蕪湖肌括，我又回來了，和坐過山車一樣
IP屬地：四川
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Stairway-plot群體動態(tài)圖
一 首先用BayesScan刪除受選擇的位點1.輸入文件：PGDSpider將VCF 轉為GESTE/BayScan格式钱反，即下面的bates.xml2.運行命令 3.輸出文...
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群體遺傳
一、個體對群體遺傳組成的影響 生物進化是群體遺傳組成隨著時間的變化而變化上荡。我們的群體由不同的雜交個體組成趴樱，其遺傳組成由每個個體攜帶的基因組組成。由于個體死亡或個體進出人口的遷...
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冗余分析（RDA）——R包vegan從概念上講酪捡，冗余分析（redundancy analysis, RDA）是響應變量矩陣與解釋變量矩陣之間多元多重線性回歸的擬合值矩陣的PCA分析叁征，也是多響應變量（multi-...
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潛在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群體（區(qū)別于強人工選擇）中，如果我們感興趣的數(shù)量性狀表現(xiàn)出與特定的地理環(huán)境變量有高度的關聯(lián)性逛薇，隨著環(huán)境變量的改變而變化捺疼，則這些環(huán)境變量往往反映了環(huán)境作用于個體表型的選擇...
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基于單體型haplotypes的群體選擇信號的檢測——EHH & iHS
基于單體型haplotype的選擇信號的檢測啤呼。在selective sweeps選擇過程中，有些強烈受到選擇的位點variants由于LD的因素會連帶著其附近的位點varia...
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GATK4.0-vqsr
轉載GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實踐（下） 原創(chuàng)：礦工堿基礦工2018-03-23 前言 在上一篇文章中我已經(jīng)用例子仔細跟大家分享了WGS從原始數(shù)據(jù)到變異數(shù)據(jù)（Fastq...
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群體適應性分析——選擇信號●選擇信號：生物在自然選擇或人工選擇過程中呢袱，由于選擇作用在基因組上留下的遺傳多態(tài)性降低官扣、連鎖不平衡等選擇印記⌒吒＃●選擇性清除（selective sweep）：受選擇基因座位的...
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生信技能樹恋昼，生信菜鳥團看靠，jimmy
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公眾號：TOP生物信息<br>B站：TOP菌<br>WeChat：TOPJUN996<br><br>top2讀研挟炬，學習方向：癌癥基因組、腫瘤免疫嗦哆、單細胞組學
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R工具經(jīng)緯度提取海拔 rgbif
一 前期準備 1 參考網(wǎng)址 https://rdrr.io/cran/rgbif/man/elevation.html[https://options(geonamesUse...
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plink計算近交系數(shù)
1.提取個體list bcftools query -l SNP.filtered.vcf > ind.txt 2.計算近交系數(shù) # 不能有multiallel bcftoo...
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周運來，男橘券，長大了才會遇到的帥哥额湘，穩(wěn)健卿吐，瀟灑，大方锋华，靠譜嗡官。一段生信緣，一棵技能樹毯焕。生信技能樹核心成員衍腥，單細胞天地供稿人，簡書創(chuàng)作者纳猫，單細胞數(shù)據(jù)科學家婆咸。
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終身學習者擅耽、大學教師。稍微懂一點兒寫作物遇、演講乖仇、Python和機器學習。歡迎微信關注并置頂我的公眾號“玉樹芝蘭”(nkwangshuyi)询兴。我已委托“維權騎士”（rightknights.com）為我的文章進行維權行動乃沙。
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