dropout 與數(shù)量生態(tài)學(xué)中的雙零問題十分相似 Zero can arise in two ways: the gene was not expressing any R...
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sc-RNA-seq | dropout 的由來以及處理辦法 -
請問怎么看“reads比對到了基因間區(qū)”多少呢缆镣？最近做了單細胞測序送淆，valid UMI和fraction兩個參數(shù)都很正常氛什，但是和基因組比對率低才40%（同類樣品有80%的），在找原因负芋，麻煩可以給點建議嗎
單細胞分析流程之Cell Ranger結(jié)果解讀
單細胞分析流程之Cell Ranger結(jié)果解讀 各位小伙伴大家好！ 上期我們說到了Cell Ranger的下載、安裝以及常規(guī)的使用方法茴厉，這期我們就來了解讀一下這些結(jié)果吧~ 0...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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周運來溃睹，男而账，長大了才會遇到的帥哥，穩(wěn)健因篇，瀟灑泞辐，大方，靠譜竞滓。一段生信緣咐吼，一棵技能樹。生信技能樹核心成員商佑，單細胞天地供稿人锯茄，簡書創(chuàng)作者，單細胞數(shù)據(jù)科學(xué)家茶没。
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請問我軟件安裝后沒有右側(cè)的那些元素是怎么回事呢肌幽。我是不是缺插件
今天教你繪制信號通路！
人靠衣裝抓半，佛靠金裝喂急，科研成果靠圖裝。前兩天看到隔壁師姐用ps繪制通路圖笛求，臉上只有大寫的“為難”二字廊移！現(xiàn)在的科研狗們糕簿，不僅要會做實驗，還要學(xué)會把成果美美的展現(xiàn)出來狡孔。 但是要靠自...
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信號通路
今天教你繪制信號通路步氏！
人靠衣裝响禽，佛靠金裝，科研成果靠圖裝荚醒。前兩天看到隔壁師姐用ps繪制通路圖芋类，臉上只有大寫的“為難”二字！現(xiàn)在的科研狗們界阁，不僅要會做實驗侯繁，還要學(xué)會把成果美美的展現(xiàn)出來。 但是要靠自...
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@小潔忘了怎么分身 非常感謝您的回復(fù)泡躯，但是有一個問題贮竟，我發(fā)現(xiàn)序列覆蓋率不高，因為我的是受體较剃，很明顯只有配體結(jié)合區(qū)部分構(gòu)建出來了咕别，后面還有近40%沒建出來，所以是不完整的写穴，請問怎么辦呢惰拱？謝謝！
蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測啊送、結(jié)果解讀與評分
蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測偿短，只要有目的基因的氨基酸序列就可以做，不限物種馋没，沒有太多要求昔逗，可為文章增色。windows版本的VMD軟件可在公眾號生信星球回復(fù)“VMD”獲得篷朵，且附帶軟件中...
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閑暇時寫寫，不追求利益艾少，愛科研，更愛生活
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謝謝翼悴，現(xiàn)在對于bootstrap value值理解上好接受點了缚够，某種程度而言幔妨，它就是一種在不同replication下的概率重現(xiàn)，是會波動的谍椅，但是從它最為一個指標(biāo)的評價意義上來說误堡，我們是否可以根據(jù)bootstrap value值來檢驗、選擇最后使用哪種completion辦法雏吭，甚至是前期比對好后去頭摘帽刪除數(shù)據(jù)程度锁施，或者過程中用哪個model? 有點雜，總之就是杖们，到底是個什么標(biāo)準(zhǔn)可以來衡量我們調(diào)的參數(shù)是比較ok的呢悉抵？
麻煩您看看我的理解對不對，然后麻煩您幫忙解答摘完，這個問題查了好幾天了沒弄明白姥饰。以下是我實驗情況：
我建進化樹是為了看某基因的系統(tǒng)進化情況，為了盡量避免所說的測序錯誤等孝治，我直接用某基因的全氨基酸序列做的比對（雖然大部分物種的序列自基因組翻譯所得）列粪，但少了5’、3’UTR我想會好些谈飒？那如果要去頭摘帽的我話岂座，要去多少？我試了發(fā)現(xiàn)人為可控因素很強杭措，最后建的樹的bootstrap value和個別物種基因的聚類就會有差费什。
另外，請問您對建樹時用的“complete/pairwise/partial completion”選擇上有什么建議嗎瓤介？我用NJ法建樹吕喘，發(fā)現(xiàn)選用不同的completion結(jié)果會不同，bootstrap 值由大到小為partial>pairwise>complete, 那我要用值最高的partial法嗎刑桑？謝謝氯质！構(gòu)建發(fā)育樹 Bootstrap值
即自展值，可用來檢驗所計算的進化樹分支可信度祠斧。Bootstrap幾乎是構(gòu)建系統(tǒng)進化樹一個必須的選項闻察。一般Bootstrap的值>70%，則認為構(gòu)建的進化樹較為可靠琢锋。如果Boo...
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微生物生態(tài)學(xué)科研搬磚中．．．
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您好吴超，看了您的貼钉嘹，想向您求助：我想通過SWISS-MODEL預(yù)測蛋白3D結(jié)構(gòu)，得到相似度最高的有57.61%鲸阻，GMQE和QMEAN也不高分別為0.28跋涣，-2.26缨睡，但顯示是可以用的。問題是
1）請問這個預(yù)測結(jié)果能用嗎陈辱？
2）我對比了結(jié)果中模板的和我的氨基酸序列圖奖年，發(fā)現(xiàn)只有一半能對上，還有一半多沒有顯示啊沛贪，所以我都懷疑預(yù)測的結(jié)構(gòu)圖只有其中一半序列陋守。所以我得用其他軟件嗎，我有按您給的鏈接嘗試其他的利赋？可否給點建議水评，最好是不用編程的，太難了隐砸，非常感謝之碗！蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測、結(jié)果解讀與評分
蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測季希，只要有目的基因的氨基酸序列就可以做褪那，不限物種，沒有太多要求式塌，可為文章增色博敬。windows版本的VMD軟件可在公眾號生信星球回復(fù)“VMD”獲得，且附帶軟件中...
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蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測峰尝、結(jié)果解讀與評分蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測偏窝，只要有目的基因的氨基酸序列就可以做，不限物種武学，沒有太多要求祭往，可為文章增色。windows版本的VMD軟件可在公眾號生信星球回復(fù)“VMD”獲得火窒，且附帶軟件中...
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蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測與分析常用網(wǎng)址（中）
蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)預(yù)測方法： 1. 同源模建 homology modeling 2. 折疊識別 fold recognition 3. 從頭計算 ab initio metho...
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分子進化樹構(gòu)建及數(shù)據(jù)分析方法介紹
轉(zhuǎn)自：https://www.plob.org/article/994.html 方法的選擇 首先是方法的選擇熏矿。 基于距離的方法有UPGMA已骇、ME（Minimum Evolu...
