文章標(biāo)題：MMseqs2 enables sensitive protein sequence searching for the analysis of massive d...
IP屬地：河南
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mmseq2序列聚類
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上游分析學(xué)習(xí)筆記
RNA-seq數(shù)據(jù)分析 我們對工具和技術(shù)的評估落腳點(diǎn)在它們鑒定出的差異基因的準(zhǔn)確性扯饶。為了完成這個(gè)評估橱脸，至少需要四個(gè)不同的分析階段（圖2;表2）绿语。第一階段把測序平臺(tái)生成的原始測...
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Orthofinder 2.3Homolog是同源基因。 Orthologs,Orthologues 直系同源隆豹，是指不同物種之間的基因诈胜，起源于共同的祖先，基因功能可能一樣奔滑，但又因?yàn)檫M(jìn)化的關(guān)系，使得功能有...
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宏基因組分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持續(xù)更新Logs 增加R包pctax內(nèi)的一些幫助上游分析的小腳本（2024.03.03） 增加Mmseqs2用于去冗余顺少，基因聚類的速度非撑笃洌快，且隨序列量線性增長（2024.03.12...
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Metagenomic workflow 宏基因組分析流程更新 查看新版：宏基因組分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持續(xù)更新 - 簡書 (jianshu.com)[https://www.jiansh...
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瑞源生物是一家專注于生物技術(shù)研發(fā)、技術(shù)咨詢秒裕、技術(shù)服務(wù)的高新技術(shù)企業(yè)袱蚓，擁有專業(yè)的科研團(tuán)隊(duì)和先進(jìn)的實(shí)驗(yàn)室。<br><br> 核心業(yè)務(wù)包括蛋白與蛋白互作几蜻、蛋白與核酸互作喇潘、蛋白與化合物互作体斩、化合物與化合物互作、非生物脅迫颖低、蛋白表達(dá)平臺(tái)絮吵、抗體發(fā)現(xiàn)平臺(tái)、數(shù)字生信分析平臺(tái)忱屑、動(dòng)植物檢測等技術(shù)的開發(fā)與應(yīng)用蹬敲。<br><br> 我們不斷在生物醫(yī)藥、農(nóng)業(yè)生物技術(shù)莺戒、環(huán)保生物技術(shù)等領(lǐng)域進(jìn)行深入研究伴嗡，力求為各個(gè)行業(yè)提供高效、安全的生物科技解決方案从铲。<br><br> 瑞源生物始終秉承以客戶為中心瘪校、以質(zhì)量為保證，以誠信為基礎(chǔ)名段，以創(chuàng)新為動(dòng)力的服務(wù)理念渣淤，致力于為客戶提供高效、安全吉嫩、創(chuàng)新的生物技術(shù)解決方案。
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文獻(xiàn)分享26：優(yōu)質(zhì)牧草羊草的基因組演化與育種文獻(xiàn) 2023 PNAS Genome evolution and initial breeding of the Triticeae grass Leymus chinen...
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基因家族鑒定與分析關(guān)于基因家族鑒定及表達(dá)分析步驟，包括數(shù)據(jù)的獲取渠退，軟件的使用忙迁，步驟流程。需要批量的重復(fù)步驟可使用腳本來完成碎乃。 1.1 此頁面下載 hmm文件 1.2 blastp 比對鑒定...
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TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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Centos安裝Singularity記錄
環(huán)境依賴 golang安裝 Singularity安裝 直接在默認(rèn)路徑上編譯會(huì)報(bào)錯(cuò)姊扔，顯示Go沒有找到，可是明明能運(yùn)行g(shù)o： 刪除整個(gè)singularity目錄梅誓，重新解壓安裝（...
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從“Horticulture Research”中學(xué)基因家族分析
2023.4.14 本文記錄從Genome-wide analysis of cytochrome P450 genes in Citrus clementina and c...
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【生信實(shí)用工具】通過GTF進(jìn)行Ensembl gene ID恰梢、transcript ID和symbol等互換
在生信分析中常常需要對各類ID進(jìn)行轉(zhuǎn)換，常見的比如Ensembl的 gene_id "ENSG00000187634" 梗掰， transcript_id "ENST000003...
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locus_tag 轉(zhuǎn)gene symbol gene id
1. 做植物的組學(xué)數(shù)據(jù)經(jīng)常遇到的情況是不同的基因組嵌言，不同的公司，給到的結(jié)果偶爾會(huì)不太一樣及穗，比如這次我就碰到了老師提供的是locus tag摧茴，但是跟tfplantdb的轉(zhuǎn)錄因子...
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RNA-seq數(shù)據(jù)的上游處理及工具HISAT2; STAR; RSEM; featureCounts; Htseq-count; kallisto; salmon
歡迎批評指正 一苛白、上游處理流程 上游處理步驟包括質(zhì)量檢測娃豹、質(zhì)量控制、比對购裙、定量[2]懂版，每一步處理數(shù)據(jù)的目的都是不同，也有相關(guān)的軟件與之對應(yīng)缓窜。通過質(zhì)量檢測定续，原始數(shù)據(jù)的各種問題將...
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RNA-seq分析（STAR-RSEM-DESeq2）
一、準(zhǔn)備RNA-seq數(shù)據(jù) 需要參考基因組文件禾锤，注釋文件私股，樣本的fastq.gz文件 檢查fastq.gz是否完整 二、fastqc生成質(zhì)量報(bào)告（multiqc 提高查看效率...
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研究方向：基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)黄娘、遺傳學(xué)<br>邊做邊分享峭状，超不定期更新
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生信优床、AI、大數(shù)據(jù)誓焦、育種胆敞。MiyuanBiotech
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Gephi安裝（Java安裝）Gephi是一款常用的網(wǎng)絡(luò)圖可視化軟件，運(yùn)行需要依賴Java環(huán)境杂伟。 Gephi安裝 軟件下載地址：https://gephi.org/users/download/ 下載以后...
