jellyfish:快速計算kmer分布
歡迎關注"生信修煉手冊"！ jellyfish可以統(tǒng)計DNA序列中Kmer的分布叫胁，它運行速度快凰慈，內存消耗低，支持并行驼鹅，是最常用的kmer統(tǒng)計軟件之一微谓。 官網如下： http:...
