如果樣本有幾百個(gè)，怎么批量輸入爸桓椤音比？
snakemake 轉(zhuǎn)錄組上游pipelinetrim-galore + hisat2 + featureCounts
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：浙江
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SAMPLES如果有很多樣本，怎么批量輸入呀氢惋？
snakemake -- 學(xué)習(xí)
snakemake document[https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/basics.html#step...
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如果id 有很多文件洞翩，怎么批量輸入呀？
RNA-Seq raw2fpkm pipeline (snakemake)
前幾天焰望，幫師妹分析轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)骚亿，由于她只需要FPKM，并且我剛好在學(xué)snakemake熊赖，就試著用 snakemake 寫了一個(gè)簡(jiǎn)單的從 raw data 到 FPKM 的流程循未。...
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Install metawrap-envmetawrap更新使用menba安裝速度更快！ Github: https://github.com/bxlab/metaWRAP[https://github.com/b...
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樓主秫舌，請(qǐng)教一下怎么批量下載呀？
【SV分析】01怎么下載物種的contig數(shù)據(jù)
因?yàn)樾【幹白鲞^(guò)一段時(shí)間的SV分析绣檬，所以想在此分享一下做SV分析的過(guò)程足陨。 今天先介紹如何下載物種的contig數(shù)據(jù)？這是SV分析的第一步娇未。 這里我用Chimpanzee作為例...
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linux shell中for循環(huán)墨缘，如何讀取整一行
在處理一個(gè)多行數(shù)據(jù)的過(guò)程中，使用for循環(huán)去讀取每行數(shù)據(jù)零抬，結(jié)果發(fā)現(xiàn)輸出是 shell中for循環(huán)的默認(rèn)分隔符是：空格镊讼、tab、\n 一平夜、若shell for 循環(huán)以\n作為分...
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本科畢業(yè)于浙江大學(xué)忽妒，碩士畢業(yè)于復(fù)旦大學(xué)玩裙，浙大讀博ing。<br>如果沒有及時(shí)回復(fù)可以發(fā)送郵件：jlyq617@gmail.com
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Linux三劍客（awk-4）-awk的模式（pattern）
朱雙印——awk從放棄到入門（6）：awk模式 我們之前一直在提段直，awk的使用語(yǔ)法如下： 對(duì)于options（選項(xiàng)）而言吃溅，我們使用過(guò)-F選項(xiàng)，也使用過(guò)-v選項(xiàng)鸯檬； 對(duì)于Acti...
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生于憂患喧务，死于安樂赖歌。
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【RNA-seq自學(xué)08】數(shù)據(jù)分析之表達(dá)定量 featureCount 俏站、表達(dá)矩陣featuresCounts 軟件用于定量讯蒲，不僅可以支持gene的定量，也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal loca...
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宏基因組研究工具 | 小鼠腸道宏基因組目錄(iMGMC)
近日肄扎，來(lái)自德國(guó)的研究人員在《Cell Reports》雜志發(fā)布了一個(gè)宏基因組研究的綜合資源：小鼠腸道宏基因組目錄(iMGMC)墨林，為宏基因組研究提供高度集成的數(shù)據(jù)資源，并促進(jìn)分...
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【宏基因組入門教程】（一）
最近接手了宏基因項(xiàng)目犯祠，會(huì)在之后接著發(fā)一系列的宏基因組入門教程旭等，學(xué)習(xí)資料大概來(lái)自國(guó)外的教程。感謝Harriet Alexander, Phil Brooks, C. Titus...
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基因集富集分析(GSEA)及其可視化1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一種計(jì)算方法衡载，用于確定事先定義的一組基因是否在不同的樣品中差異表...
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2022-05-24如何快速?gòu)幕蚪M中提取基因搔耕、轉(zhuǎn)錄本、蛋白痰娱、啟動(dòng)子弃榨、非編碼序列？
NGS基礎(chǔ) - GTF/GFF文件格式解讀和轉(zhuǎn)換這篇文章有讀者留言想要提取外顯子梨睁，內(nèi)含子鲸睛，啟動(dòng)子，基因體坡贺，非編碼區(qū)官辈，編碼區(qū)，TSS上游1500,TSS下游500的序列遍坟。下面我...
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根據(jù)GTF畫基因的多個(gè)轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)
外顯子和內(nèi)含子是轉(zhuǎn)錄本上面的概念拳亿，是基于轉(zhuǎn)錄這個(gè)行為的定義。 而5端UTR區(qū)域和CDS區(qū)域愿伴，還有3端UTR區(qū)域,是基于翻譯這種行為的定義肺魁！ UTR（Untranslated ...
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RNA-seq：STAR 軟件比對(duì)（SLURM遞交系統(tǒng)）
索引構(gòu)建 構(gòu)建好索引后，第一次比對(duì) 構(gòu)建二次比對(duì)的新索引： PSSTAR緩存文件太大隔节，7TB空間run 190個(gè)RNA-seq都吃不消万搔，還是用For循環(huán)來(lái)做。
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SLURM 資源管理系統(tǒng)
在上一篇中我們簡(jiǎn)要介紹了 LSF 作業(yè)管理系統(tǒng)官帘，下面將介紹 SLURM 資源管理系統(tǒng)瞬雹。 簡(jiǎn)介 SLURM （Simple Linux Utility for Resource...
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day8 linux基本操作：登錄、查看刽虹、目錄操作
一酗捌、學(xué)習(xí)VPN鏈接服務(wù)器的方法 這樣就可以在家鏈接學(xué)校的服務(wù)器，進(jìn)行數(shù)據(jù)分析啥的啦試著從“終端”通過(guò)ssh ID@IP地址 命令登錄了一下，過(guò)一會(huì)兒沒有使用就被host踢出來(lái)...
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不做無(wú)條件咨詢，見諒
