如果樣本有幾百個弊决，怎么批量輸入鞍萦ⅰ垢油？
snakemake 轉(zhuǎn)錄組上游pipelinetrim-galore + hisat2 + featureCounts
發(fā)簡信
IP屬地：浙江
-
-
SAMPLES如果有很多樣本盆驹，怎么批量輸入呀？
snakemake -- 學習
snakemake document[https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/basics.html#step...
-
如果id 有很多文件滩愁，怎么批量輸入呀躯喇？
RNA-Seq raw2fpkm pipeline (snakemake)
前幾天，幫師妹分析轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)硝枉，由于她只需要FPKM廉丽，并且我剛好在學snakemake，就試著用 snakemake 寫了一個簡單的從 raw data 到 FPKM 的流程妻味。...
-
Install metawrap-envmetawrap更新使用menba安裝速度更快正压！ Github: https://github.com/bxlab/metaWRAP[https://github.com/b...
-
樓主，請教一下怎么批量下載呀责球？
【SV分析】01怎么下載物種的contig數(shù)據(jù)
因為小編之前做過一段時間的SV分析焦履，所以想在此分享一下做SV分析的過程。 今天先介紹如何下載物種的contig數(shù)據(jù)雏逾？這是SV分析的第一步嘉裤。 這里我用Chimpanzee作為例...
-
linux shell中for循環(huán)，如何讀取整一行
在處理一個多行數(shù)據(jù)的過程中栖博，使用for循環(huán)去讀取每行數(shù)據(jù)屑宠，結(jié)果發(fā)現(xiàn)輸出是 shell中for循環(huán)的默認分隔符是：空格、tab仇让、\n 一典奉、若shell for 循環(huán)以\n作為分...
-
本科畢業(yè)于浙江大學秋柄，碩士畢業(yè)于復(fù)旦大學，浙大讀博ing蠢正。<br>如果沒有及時回復(fù)可以發(fā)送郵件：jlyq617@gmail.com
-
Linux三劍客（awk-4）-awk的模式（pattern）
朱雙印——awk從放棄到入門（6）：awk模式 我們之前一直在提骇笔，awk的使用語法如下： 對于options（選項）而言，我們使用過-F選項，也使用過-v選項笨触； 對于Acti...
-
生于憂患芦劣，死于安樂粗俱。
-
-
【RNA-seq自學08】數(shù)據(jù)分析之表達定量 featureCount 寸认、表達矩陣featuresCounts 軟件用于定量，不僅可以支持gene的定量串慰，也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal loca...
-
宏基因組研究工具 | 小鼠腸道宏基因組目錄(iMGMC)
近日偏塞，來自德國的研究人員在《Cell Reports》雜志發(fā)布了一個宏基因組研究的綜合資源：小鼠腸道宏基因組目錄(iMGMC)，為宏基因組研究提供高度集成的數(shù)據(jù)資源邦鲫，并促進分...
-
【宏基因組入門教程】（一）
最近接手了宏基因項目灸叼，會在之后接著發(fā)一系列的宏基因組入門教程，學習資料大概來自國外的教程庆捺。感謝Harriet Alexander, Phil Brooks, C. Titus...
-
基因集富集分析(GSEA)及其可視化1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一種計算方法古今，用于確定事先定義的一組基因是否在不同的樣品中差異表...
-
2022-05-24如何快速從基因組中提取基因、轉(zhuǎn)錄本滔以、蛋白捉腥、啟動子、非編碼序列你画？
NGS基礎(chǔ) - GTF/GFF文件格式解讀和轉(zhuǎn)換這篇文章有讀者留言想要提取外顯子但狭，內(nèi)含子，啟動子撬即，基因體立磁，非編碼區(qū)，編碼區(qū)剥槐，TSS上游1500,TSS下游500的序列唱歧。下面我...
-
根據(jù)GTF畫基因的多個轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)
外顯子和內(nèi)含子是轉(zhuǎn)錄本上面的概念，是基于轉(zhuǎn)錄這個行為的定義粒竖。 而5端UTR區(qū)域和CDS區(qū)域颅崩，還有3端UTR區(qū)域,是基于翻譯這種行為的定義！ UTR（Untranslated ...
-
RNA-seq：STAR 軟件比對（SLURM遞交系統(tǒng)）
索引構(gòu)建 構(gòu)建好索引后蕊苗，第一次比對 構(gòu)建二次比對的新索引： PSSTAR緩存文件太大沿后，7TB空間run 190個RNA-seq都吃不消，還是用For循環(huán)來做朽砰。
-
SLURM 資源管理系統(tǒng)
在上一篇中我們簡要介紹了 LSF 作業(yè)管理系統(tǒng)尖滚，下面將介紹 SLURM 資源管理系統(tǒng)喉刘。 簡介 SLURM （Simple Linux Utility for Resource...
-
day8 linux基本操作：登錄、查看漆弄、目錄操作
一睦裳、學習VPN鏈接服務(wù)器的方法 這樣就可以在家鏈接學校的服務(wù)器，進行數(shù)據(jù)分析啥的啦試著從“終端”通過ssh ID@IP地址 命令登錄了一下撼唾，過一會兒沒有使用就被host踢出來...
-
不做無條件咨詢倒谷，見諒
