dropout 與數(shù)量生態(tài)學(xué)中的雙零問題十分相似 Zero can arise in two ways: the gene was not expressing any R...
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sc-RNA-seq | dropout 的由來以及處理辦法 -
請問怎么看“reads比對到了基因間區(qū)”多少呢访诱？最近做了單細(xì)胞測序投放，valid UMI和fraction兩個參數(shù)都很正常，但是和基因組比對率低才40%（同類樣品有80%的）添瓷，在找原因饲宛，麻煩可以給點建議嗎
單細(xì)胞分析流程之Cell Ranger結(jié)果解讀
單細(xì)胞分析流程之Cell Ranger結(jié)果解讀 各位小伙伴大家好芹务！ 上期我們說到了Cell Ranger的下載跌捆、安裝以及常規(guī)的使用方法，這期我們就來了解讀一下這些結(jié)果吧~ 0...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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周運(yùn)來听诸，男，長大了才會遇到的帥哥蚕泽，穩(wěn)健晌梨，瀟灑，大方须妻，靠譜仔蝌。一段生信緣，一棵技能樹荒吏。生信技能樹核心成員敛惊，單細(xì)胞天地供稿人，簡書創(chuàng)作者绰更，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家瞧挤。
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請問我軟件安裝后沒有右側(cè)的那些元素是怎么回事呢。我是不是缺插件
今天教你繪制信號通路儡湾！
人靠衣裝特恬，佛靠金裝，科研成果靠圖裝徐钠。前兩天看到隔壁師姐用ps繪制通路圖鸵鸥，臉上只有大寫的“為難”二字！現(xiàn)在的科研狗們丹皱，不僅要會做實驗，還要學(xué)會把成果美美的展現(xiàn)出來宋税。 但是要靠自...
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信號通路
今天教你繪制信號通路杰赛！
人靠衣裝呢簸，佛靠金裝，科研成果靠圖裝。前兩天看到隔壁師姐用ps繪制通路圖根时，臉上只有大寫的“為難”二字瘦赫！現(xiàn)在的科研狗們，不僅要會做實驗蛤迎，還要學(xué)會把成果美美的展現(xiàn)出來确虱。 但是要靠自...
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@小潔忘了怎么分身 非常感謝您的回復(fù)，但是有一個問題替裆，我發(fā)現(xiàn)序列覆蓋率不高校辩，因為我的是受體，很明顯只有配體結(jié)合區(qū)部分構(gòu)建出來了辆童，后面還有近40%沒建出來宜咒，所以是不完整的，請問怎么辦呢把鉴？謝謝故黑！
蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測、結(jié)果解讀與評分
蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測庭砍，只要有目的基因的氨基酸序列就可以做场晶，不限物種，沒有太多要求逗威，可為文章增色峰搪。windows版本的VMD軟件可在公眾號生信星球回復(fù)“VMD”獲得，且附帶軟件中...
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閑暇時寫寫鞠柄，不追求利益，愛科研嫉柴，更愛生活
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謝謝厌杜，現(xiàn)在對于bootstrap value值理解上好接受點了，某種程度而言计螺，它就是一種在不同replication下的概率重現(xiàn)夯尽，是會波動的，但是從它最為一個指標(biāo)的評價意義上來說登馒，我們是否可以根據(jù)bootstrap value值來檢驗匙握、選擇最后使用哪種completion辦法，甚至是前期比對好后去頭摘帽刪除數(shù)據(jù)程度陈轿，或者過程中用哪個model? 有點雜圈纺，總之就是秦忿，到底是個什么標(biāo)準(zhǔn)可以來衡量我們調(diào)的參數(shù)是比較ok的呢？
麻煩您看看我的理解對不對蛾娶，然后麻煩您幫忙解答灯谣，這個問題查了好幾天了沒弄明白。以下是我實驗情況：
我建進(jìn)化樹是為了看某基因的系統(tǒng)進(jìn)化情況蛔琅，為了盡量避免所說的測序錯誤等胎许，我直接用某基因的全氨基酸序列做的比對（雖然大部分物種的序列自基因組翻譯所得），但少了5’揍愁、3’UTR我想會好些呐萨？那如果要去頭摘帽的我話，要去多少莽囤？我試了發(fā)現(xiàn)人為可控因素很強(qiáng)谬擦，最后建的樹的bootstrap value和個別物種基因的聚類就會有差。
另外朽缎，請問您對建樹時用的“complete/pairwise/partial completion”選擇上有什么建議嗎惨远？我用NJ法建樹，發(fā)現(xiàn)選用不同的completion結(jié)果會不同话肖，bootstrap 值由大到小為partial>pairwise>complete, 那我要用值最高的partial法嗎北秽？謝謝！構(gòu)建發(fā)育樹 Bootstrap值
即自展值最筒，可用來檢驗所計算的進(jìn)化樹分支可信度贺氓。Bootstrap幾乎是構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹一個必須的選項。一般Bootstrap的值>70%床蜘，則認(rèn)為構(gòu)建的進(jìn)化樹較為可靠辙培。如果Boo...
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微生物生態(tài)學(xué)科研搬磚中．．．
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您好扬蕊，看了您的貼，想向您求助：我想通過SWISS-MODEL預(yù)測蛋白3D結(jié)構(gòu)丹擎，得到相似度最高的有57.61%尾抑，GMQE和QMEAN也不高分別為0.28，-2.26蒂培，但顯示是可以用的再愈。問題是
1）請問這個預(yù)測結(jié)果能用嗎？
2）我對比了結(jié)果中模板的和我的氨基酸序列圖护戳，發(fā)現(xiàn)只有一半能對上践磅，還有一半多沒有顯示啊，所以我都懷疑預(yù)測的結(jié)構(gòu)圖只有其中一半序列灸异。所以我得用其他軟件嗎府适，我有按您給的鏈接嘗試其他的？可否給點建議肺樟，最好是不用編程的檐春，太難了，非常感謝么伯！蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測疟暖、結(jié)果解讀與評分
蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測，只要有目的基因的氨基酸序列就可以做田柔，不限物種俐巴，沒有太多要求，可為文章增色硬爆。windows版本的VMD軟件可在公眾號生信星球回復(fù)“VMD”獲得欣舵，且附帶軟件中...
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蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測、結(jié)果解讀與評分蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測缀磕，只要有目的基因的氨基酸序列就可以做缘圈，不限物種，沒有太多要求袜蚕，可為文章增色糟把。windows版本的VMD軟件可在公眾號生信星球回復(fù)“VMD”獲得，且附帶軟件中...
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蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測與分析常用網(wǎng)址（中）
蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)預(yù)測方法： 1. 同源模建 homology modeling 2. 折疊識別 fold recognition 3. 從頭計算 ab initio metho...
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分子進(jìn)化樹構(gòu)建及數(shù)據(jù)分析方法介紹
轉(zhuǎn)自：https://www.plob.org/article/994.html 方法的選擇 首先是方法的選擇。 基于距離的方法有UPGMA凿傅、ME（Minimum Evolu...
