如果樣本有幾百個，怎么批量輸入澳泄存淫？
snakemake 轉(zhuǎn)錄組上游pipelinetrim-galore + hisat2 + featureCounts
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SAMPLES如果有很多樣本耘斩，怎么批量輸入呀沼填？
snakemake -- 學(xué)習(xí)
snakemake document[https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/basics.html#step...
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如果id 有很多文件桅咆，怎么批量輸入呀？
RNA-Seq raw2fpkm pipeline (snakemake)
前幾天坞笙，幫師妹分析轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)岩饼，由于她只需要FPKM荚虚，并且我剛好在學(xué)snakemake，就試著用 snakemake 寫了一個簡單的從 raw data 到 FPKM 的流程籍茧。...
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Install metawrap-envmetawrap更新使用menba安裝速度更快版述！ Github: https://github.com/bxlab/metaWRAP[https://github.com/b...
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樓主，請教一下怎么批量下載呀寞冯？
【SV分析】01怎么下載物種的contig數(shù)據(jù)
因為小編之前做過一段時間的SV分析渴析，所以想在此分享一下做SV分析的過程。 今天先介紹如何下載物種的contig數(shù)據(jù)吮龄？這是SV分析的第一步俭茧。 這里我用Chimpanzee作為例...
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linux shell中for循環(huán)，如何讀取整一行
在處理一個多行數(shù)據(jù)的過程中漓帚，使用for循環(huán)去讀取每行數(shù)據(jù)母债，結(jié)果發(fā)現(xiàn)輸出是 shell中for循環(huán)的默認(rèn)分隔符是：空格、tab尝抖、\n 一毡们、若shell for 循環(huán)以\n作為分...
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本科畢業(yè)于浙江大學(xué)衙熔，碩士畢業(yè)于復(fù)旦大學(xué)，浙大讀博ing搅荞。<br>如果沒有及時回復(fù)可以發(fā)送郵件：jlyq617@gmail.com
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Linux三劍客（awk-4）-awk的模式（pattern）
朱雙印——awk從放棄到入門（6）：awk模式 我們之前一直在提青责，awk的使用語法如下： 對于options（選項）而言，我們使用過-F選項取具，也使用過-v選項脖隶； 對于Acti...
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生于憂患产阱，死于安樂。
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【RNA-seq自學(xué)08】數(shù)據(jù)分析之表達(dá)定量 featureCount 、表達(dá)矩陣featuresCounts 軟件用于定量悔据，不僅可以支持gene的定量庄敛，也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal loca...
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宏基因組研究工具 | 小鼠腸道宏基因組目錄(iMGMC)
近日，來自德國的研究人員在《Cell Reports》雜志發(fā)布了一個宏基因組研究的綜合資源：小鼠腸道宏基因組目錄(iMGMC)科汗，為宏基因組研究提供高度集成的數(shù)據(jù)資源藻烤，并促進(jìn)分...
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【宏基因組入門教程】（一）
最近接手了宏基因項目，會在之后接著發(fā)一系列的宏基因組入門教程，學(xué)習(xí)資料大概來自國外的教程怖亭。感謝Harriet Alexander, Phil Brooks, C. Titus...
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基因集富集分析(GSEA)及其可視化1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一種計算方法涎显，用于確定事先定義的一組基因是否在不同的樣品中差異表...
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2022-05-24如何快速從基因組中提取基因、轉(zhuǎn)錄本兴猩、蛋白期吓、啟動子、非編碼序列倾芝？
NGS基礎(chǔ) - GTF/GFF文件格式解讀和轉(zhuǎn)換這篇文章有讀者留言想要提取外顯子讨勤，內(nèi)含子，啟動子晨另，基因體悬襟，非編碼區(qū)，編碼區(qū)拯刁，TSS上游1500,TSS下游500的序列脊岳。下面我...
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根據(jù)GTF畫基因的多個轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)
外顯子和內(nèi)含子是轉(zhuǎn)錄本上面的概念，是基于轉(zhuǎn)錄這個行為的定義垛玻。 而5端UTR區(qū)域和CDS區(qū)域割捅，還有3端UTR區(qū)域,是基于翻譯這種行為的定義！ UTR（Untranslated ...
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RNA-seq：STAR 軟件比對（SLURM遞交系統(tǒng)）
索引構(gòu)建 構(gòu)建好索引后帚桩，第一次比對 構(gòu)建二次比對的新索引： PSSTAR緩存文件太大亿驾，7TB空間run 190個RNA-seq都吃不消，還是用For循環(huán)來做账嚎。
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SLURM 資源管理系統(tǒng)
在上一篇中我們簡要介紹了 LSF 作業(yè)管理系統(tǒng)莫瞬，下面將介紹 SLURM 資源管理系統(tǒng)。 簡介 SLURM （Simple Linux Utility for Resource...
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day8 linux基本操作：登錄、查看、目錄操作
一稚机、學(xué)習(xí)VPN鏈接服務(wù)器的方法 這樣就可以在家鏈接學(xué)校的服務(wù)器民宿，進(jìn)行數(shù)據(jù)分析啥的啦試著從“終端”通過ssh ID@IP地址 命令登錄了一下何荚，過一會兒沒有使用就被host踢出來...
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不做無條件咨詢，見諒
