dropout 與數(shù)量生態(tài)學中的雙零問題十分相似 Zero can arise in two ways: the gene was not expressing any R...
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sc-RNA-seq | dropout 的由來以及處理辦法 -
請問怎么看“reads比對到了基因間區(qū)”多少呢倡怎？最近做了單細胞測序驾诈，valid UMI和fraction兩個參數(shù)都很正常亡哄，但是和基因組比對率低才40%（同類樣品有80%的）糊渊，在找原因妓美，麻煩可以給點建議嗎
單細胞分析流程之Cell Ranger結(jié)果解讀
單細胞分析流程之Cell Ranger結(jié)果解讀 各位小伙伴大家好柿冲！ 上期我們說到了Cell Ranger的下載渗柿、安裝以及常規(guī)的使用方法，這期我們就來了解讀一下這些結(jié)果吧~ 0...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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周運來，男，長大了才會遇到的帥哥歼跟，穩(wěn)健和媳，瀟灑，大方哈街，靠譜留瞳。一段生信緣，一棵技能樹骚秦。生信技能樹核心成員她倘，單細胞天地供稿人，簡書創(chuàng)作者作箍，單細胞數(shù)據(jù)科學家硬梁。
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請問我軟件安裝后沒有右側(cè)的那些元素是怎么回事呢。我是不是缺插件
今天教你繪制信號通路胞得！
人靠衣裝荧止，佛靠金裝，科研成果靠圖裝阶剑。前兩天看到隔壁師姐用ps繪制通路圖跃巡，臉上只有大寫的“為難”二字！現(xiàn)在的科研狗們牧愁，不僅要會做實驗素邪，還要學會把成果美美的展現(xiàn)出來。 但是要靠自...
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信號通路
今天教你繪制信號通路！
人靠衣裝办龄，佛靠金裝烘绽，科研成果靠圖裝。前兩天看到隔壁師姐用ps繪制通路圖俐填，臉上只有大寫的“為難”二字安接！現(xiàn)在的科研狗們，不僅要會做實驗英融，還要學會把成果美美的展現(xiàn)出來盏檐。 但是要靠自...
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@小潔忘了怎么分身 非常感謝您的回復，但是有一個問題驶悟，我發(fā)現(xiàn)序列覆蓋率不高胡野，因為我的是受體，很明顯只有配體結(jié)合區(qū)部分構(gòu)建出來了痕鳍，后面還有近40%沒建出來硫豆，所以是不完整的龙巨，請問怎么辦呢？謝謝熊响！
蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預測旨别、結(jié)果解讀與評分
蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預測，只要有目的基因的氨基酸序列就可以做汗茄，不限物種秸弛，沒有太多要求，可為文章增色洪碳。windows版本的VMD軟件可在公眾號生信星球回復“VMD”獲得递览，且附帶軟件中...
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閑暇時寫寫纯趋，不追求利益憎兽，愛科研，更愛生活
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謝謝吵冒，現(xiàn)在對于bootstrap value值理解上好接受點了纯命，某種程度而言，它就是一種在不同replication下的概率重現(xiàn)痹栖，是會波動的亿汞，但是從它最為一個指標的評價意義上來說，我們是否可以根據(jù)bootstrap value值來檢驗揪阿、選擇最后使用哪種completion辦法疗我，甚至是前期比對好后去頭摘帽刪除數(shù)據(jù)程度，或者過程中用哪個model? 有點雜南捂，總之就是吴裤，到底是個什么標準可以來衡量我們調(diào)的參數(shù)是比較ok的呢？
麻煩您看看我的理解對不對溺健，然后麻煩您幫忙解答麦牺，這個問題查了好幾天了沒弄明白。以下是我實驗情況：
我建進化樹是為了看某基因的系統(tǒng)進化情況鞭缭，為了盡量避免所說的測序錯誤等剖膳，我直接用某基因的全氨基酸序列做的比對（雖然大部分物種的序列自基因組翻譯所得），但少了5’岭辣、3’UTR我想會好些吱晒？那如果要去頭摘帽的我話，要去多少沦童？我試了發(fā)現(xiàn)人為可控因素很強仑濒，最后建的樹的bootstrap value和個別物種基因的聚類就會有差叹话。
另外，請問您對建樹時用的“complete/pairwise/partial completion”選擇上有什么建議嗎躏精？我用NJ法建樹渣刷，發(fā)現(xiàn)選用不同的completion結(jié)果會不同鹦肿，bootstrap 值由大到小為partial>pairwise>complete, 那我要用值最高的partial法嗎矗烛？謝謝！構(gòu)建發(fā)育樹 Bootstrap值
即自展值箩溃，可用來檢驗所計算的進化樹分支可信度瞭吃。Bootstrap幾乎是構(gòu)建系統(tǒng)進化樹一個必須的選項。一般Bootstrap的值>70%涣旨，則認為構(gòu)建的進化樹較為可靠歪架。如果Boo...
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微生物生態(tài)學科研搬磚中．．．
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您好和蚪，看了您的貼，想向您求助：我想通過SWISS-MODEL預測蛋白3D結(jié)構(gòu)烹棉，得到相似度最高的有57.61%攒霹，GMQE和QMEAN也不高分別為0.28，-2.26浆洗，但顯示是可以用的催束。問題是
1）請問這個預測結(jié)果能用嗎？
2）我對比了結(jié)果中模板的和我的氨基酸序列圖伏社，發(fā)現(xiàn)只有一半能對上抠刺，還有一半多沒有顯示啊，所以我都懷疑預測的結(jié)構(gòu)圖只有其中一半序列摘昌。所以我得用其他軟件嗎速妖，我有按您給的鏈接嘗試其他的？可否給點建議聪黎，最好是不用編程的买优，太難了，非常感謝挺举！蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預測杀赢、結(jié)果解讀與評分
蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預測，只要有目的基因的氨基酸序列就可以做湘纵，不限物種脂崔，沒有太多要求，可為文章增色梧喷。windows版本的VMD軟件可在公眾號生信星球回復“VMD”獲得砌左，且附帶軟件中...
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蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預測脖咐、結(jié)果解讀與評分蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預測，只要有目的基因的氨基酸序列就可以做汇歹，不限物種屁擅，沒有太多要求，可為文章增色产弹。windows版本的VMD軟件可在公眾號生信星球回復“VMD”獲得派歌，且附帶軟件中...
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蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測與分析常用網(wǎng)址（中）
蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)預測方法： 1. 同源模建 homology modeling 2. 折疊識別 fold recognition 3. 從頭計算 ab initio metho...
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分子進化樹構(gòu)建及數(shù)據(jù)分析方法介紹
轉(zhuǎn)自：https://www.plob.org/article/994.html 方法的選擇 首先是方法的選擇胶果。 基于距離的方法有UPGMA、ME（Minimum Evolu...
