重頭跟這里,沒(méi)有看見(jiàn)你什么建立group分組灵奖?怎么樣建立group分組党晋,謝謝
跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(八):單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組差異基因分析及多組結(jié)果可視化接著單細(xì)胞下游分析: 從Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(一):開(kāi)端N醪巍3⊙ァ队丝![http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&mid...
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@Danny_1f84 優(yōu)秀
TCGA學(xué)習(xí)03:生存分析TCGA學(xué)習(xí)01:數(shù)據(jù)下載與整理 - 簡(jiǎn)書(shū) [http://www.reibang.com/p/79816a20cbb1]TCGA學(xué)習(xí)02:差異分析 - 簡(jiǎn)書(shū) [htt...
解決了嗎?
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這代碼運(yùn)行報(bào)錯(cuò)。
dataNorm <- TCGAanalyze_Normalization(tabDF = puried_data,
geneInfo = geneInfo,
method = "gcContent")
Step 1 of 4: newSeqExpressionSet ...
Step 2 of 4: withinLaneNormalization ...
Error in names(y) <- 1:length(y) :
'names'屬性的長(zhǎng)度[2]必需和矢量的長(zhǎng)度[0]一樣
如何解決庆聘?求教胜臊,謝謝。
TCGA 01 TCGAbiolinks下載轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)差異分析1. 準(zhǔn)備 安裝和導(dǎo)入TCGAbiolinks包 查看各個(gè)癌種的項(xiàng)目id伙判,總共有65個(gè)ID值 查看project中有哪些數(shù)據(jù)類(lèi)型象对,如查詢(xún)"TCGA-LUAD",有7種數(shù)據(jù)類(lèi)型...
第九步:
dataNorm <- TCGAanalyze_Normalization(tabDF = puried_data,
geneInfo = geneInfo,
method = "gcContent")
I Need about 0 seconds for this Complete Normalization Upper Quantile [Processing 80k elements /s]
Step 1 of 4: newSeqExpressionSet ...
Step 2 of 4: withinLaneNormalization ...
Error in names(y) <- 1:length(y) :
'names'屬性的長(zhǎng)度[2]必需和矢量的長(zhǎng)度[0]一樣
如何解決宴抚?求教勒魔,謝謝
TCGAbiolinks全解析部分一 第一步、數(shù)據(jù)下載階段 第二步:GDCdownload()下載GDCquery()得到的結(jié)果 第三步菇曲、數(shù)據(jù)處理 第四步:TCGAanalyze_Preprocessin...
GSEA分析fgsea包中喊式,運(yùn)行cluster.genes<- markers %>% arrange(desc(avg_logFC)) %>% dplyr::select(genes,avg_logFC) #基因按logFC排序孵户,這個(gè)代碼 報(bào)錯(cuò)
Error in `arrange()`:
! Problem with the implicit `transmute()` step.
x Problem while computing `..1 = avg_logFC`.
Caused by error:
! object 'avg_logFC' not found
Run `rlang::last_error()` to see where the error occurred.
是原因,怎么樣可以解決岔留。謝謝
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組功能分析(超詳細(xì)clusterProfiler,GSEA,GSVA分析)單細(xì)胞分析不可避免的會(huì)涉及到鑒定不同細(xì)胞類(lèi)型的功能或比較相同類(lèi)型在不同狀態(tài)下的功能差異夏哭,因此,功能分析在單細(xì)胞分析中相當(dāng)重要. 功能分析的方法很多献联,這兒我們主要講述3種功能分...
單細(xì)胞富集分析系列: 單細(xì)胞之富集分析-1:?jiǎn)渭?xì)胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2:批量...