文章標題：MMseqs2 enables sensitive protein sequence searching for the analysis of massive d...
IP屬地：河南
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mmseq2序列聚類
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上游分析學習筆記
RNA-seq數(shù)據(jù)分析 我們對工具和技術(shù)的評估落腳點在它們鑒定出的差異基因的準確性苫亦。為了完成這個評估，至少需要四個不同的分析階段（圖2;表2）。第一階段把測序平臺生成的原始測...
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Orthofinder 2.3Homolog是同源基因。 Orthologs,Orthologues 直系同源乡革，是指不同物種之間的基因垦沉，起源于共同的祖先，基因功能可能一樣命浴，但又因為進化的關系，使得功能有...
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宏基因組分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持續(xù)更新Logs 增加R包pctax內(nèi)的一些幫助上游分析的小腳本（2024.03.03） 增加Mmseqs2用于去冗余贱除，基因聚類的速度非成校快，且隨序列量線性增長（2024.03.12...
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Metagenomic workflow 宏基因組分析流程更新 查看新版：宏基因組分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持續(xù)更新 - 簡書 (jianshu.com)[https://www.jiansh...
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瑞源生物是一家專注于生物技術(shù)研發(fā)、技術(shù)咨詢扯躺、技術(shù)服務的高新技術(shù)企業(yè)捉兴，擁有專業(yè)的科研團隊和先進的實驗室。<br><br> 核心業(yè)務包括蛋白與蛋白互作录语、蛋白與核酸互作倍啥、蛋白與化合物互作、化合物與化合物互作澎埠、非生物脅迫虽缕、蛋白表達平臺、抗體發(fā)現(xiàn)平臺失暂、數(shù)字生信分析平臺彼宠、動植物檢測等技術(shù)的開發(fā)與應用鳄虱。<br><br> 我們不斷在生物醫(yī)藥、農(nóng)業(yè)生物技術(shù)凭峡、環(huán)保生物技術(shù)等領域進行深入研究拙已，力求為各個行業(yè)提供高效、安全的生物科技解決方案摧冀。<br><br> 瑞源生物始終秉承以客戶為中心倍踪、以質(zhì)量為保證，以誠信為基礎索昂，以創(chuàng)新為動力的服務理念建车，致力于為客戶提供高效、安全椒惨、創(chuàng)新的生物技術(shù)解決方案缤至。
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文獻分享26：優(yōu)質(zhì)牧草羊草的基因組演化與育種文獻 2023 PNAS Genome evolution and initial breeding of the Triticeae grass Leymus chinen...
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基因家族鑒定與分析關于基因家族鑒定及表達分析步驟领斥，包括數(shù)據(jù)的獲取，軟件的使用沃暗，步驟流程月洛。需要批量的重復步驟可使用腳本來完成。 1.1 此頁面下載 hmm文件 1.2 blastp 比對鑒定...
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TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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Centos安裝Singularity記錄
環(huán)境依賴 golang安裝 Singularity安裝 直接在默認路徑上編譯會報錯孽锥，顯示Go沒有找到嚼黔，可是明明能運行g(shù)o： 刪除整個singularity目錄，重新解壓安裝（...
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從“Horticulture Research”中學基因家族分析
2023.4.14 本文記錄從Genome-wide analysis of cytochrome P450 genes in Citrus clementina and c...
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【生信實用工具】通過GTF進行Ensembl gene ID惜辑、transcript ID和symbol等互換
在生信分析中常常需要對各類ID進行轉(zhuǎn)換唬涧，常見的比如Ensembl的 gene_id "ENSG00000187634" ， transcript_id "ENST000003...
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locus_tag 轉(zhuǎn)gene symbol gene id
1. 做植物的組學數(shù)據(jù)經(jīng)常遇到的情況是不同的基因組盛撑，不同的公司爵卒，給到的結(jié)果偶爾會不太一樣，比如這次我就碰到了老師提供的是locus tag撵彻，但是跟tfplantdb的轉(zhuǎn)錄因子...
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RNA-seq數(shù)據(jù)的上游處理及工具HISAT2; STAR; RSEM; featureCounts; Htseq-count; kallisto; salmon
歡迎批評指正 一陌僵、上游處理流程 上游處理步驟包括質(zhì)量檢測、質(zhì)量控制创坞、比對碗短、定量[2]，每一步處理數(shù)據(jù)的目的都是不同题涨，也有相關的軟件與之對應偎谁。通過質(zhì)量檢測总滩，原始數(shù)據(jù)的各種問題將...
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RNA-seq分析（STAR-RSEM-DESeq2）
一、準備RNA-seq數(shù)據(jù) 需要參考基因組文件巡雨，注釋文件闰渔，樣本的fastq.gz文件 檢查fastq.gz是否完整 二、fastqc生成質(zhì)量報告（multiqc 提高查看效率...
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研究方向：基因組學、轉(zhuǎn)錄組學正蛙、遺傳學<br>邊做邊分享督弓，超不定期更新
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生信愚隧、AI、大數(shù)據(jù)锻全、育種狂塘。MiyuanBiotech
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Gephi安裝（Java安裝）Gephi是一款常用的網(wǎng)絡圖可視化軟件，運行需要依賴Java環(huán)境虱痕。 Gephi安裝 軟件下載地址：https://gephi.org/users/download/ 下載以后...
