寫在前面憋他，對于生信新手來說逗余，不熟悉代碼的基礎纹因，總是空中樓閣一般陨簇，想搜一條代碼外邓、做一些適合自己數據的運算更是難上加難袋马，踩過的坑總要填戳护，為了新手們不要像我一樣浪費時間在這苦惱的代...
IP屬地：上海
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基因型數據與1000G merge后做PCA看人群分布
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SNP過濾時常用參數的解析（群體遺傳）關于為何要進行SNP的過濾： 第一非凌，低質量和無信息的SNP會影響后續(xù)群體結構或GWAS的分析結果举农，甚至影響后續(xù)對生物學問題的解釋；第二敞嗡，群體研究時颁糟，由于測序的個體較多檢測出來...
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GWAS：表型的標準化（the normalization of phenotype）
GWAS表型的標準化方法一般有Quantile normalization、Inverse rank normalization喉悴、Z-score normalization等...
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3.1 GWAS：表型鑒定與記錄的基本原則和原始數據處理精確的表型檢測是關聯分析的關鍵棱貌，GWAS對數量性狀和質量性狀都適用。 1.各類性狀的特點及鑒定與考察建議 2.表型的基本處理 2.1 正態(tài)性檢驗 關聯分析屬于線性模型箕肃，要求...
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ggplot2之文本換行在做基因富集時婚脱，有些通路特別長，以至于使圖片的大小不好控制勺像，這種情況可以用stringr包的str_wrap來完成文本自動換行障贸。如使用clusterProfiler的barp...
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GWAS全基因組關聯分析全流程
拖拖拉拉用了一年時間才把GWAS整個流程捋完，從背景到code吟宦、還有過程中遇到的一些bug以及解決辦法惹想，加起來也有二十余篇，按分析的流程整理出一份清單督函，也許以后有新的方法或者...
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GWAS分析-P值和beta值的愛恨相殺 (六)前面已經簡單介紹過GWAS的概念嘀粱，GWAS分析中所用到的文件以及分析流程，我們在GWAS分析結果文件中經常會看到beta值和P值辰狡，他們分別代表什么意思锋叨？這兩個值又有什么關系呢...
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多種方法實現基因ID SYMBOL 與 ENTREZID轉換方法一 ID轉換，ENTREZID是進行GO分析最好的ID類型（針對clusterProfiler）ID轉換用到的是bitr()函數宛篇，但我的SYMBOL 轉 ENTREZID...
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分享進化生物學叫倍，群體遺傳學偷卧，基因組學豺瘤，生物信息學分析技巧~請關注微信公眾號--EvoPopGenQ進化群體遺傳學(EvoPopGenQ)獲得更多原創(chuàng)內容！
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【plink系列】第2篇-如何修改plink里的樣本信息
接著上次寫了plink的第1篇基本格式后听诸，小Q今天開始寫第2篇-如何修改plink里的樣本信息啦坐求！ 第1篇-數據格式：http://www.reibang.com/p/eb...
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基因型填充(Genotype-Imputation)：從原理到操作移步 github 實現目錄跳轉，獲得更好的閱讀體驗 目錄 基因型填充1.1. 問題描述1.2. 技術來源的基因型缺失1.3. 缺失的判斷：缺失率1.4. 基因型缺失的影響1...
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利用EIGENSOFT中的smartpca模塊進行PCA分析這個工具是很經典老牌的工具晌梨，是非城培停可靠也得到了學術界認可的一款軟件。工具官網：https://www.hsph.harvard.edu/alkes-price/softwar...
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ROH仔蝌、近交系數泛领、親緣系數、IBD敛惊、IBS連續(xù)純合片段（runs of homozygosity, ROH）是親代將同源相同的單倍型傳遞給子代而形成的渊鞋，基于ROH計算的基因組近交系數是個體真實的近交系數，它比傳統(tǒng)系譜...
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2-群體遺傳的基礎介紹1 易混淆的概念 等位基因（alleles）基因型（genotypes）單倍型（Haplotype）二倍型（Diplotype） 基因座位 VS. 等位基因 兩者的區(qū)別關鍵：...
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2018-10-31 GWAS實戰(zhàn)（三）plink 進階之認識常用文件格式學會了基本的plink之后瞧挤，就要開始學習了解輸入文件的格式了锡宋。詳細的格式建議看官網因為之前以及接觸過幾次，這里來個詳細的歸總主要認識 ped map bed fam bim ...
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初入職場的生信猿，喜歡折騰代碼整點有意思的東西
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全轉錄組關聯分析TWAS的原理與方法
作者：Resther審稿：童蒙編輯：angelica 什么是TWAS 對GWAS（genome-wide association study, 全基因組關聯分析）大家應該比較...
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生信阿拉丁，為實用而生
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才寫完的文別看??好多蟲子沒抓??
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