寫在前面，對于生信新手來說泊碑，不熟悉代碼的基礎(chǔ)，總是空中樓閣一般，想搜一條代碼畏纲、做一些適合自己數(shù)據(jù)的運(yùn)算更是難上加難镜沽，踩過的坑總要填茵乱，為了新手們不要像我一樣浪費(fèi)時(shí)間在這苦惱的代...
IP屬地：上海
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基因型數(shù)據(jù)與1000G merge后做PCA看人群分布
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SNP過濾時(shí)常用參數(shù)的解析（群體遺傳）關(guān)于為何要進(jìn)行SNP的過濾： 第一芒篷，低質(zhì)量和無信息的SNP會影響后續(xù)群體結(jié)構(gòu)或GWAS的分析結(jié)果癞己，甚至影響后續(xù)對生物學(xué)問題的解釋；第二梭伐，群體研究時(shí)，由于測序的個(gè)體較多檢測出來...
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GWAS：表型的標(biāo)準(zhǔn)化（the normalization of phenotype）
GWAS表型的標(biāo)準(zhǔn)化方法一般有Quantile normalization仰担、Inverse rank normalization糊识、Z-score normalization等...
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3.1 GWAS：表型鑒定與記錄的基本原則和原始數(shù)據(jù)處理精確的表型檢測是關(guān)聯(lián)分析的關(guān)鍵，GWAS對數(shù)量性狀和質(zhì)量性狀都適用摔蓝。 1.各類性狀的特點(diǎn)及鑒定與考察建議 2.表型的基本處理 2.1 正態(tài)性檢驗(yàn) 關(guān)聯(lián)分析屬于線性模型赂苗，要求...
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ggplot2之文本換行在做基因富集時(shí)，有些通路特別長贮尉，以至于使圖片的大小不好控制拌滋，這種情況可以用stringr包的str_wrap來完成文本自動換行。如使用clusterProfiler的barp...
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GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析全流程
拖拖拉拉用了一年時(shí)間才把GWAS整個(gè)流程捋完猜谚，從背景到code败砂、還有過程中遇到的一些bug以及解決辦法赌渣，加起來也有二十余篇，按分析的流程整理出一份清單昌犹，也許以后有新的方法或者...
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GWAS分析-P值和beta值的愛恨相殺 (六)前面已經(jīng)簡單介紹過GWAS的概念坚芜，GWAS分析中所用到的文件以及分析流程，我們在GWAS分析結(jié)果文件中經(jīng)常會看到beta值和P值斜姥，他們分別代表什么意思鸿竖？這兩個(gè)值又有什么關(guān)系呢...
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多種方法實(shí)現(xiàn)基因ID SYMBOL 與 ENTREZID轉(zhuǎn)換方法一 ID轉(zhuǎn)換，ENTREZID是進(jìn)行GO分析最好的ID類型（針對clusterProfiler）ID轉(zhuǎn)換用到的是bitr()函數(shù)铸敏，但我的SYMBOL 轉(zhuǎn) ENTREZID...
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分享進(jìn)化生物學(xué)杈笔，群體遺傳學(xué)闪水，基因組學(xué)，生物信息學(xué)分析技巧~請關(guān)注微信公眾號--EvoPopGenQ進(jìn)化群體遺傳學(xué)(EvoPopGenQ)獲得更多原創(chuàng)內(nèi)容桩撮！
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【plink系列】第2篇-如何修改plink里的樣本信息
接著上次寫了plink的第1篇基本格式后敦第，小Q今天開始寫第2篇-如何修改plink里的樣本信息啦！ 第1篇-數(shù)據(jù)格式：http://www.reibang.com/p/eb...
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基因型填充(Genotype-Imputation)：從原理到操作移步 github 實(shí)現(xiàn)目錄跳轉(zhuǎn)店量，獲得更好的閱讀體驗(yàn) 目錄 基因型填充1.1. 問題描述1.2. 技術(shù)來源的基因型缺失1.3. 缺失的判斷：缺失率1.4. 基因型缺失的影響1...
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利用EIGENSOFT中的smartpca模塊進(jìn)行PCA分析這個(gè)工具是很經(jīng)典老牌的工具芜果，是非常可靠也得到了學(xué)術(shù)界認(rèn)可的一款軟件融师。工具官網(wǎng)：https://www.hsph.harvard.edu/alkes-price/softwar...
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ROH右钾、近交系數(shù)、親緣系數(shù)旱爆、IBD舀射、IBS連續(xù)純合片段（runs of homozygosity, ROH）是親代將同源相同的單倍型傳遞給子代而形成的，基于ROH計(jì)算的基因組近交系數(shù)是個(gè)體真實(shí)的近交系數(shù)怀伦，它比傳統(tǒng)系譜...
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2-群體遺傳的基礎(chǔ)介紹1 易混淆的概念 等位基因（alleles）基因型（genotypes）單倍型（Haplotype）二倍型（Diplotype） 基因座位 VS. 等位基因 兩者的區(qū)別關(guān)鍵：...
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2018-10-31 GWAS實(shí)戰(zhàn)（三）plink 進(jìn)階之認(rèn)識常用文件格式學(xué)會了基本的plink之后脆烟，就要開始學(xué)習(xí)了解輸入文件的格式了。詳細(xì)的格式建議看官網(wǎng)因?yàn)橹耙约敖佑|過幾次房待，這里來個(gè)詳細(xì)的歸總主要認(rèn)識 ped map bed fam bim ...
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初入職場的生信猿桑孩，喜歡折騰代碼整點(diǎn)有意思的東西
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全轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析TWAS的原理與方法
作者：Resther審稿：童蒙編輯：angelica 什么是TWAS 對GWAS（genome-wide association study, 全基因組關(guān)聯(lián)分析）大家應(yīng)該比較...
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生信阿拉丁流椒，為實(shí)用而生
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才寫完的文別看??好多蟲子沒抓??
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